В нём Коротков чётко излагает сообщения агентуры, главным образом, «Корсиканца», «Старшины», «Брайтенбаха», и поступившие из других источников, об угрозе немецкого нападения в мае 1941 года. Ответа не последовало, письмо было подшито к делу. Единственная реакция — «добро» на запрашиваемый Коротковым для «Корсиканца» продуктовый подарок.
Короткову приходилось поддерживать регулярную связь с тремя основными агентами — «Корсиканцем», «Старшиной» и «Стариком». Это было очень опасно для всех них. Но выхода не было: он являлся самым опытным и квалифицированным сотрудником резидентуры.
Только в апреле Центр забил тревогу по поводу создания надёжной связи с агентурой в военное время, независимых радиоточек, подбора радистов и т. д. Времени оставалось в обрез. Были высланы деньги и рации с радиусом действия до Бреста — Белостока (а этот район будет захвачен немцами в первые же дни войны). Между тем не все, даже в разведке, верили, что скоро начнётся война. Об этом свидетельствует, например, такой факт: в деле «Переписка с берлинской резидентурой», хранящемся в архиве СВР, последний подшитый документ гласит: «Разрешаем сотруднику резидентуры т. такому-то нанять няню для ребёнка из местных жителей с такой-то оплатой».
После начала войны и описанных выше событий вместе с другими сотрудниками посольства Коротков вернулся в Москву. Она встретила его плохим известием: связь с группой Шульце-Бойзена прервалась, так как немцы заняли все города, где были принимающие радиостанции. Надо было восстанавливать связь, а также готовить новых агентов для засылки в Германию.
Попытки переправить связных в Берлин по тем или иным причинам закончились безрезультатно. Пришлось обратиться за помощью к военным. Нелегал ГРУ Гуревич («Кент») сумел из Бельгии добраться до Берлина и восстановить связь. Но произошла трагедия: шифровка, в которой для Гуревича сообщались адреса, фамилии наших агентов и пароли, была перехвачена немцами и расшифрована. Так начался крах берлинской «Красной капеллы». Шульце-Бойзен, Харнак, Шумахер и другие её участники — несколько десятков мужчин и женщин, были схвачены гестапо и повешены или гильотинированы. До своей гибели они всё же успели передать через «Кента» ценную информацию о планах немцев под Москвой осенью 1941 года и наступательных планах лета 1942 года.
Короткову и его людям удалось подготовить и заслать в немецкий тыл несколько разведывательно-диверсионных групп, состоявших из пленных и перебежчиков. Одна из них под руководством унтер-офицера Хайнца Мюллера провела в Берлине несколько дерзких операций и 25 апреля 1945 года встретилась с советскими войсками.
До конца войны Коротков вылетал в Афганистан, Югославию, Румынию для проведения разведывательных операций.
В самом конце войны Короткову было поручено сопровождать и обеспечивать безопасность германской делегации, прибывшей 8 мая 1945 года в Берлин для подписания акта о безоговорочной капитуляции. Его можно увидеть на фотографиях, запечатлевших это событие: стоящий за спиной Кейтеля, склонившегося над актом, моложавый, стройный советский офицер — Александр Коротков, покинувший Берлин в июне 1941 года и с триумфом вернувшийся в мае 1945-го.
Начались послевоенные будни. Коротков налаживал разведывательную работу в Германии, создавал заново агентурную сеть, устанавливал связи с союзниками. Он провёл много операций, в частности, по обмену пленного германского адмирала Редера на власовских генералов Малышкина и Жиленкова, которых позже судили вместе с Власовым, а затем повесили; по обнаружению и вывозу в СССР предприятий и специалистов ракетостроения; по выявлению скрывавшихся нацистских преступников…
В 1946 году Коротков вернулся в Москву, он был назначен заместителем начальника внешней разведки и одновременно руководителем нелегальной разведки, и оставался на этом посту до 1957 года. За это время Коротков подготовил десятки разведчиков-нелегалов. Он был «крёстным» супругов Михаила и Галины Фёдоровых, Де лас Эрас Африка (см. очерк о ней), Михаила и Анны Филоненко, Конона Молодого, Мориса и Леонтины Коэн (см. очерк), Вилли Фишера — Рудольфа Абеля (см. очерк) и многих других.
В марте 1957 года Александра Короткова назначили представителем КГБ СССР при МГБ ГДР. Это не было понижением — противостояние ФРГ и ГДР стало в это время одним из основных факторов «холодной войны».
В обязанности Короткова входила не только организация агентурной сети на территории ФРГ (главными объектами были ведомство генерального канцлера, МИД, министерство обороны, спецслужбы, политические партии), но и налаживание взаимодействия со спецслужбами ГДР — тактичное и деликатное дело, где нужно было проявить себя настоящим дипломатом. К чести Короткова надо сказать, что он стал не только сотоварищем руководителей ГДРовских спецслужб, но и другом. Он умел найти подход и к министру Мильке, и к руководителю разведки Вольфу, неприязненно относившимся друг к другу.