Неожиданно для Короткова, в конце 1939 года его вызвали на работу, вручили дипломатический паспорт и на два месяца направили в командировку в Данию и Норвегию в качестве «дипкурьера» Центрального аппарата НКВД. С заданием, суть которого в архивных документах не отражена, Коротков справился успешно и по возвращении был повышен в должности: стал заместителем начальника отделения и переведён из кандидатов в члены ВКП(б).
К этому времени в разведке сложилось тяжёлое положение: лучшие разведчики были репрессированы, без связи осталась зарубежная агентура. Летом 1940 года было решено восстановить старую агентурную сеть в Германии и по возможности расширить её. Так совпало, что в конце июня 1940 года оставшийся без связи агент «Брайтенбах» (см. очерк о нём) в записке, кинутой в почтовый ящик посольства, обратился с просьбой о восстановлении связи. Между прочим, какое-то время назад связь с ним через конспиративную квартиру поддерживала жена Короткова. Но ни она, ни сам Коротков лично «Брайтенбаха» не знали, как не знали ни его псевдонима, ни подлинного имени.
В июле 1940 года Коротков (под псевдонимом «Степанов») получил задание выехать в Берлин всего на один месяц и восстановить связь примерно с десятью законсервированными агентами. Задание, учитывая такой короткий срок и напряжённую обстановку в Германии, было нелёгким.
Коротков без особых осложнений встретился с «Брайтенбахом» (сотрудником гестапо Леманом). Они сразу достигли взаимопонимания и провели четыре встречи. На второй «Брайтенбах» передал копию доклада Гейдриха руководству рейха «О советской подрывной деятельности против Германии» и подробно описал реорганизацию немецких спецслужб, что позволило нашей разведке скорректировать свои действия. Но дальнейшая работа Короткова с ним не планировалась, и он вывел его на связь с молодым сотрудником резидентуры Журавлёвым.
После этого Коротков (носивший для немцев имя Александр Эрдберг) приступил к восстановлению других связей. Среди них были вошедшие в историю участники берлинской «Красной капеллы» Арвид Харнак («Балтиец», он же «Корсиканец»), Харро Шульце-Бойзен («Старшина», о нём см. очерк), Адам Кукхов («Старик») и другие.
Арвид Харнак, экономист, ответственный сотрудник министерства экономики, сначала не поверил Короткову. Тот, в нарушение принятых в разведке правил, вынужден был, положив его на дно своей машины, привезти в посольство, и только там, в непрослушиваемой комнате, они наши общий язык. «Корсиканец» доложил, что у него есть шестнадцать информаторов, людей разного общественного положения, профессий и даже политических взглядов, объединяемых ненавистью в фашизму. Среди них философ и драматург Адам Кукхов, скульптор Курт Шумахер, служащий министерства авиации, старший лейтенант Харро Шульце-Бойзен, друг и единомышленник Харнака, также имеющий ряд информаторов, и другие. Но с ними Коротков установил связь позже, пока же она поддерживалась через «Корсиканца».
Затем Коротков восстановил связь с Гансом Генрихом Куммеровым («Фильтр») и Эрхардом Томфором.
После этого для доклада начальству о проделанной работе он был вызван в Москву, где он провёл два месяца. А потом его направили в Берлин уже в длительную командировку, которая, однако, продлилась всего полгода.
Основной задачей, которую устно поставили перед Коротковым руководители разведки, было выявление планов гитлеровского руководства о сроке нападения на СССР. В письменном задании этого пункта не было — ведь Сталин был убеждён, что Гитлер нападать в ближайшие два-три года не собирается.
18 апреля 1941 года во все европейские резидентуры поступила директива активизировать работу с агентами на случай возможной войны. Однако и она была подписана не наркомом Меркуловым, а лишь заместителем начальника разведки Судоплатовым. А тем временем от «Старшины», «Корсиканца» и других источников поступила информация о подготовке и даже сроках немецкого наступления. Однако судя по реакции Москвы, в Центре недостаточно объективно оценили опасность складывавшейся ситуации.
Официальным резидентом внешней разведки был Амаяк Кобулов, приближённый Берии. Но фактически все «нервные узлы» находились в руках Короткова. К нему поступала вся информация, получаемая другими разведчиками, и он готовил письма и шифровки в Москву. Но оттуда не было никакой адекватной реакции!
В такой ситуации Коротков решился на беспрецедентный шаг. 20 марта 1941 года он лично написал письмо Берии. Оно хранится в личном деле Короткова. Видимо, от волнения он перепутал дату, поскольку письмо датировано 20 марта 1940 года.