Во время суда над Флобером прокурор произнес обвинительную речь, которую можно отнести и к комическому жанру, и к прекрасному критическому анализу художественной выразительности романа: «О, я хорошо знаю, что портрет госпожи Бовари после супружеской измены относится к числу блистательных портретов; однако портрет этот прежде всего дышит сладострастием, позы, которые она принимает, будят желание, а красота ее — красота вызывающая…» Защитник вспомнил об уважаемом хирурге Флобере, авторитет которого помог придать солидность его сыну: «Высокое имя и возвышенные воспоминания обязывают… Господин Гюстав Флобер — человек серьезного нрава, предрасположенный по природе своей к занятиям важным, к предметам скорее печальным. Он совсем не тот человек, каким хотел его представить товарищ прокурора, надергавший в разных местах книги пятнадцать или двадцать строк, будто бы свидетельствующих о том, что автор тяготеет к сладострастным картинам…» Флобер был оправдан.
С этого времени начинается затворничество Флобера, будто он изжил в «Госпоже Бовари» все живые чувства. Он пишет прощальное письмо своей любовнице Луизе Коле: «О, лучше люби искусство, чем меня! Обожай идею…» — и запирается в своем кабинете в Круассе. Вот как описал его охоту на слова и созвучия Франсуа Мориак: «В каждом слове смысл целого письма, каждая фраза — провал или триумф. Он не скрывает чисто мистический характер своей концепции искусства: „Жизнь я веду суровую, лишенную всякой внешней радости, и единственной поддержкой мне служит постоянное внутреннее бушевание, которое никогда не прекращается, но временами стенает от бессилия. Я люблю свою работу неистовой и извращенной любовью, как аскет власяницу, царапающую ему тело. По временам, когда я чувствую себя опустошенным, когда выражение не дается мне, когда, исписав длинный ряд страниц, убеждаюсь, что не создал ни единой фразы, я бросаюсь на диван и лежу отупелый, увязая в душевной тоске“».
Следующий роман Флобера «Саламбо» увидел свет в 1862 году. В нем он обратился к эпохе борьбы Древнего Рима с Карфагеном, к историческому эпизоду из времен 1-й Пунической войны (III век до н. э.) — восстанию наемных войск в Карфагене. Главные герои Гамилькар (отец великого полководца древности Ганнибала) и его дочь Саламбо.
Перед тем как приступить к работе над романом, основательный Флобер совершил путешествие в Тунис, где в древности располагался Карфаген, перечитал множество исторических изданий — «Всеобщую историю» Полибия, «Жизнь Гамилькара» Корнелия Непота и др. Несмотря на отдаленность событий, роман написан в вызывающей реалистической манере — страшные сцены войны, первобытная жестокость, бесстыдство нравов… На такой реализм не решился бы даже Бальзак. Живописный сюжет «Саламбо» вдохновил Модеста Мусоргского на создание оперы.
Третий роман «Воспитание чувств» (в подлиннике, как было сказано выше — «Сентиментальное воспитание») вышел в 1869 году и явился художественной иллюстрацией к идее Флобера, по которой романист, описывая те или иные события, должен оставаться бесстрастным, что значило по Флоберу — объективным. Вслед за ним и читатель, увы, воспринимает «бесстрастно» историю многолетней платонической любви Фредерика Моро к замужней даме. Флобер всю жизнь боролся со своими романтическими склонностями и в этом романе, похоже, переусердствовал. Ведь он сам писал когда-то Жорж Санд: «Надо смеяться и плакать, любить, работать, наслаждаться, страдать — словом, всем существом отзываться, елико возможно, на все».
Осуждая сентиментальность, Флобер сам был сентиментален более чем кто-либо другой, о чем свидетельствует одно его удивительное письмо, написанное в преклонном возрасте: «Потребность в нежности я удовлетворяю тем, что после обеда зову Жюли (свою старую служанку) и смотрю на ее платье в черную клетку, какое носила мама. И я вспоминаю эту прекрасную женщину, пока слезы не подступят мне к горлу. Вот таковы мои радости…»
В философской драме «Искушение святого Антония» (1874) Флобер противопоставляет научное познание религиозному чувству, предвосхищая лозунги нового поколения, которое придет в литературу на переломе столетий с убеждением, что «Все боги умерли». «Разумеется, для отказа от Бога у Флобера существовали внешние причины, — оправдывает его Франсуа Мориак, — прежде всего эпоха… атмосфера конца века, когда самые выдающиеся люди уже не довольствовались только отрицанием христианства, а устраивали ему похороны и подводили итог его наследию. Ренан сделал опись наследства для передачи его божеству по имени Наука, убившему христианского Бога, чтобы встать на его место».