Однако в отличие от своих предшественников, Столыпин стремился не только подавить революцию при помощи репрессий, но и снять ее с повестки дня путем реформ. «Реформы во время революции необходимы, так как революцию породили в большей мере недостатки внутреннего уклада, — писал Столыпин в одной из своих записок. — Если заняться исключительно борьбой с революцией, то в лучшем случае устраним последствие, а не причину: залечим язву, но пораженная кровь породит новые изъязвления… Это было бы роковой ошибкою — там, где правительство побеждало революцию (Пруссия, Австрия), оно успевало не исключительно физической силою, а тем, что, опираясь на силу, само становилось во главе реформ».
Поскольку главный вопрос революции был земельный, усилия правительства должны были сосредоточиться первым делом на афарной реформе. Целью ее, по мысли Столыпина, должно было стать создание крепких хуторских (как бы мы сейчас сказали, фермерских) хозяйств. Их хозяева должны были сделаться главной опорой правящего режима в деревне. В общем это было верное направление, но Столыпин не мог не отдавать себе отчет в том, насколько далека российская действительность от намеченного им идеала. Сильно усложняло проблему и то, что в своих преобразованиях Столыпин не собирался касаться помещичьего землевладения. Хотя он и находил некоторое ограничение его полезным, вопрос об этом в его время даже не ставился.
Чтобы хотя бы отчасти приблизиться к своей цели, Столыпину предстояло разрешить для начала две задачи: разрушить общину, сделав крестьянскую землю предметом купли-продажи, и покончить с чересполосицей. В ноябре 1906 г. был опубликован указ, позволявший отдельным крестьянам выходить из общины. «Каждый хозяин, — говорилось в нем, — владеющий надельною землею на общинном праве, может во всякое время требовать укрепления за собою в личную собственность причитающейся ему части из означенной земли». В южных губерниях, где было достаточно много плодородной земли, этот указ фактически привел к быстрому развалу общины. Но в центральных и северных губерниях он лишь слегка затронул толщу общинного крестьянства.
Здесь из общины выходила в основном беднота, уходившая в город.
Собравшаяся в феврале 1907 г. II Государственная Дума отклонила предложенный Столыпиным план аграрной реформы и высказалась за проведение закона о переделе помещичьей земли. Вообще, она оказалась еще более левой и радикально настроенной, чем Первая. Наладить с ней конструктивное сотрудничество было невозможно. Думу следовало распустить и позаботиться о том, чтобы в дальнейшем такой подбор депутатов больше не повторялся. К лету 1907 г. Совет министров тайно подготовил новый избирательный закон, в котором все преимущества предоставлялись крупным землевладельцам. 1 июня 1907 г. Столыпин потребовал от Думы отстранить от участия в заседаниях 55 социал-демократических депутатов и немедленно лишить 16 из них депутатской неприкосновенности. Не дожидаясь ответа, он в ночь на 3 июля приказал арестовать членов социал-демократической фракции. Утром был обнародован манифест о роспуске Думы и изменении:
Положения о выборах. По существующему закону правительство не имело права менять Положение о выборах без согласия Думы. Поэтому эти события носили характер государственного переворота.
Новая III Дума, собравшаяся в ноябре 1907 г., была уже намного более покладистой, депутаты смирились со своей законосовещательной, а не законодательной ролью и потому проработали до конца установленного срока. Почти все предложения Столыпина по аграрной реформе были ими утверждены.
Ход реформы был чрезвычайно трудным. Земли, перешедшие в 1906 г. в частные руки, по-прежнему располагались чересполосно. Наладить на них хуторское хозяйство оказалось затруднительно. Поэтому в 1908 г. по предложению Столыпина были изданы «Временные правила о выделении надельной земли к одним местам». Здесь проводилась старая столыпинская мысль о том, что «наиболее совершенным типом земельного устройства является хутор, а при невозможности образования такового — сплошной для всех полевых угодий отруб». С этого времени местные землеустроительные органы были ориентированы на разверстание наделов. Процесс этот был медленным, поскольку рождал множество споров и волокиты. Но и после окончательного разверстания наделы большинства крестьян оказывались такими незначительными, что ни о каких крепких хозяйствах не могло быть и речи, ведь главная проблема — крестьянского малоземелья — оставалась нерешенной.