Благополучная эпоха закончилась для Кутузова с мартовским переворотом 1801 г. Вскоре после убийства Павла новый император Александр I назначил его Петербургским военным губернатором, но уже летом 1802 г. сместил с этого поста, как говорили, за плохое состояние столичной полиции. Вскоре Кутузов был уволен от всех должностей и отпущен в свое имение «для поправления здоровья». Несколько лет он провел в своей деревне Горшки на Волыни, безуспешно стараясь «поправить их экономию» Из этого, впрочем, ничего не вышло — за два года в имении Кутузова случилось два неурожая, два пожара и ограбление (один из управляющих украл у своего незадачливого! барина 10 тысяч рублей). «Скучно работать… когда вижу, что состояние так расстроено, — писал Кутузов в одном из писем. — Иногда, ей-богу, из отчаяния хочется все бросить и отдаться на волю Божию…» Он, конечно, не мог не испытывать досады от того, что его многолетняя блестящая карьера закончилась вдруг так неожиданно и нелепо и что ему теперь до конца дней суждено жить в деревне, проводя все время в хозяйственных заботах и тщетной борьбе с наступающей нуждой.
Но Кутузов рано хоронил себя — трехлетняя опала закончилась так же внезапно, как началась. В начале 1805 г. Россия вступила в европейскую коалицию, направленную против императора Наполеона. В августе 1805 г. особым рескриптом Александр возвратил Кутузова на службу. Вскоре тот был поставлен во главе 50-тысячного русского корпуса, снаряженного для заграничного похода. Действовать Кутузову предстояло вместе с австрийской армией генерала Макка. Однако еще прежде прибытия в Бранау он узнал о постигшей австрийцев катастрофе — Макк, окруженный французами под Ульмом, капитулировал. После этого Наполеон обратил свою 150-тысячную армию против русских, рассчитывая прижать их к Дунаю, окружить и уничтожить. Кутузову оставалось одно — отступление. Французы шли за ним по пятам, и арьергард под командованием Багратиона то и дело должен был вступать в бой. У Кремса русская армия переправилась на левый берег Дуная.
Взорвав мосты, Кутузов некоторое время мог считать себя в безопасности. Но вскоре пришло известие, что французы взяли Вену и по Таборскому мосту также перешли на левый берег. Над Кутузовым опять нависла угроза окружения. Не теряя времени он направил войска ускоренным маршем от Кремса на Брюнн. На пути наступающих французов, которые спешили перерезать ему путь, он оставил 6-тысячный отряд Багратиона. 16 ноября у деревни Шенграбен тот навязал жестокий бой 30-тысячному корпусу Мюрата, задержав его на восемь часов. Воспользовавшись этой заминкой, Кутузов благополучно вывел главные силы из-под удара и 22 ноября прибыл в Ольмюц, где соединился с подошедшей из России армией Буксгевдена.
Несмотря на то, что теперь численность русских войск сравнялась с французскими, Кутузов был против генерального сражения и считал для союзников выгодным дальнейшее затягивание войны. Императоры Александр I и Франц думали по-другому — на военном совете было решено выступить навстречу Наполеону и дать ему бой при первой возможности. Встреча противников произошла у деревни Аустерлиц. Здесь 2 декабря вокруг Праценских высот развернулось жестокое сражение. Наполеон предугадал, что Кутузов будет стараться отрезать его от дороги к Вене и от Дуная, чтобы окружить или загнать к северу в горы. Поэтому он не стал прикрывать и защищать эту часть своих позиций и, преднамеренно отодвинув свой левый фланг, разместил на нем корпус Даву. Направлением своего главного удара Наполеон избрал Праценские высоты, против которых сосредоточил две трети всех своих сил. На рассвете русские и австрийцы начали наступление, но встретили упорное сопротивление Даву. Тогда император Александр против воли Кутузова отправил на подмогу атакующим корпус Коловрата, располагавшийся на Праценских высотах. Таким образом, к девяти часам утра основные силы союзников находились на их левом фланге, и все благоприятствовало замыслу Наполеона. Французы перешли в наступление и нанесли удар в центр русско-австрийской позиции. Уже через два часа Праценские высоты были захвачены. Развернув на них батареи, Наполеон открыл убийственный огонь во фланг и тыл союзных войск, которые стали беспорядочно отступать через озеро Зачан.
Множество русских было перебито картечью или утонуло в прудах, другие сдались в плен. После этого страшного поражения продолжать войну казалось невозможным — австрийский император запросил мира.