Тогда 25 ноября Потемкин назначил командующим Суворова. Прибыв к Измаилу 2 декабря, Суворов осмотрел ее укрепления и назначил на подготовку к штурму десять дней. За это время было сделано множество штурмовых лестниц и 27 тысяч фашин. Войска непрерывно тренировались, для чего Суворов распорядился соорудить подобие измаильских укреплений в натуральную величину — вал и ров. Войска были разделены на три группы, по три колонны в каждой. Все командиры получили свободу действий, потому что направление главного удара не было определено. В 3 часа ночи 11 декабря войска заняли исходное положение, а через два часа двинулись к стенам крепости.
Впереди каждой колонны шли стрелки с фашинами, за ними — рабочие с шанцевыми инструментами, а потом — пехотинцы с лестницами. Штурм начался одновременно со всеА сторон. Суворов, наблюдая за боем, распоряжался резервами, посылая подмогу тем, кто более в ней нуждался. Первыми ворвались на вал колонны Львова и Ласси, наступавшие с запада, и колонна Кутузова, которая вела штурм с востока. С юга, переправившись через Дунай, ворвалась в город группа де Рибаса. Жестокий бой на улицах города продолжался еще шесть с половиной часов. Последние турки, закрепившиеся в каменных зданиях, были выбиты артиллерией. К вечеру Измаил был взят. «Крепость Измаильская, — доносил Суворов, — столь укрепленная, столь обширная, и которая казалась неприятелю непобедимою, взята страшным для него оружием российских штыков».
В апреле 1791 г. Суворов был направлен в Финляндию для «создания положений мест для обороны оной». Уже через месяц на основе личной рекогносцировки он представил проект укрепления границ и всех оборонительных мероприятий на случай войны со Швецией. Проект его был одобрен Военной коллегией. В 1792 г. он командовал войсками, расположенными в Финляндии — Финляндской дивизией, Роченсальмским портом и Саймской флотилией. В 1793 г. Суворова направили на Украину, где он встал во главе всех русских войск, расположенных на юге страны — в Екатеринославской губернии и Таврической области. Летом 1794 г. его подчинили Румянцеву, который выступил против Польши, охваченной национальным восстанием под предводительством Костюшко.
В этой войне Суворов также одержал несколько блестящих побед. В начале августа он во главе небольшого отряда в 4,5 тысячи человек выступил на Брест. По пути к нему присоединились другие русские войска, так что силы его выросли до 12 тысяч. Одержав несколько небольших побед над поляками, Суворов 8 сентября овладел городом. В течение месяца он стягивал отовсюду силы, готовя поход на Варшаву, и 7 октября двинулся против польской столицы, имея под началом 30-тысячную армию. Поляки, ожидая его, поспешно укрепляли варшавское предместье Прагу. Гарнизон ее достигал 30 тысяч человек. Обширные укрепления имели очень сложную систему: рвы, валы, волчьи ямы. Однако все это не смогло сдержать напора суворовской армии. Как и под Измаилом, он разделил свои войска на отдельные колонны и 24 октября атаковал Прагу сразу с трех сторон. В короткое время все укрепления были взяты, 8000 поляков перебито, а вся их артиллерия досталась русским. Прага, состоявшая преимущественно из деревянных домов, была сожжена дотла и к вечеру должна была капитулировать. Вслед за ней сдалась Варшава. За эту победу Суворов получил чин фельдмаршала. В 1795 г. ему поручили командование над всеми русскими войсками в Польше.
Некоторое время после возвращения в Россию Суворов проживал в Петербурге. В 1796 г. он получил новое назначение — командовать Екатеринославской дивизией. Но вскоре в его судьбе произошла крутая перемена. Когда умерла Екатерина II, российский престол перешел к ее сыну. Едва придя к власти, Павел I принялся реорганизовывать армию на прусский манер: явилась прусская форма, прусские военные уставы, стали насаждаться шагистика и вахтпарады. Суворов сколько мог противился этой реформе: не вводил в своих войсках новых уставов, отказался ликвидировать штаб, допускал и другие ослушания. Его строптивость, наконец, вызвала гнев Павла. В 1797 г. он уволил Суворова в отставку без права ношения мундира. Фельдмаршала сослали в его имение Кончанское. Ему было запрещено вести переписку, выезжать и встречаться с кем бы то ни было из своих соседей.
В 1798 г., когда на повестку дня встала война с Францией, Павел попытался помириться с Суворовым и вызвал его в Петербург. Однако фельдмаршал не пожелал идти навстречу его пожеланиям. Появившись во дворце, он начал чудить и почти открыто насмехаться над новыми порядками. На учениях, которые любезно устроил для него император, Суворов бегал, суетился между взводами, делал вид, что не может справиться с плоской форменной шляпой прусского образца: то и дело хватался за поля и ронял ее. С лица его не сходило выражение крайнего недоумения и изумления, и он что-то постоянно шептал себе под нос. Наконец Суворов громко сказал своему племяннику Горчакову: «Не могу, брюхо болит!» и ушел с учений. Павел был в ярости, хотя изо всех сил старался не показывать этого. Примирение не состоялось — через несколько дней Суворов отпросился обратно в свои имения.