Весть об избрании Михаила не столько обрадовала, сколько встревожила Филарета. Он говорил русскому послу в Варшаве Желябужскому: «Вы нехорошо сделали — меня послали от всего государства послом просить Владислава в цари, а сами избрали государем моего сына. Могли бы выбрать и другого, кроме моего сына. За это вы передо мной не правы, что сделали так без моего ведома». Только в июле 1619 г. после заключения Деулинского перемирия Филарет был отпущен в Москву. Царь встретил его за городом при бесчисленном множестве народа и поклонился ему в ноги, а Филарет поклонился в ноги Царю, и оба лежали на земле, проливая слезы. В то время в Москве гостил патриарх Иерусалимский Феофан. По царскому прошению он 24 июля посвятил Филарета в сан московского патриарха.
С возвращением Филарета в Москву положение новой династии сразу укрепилось. До сих пор царь Михаил, человек очень кроткого характера и мягкосердечный, был самодержцем только по имени. Окружавшие его бояре позволяли себе всякие своевольства. Все управление государством зависело от них. Филарет же сразу взял всю власть в свои руки. Он имел очень большое влияние не только на духовные, но и на светские дела Без его воли ничего не решалось и ничего не совершалось Иностранные послы являлись к нему как к государю Сам он, как и сын, носил титул великого государя, ы По свидетельству одного современника, не очень расположенного к патриарху, Филарет был роста и полноты средних, Божественное писание разумел только отчасти, нравом был опальчив и мнителен, так что и сам царь его боялся. Бояре и все думные и близкие к царю люди находились у него в повиновении, он был грозен для тех, кто решался идти против него, и тотчас отправлял строптивых в ссылку. Во всей патриаршей епархии монастыри со всеми их имениями были отданы в его управление Важные указы царя писались не иначе как со слов его отца. По другим известиям, отношения между сыном и отцом во все годы их совместного правления отличались большой нежностью и всегда носили характер почтительного уважения. Филарет участвовал в принятии большинства решений. Если какое-либо из них не встречало его предварительного согласия, оно или отменялось, или исправлялось Если патриарх отсутствовал, Михаил всегда спрашивал его мнение и постоянно сообщал ему о текущих делах.
Одной из первых забот Филарета был созыв Земского собора, который должен был представить полное изображение разоренного состояния государства и сообщить меры, «чем московскому государству полниться, и устроить московское государство так, чтобы пришли все в достоинство» То, что было положено на соборе, Филарет исполнял потом с большой твердостью и настойчивостью Важнейшим государственным делом было налаживание финансовой системы. Заняв престол, Михаил убедился, что казна пуста, а податей никто не платит. Поначалу Романовым помогли Строгановы, давшие деньги в долг Потом стали взиматься некоторые налоги. Но еще долгие годы новый царь ощущал острую нужду в деньгах, ведь масса прежнего тяглого населения снялась с места и скиталась по всей стране, а пахотные земли лежали в запустении. Первым Романовым пришлось заботиться о возрождении земледелия и укреплении (по сути, создании заново) класса служилых людей По необходимости пришлось отступиться от прежней разборчивости в этом вопросе Верстали в службу дворянскую, не считаясь «с отечеством», годных людей даже из казаков, «которые от воровства отстали». Всех наделяли поместьями из дворовых и черных земель. С восстановлением поместного землевладения стало постепенно возрождаться земледелие. Но дело сильно замедлялось тем, что не хватало рабочих рук. Много сил потратили на закрепление массы гулящего люда и обращение его в тяглое население. На это ушло почти сто лет, но при Филарете и Михаиле тому было заложено важное основание Не случайно многие историки считают, что крепостное право сложилось как государственный институт именно в это время, и виной тому был не какой-то злой умысел, а податная политика государства Прошло много лет прежде, чем подати худобедно стали поступать в казну, а вместе с тем возродилось и дворянское войско. Царская власть, таким образом, получила реальные рычаги управления государством.
К концу жизни Филарета Московское государство окрепло уже настолько, что ни внешние опасности, ни внутренние язвы не могли расшатать воздвигнутого из развалин политического здания. Огромная заслуга в этом важном созидательном деле принадлежала патриарху. Умер Филарет в октябре 1633 г