Как и ожидал Гермоген, с падением Шуйского дела в Московском государстве пошли еще хуже. В августе того же года к столице подступило польское войско во главе с гетманом Жолкевским. Он потребовал, чтобы москвичи признали царем королевича Владислава, сына польского короля Сигизмунда.
Боярская дума, к которой перешла теперь верховная власть, не имела ни средств, ни желания бороться против этих притязаний. Но сторонники польской партии встретили в лице патриарха грозного и непримиримого противника. Гермоген осуждал намерение призвать на польский престол иноплеменника и соглашался на это лишь в крайности, с тем непременным условием, чтобы Владислав крестился в православную веру. Когда стороны пришли в этом пункте к соглашению, Жолкевский потребовал впустить его солдат в Москву. Гермоген опять же сильно этому противился и возбуждал ропот среди москвичей, но в конце концов должен был уступить перед дружным напором бояр. В сентябре польский гарнизон занял Кремль.
Однако Смута после этого не только не утихла, а наоборот, разгорелась с новой силой. Король Сигизмунд вскоре явно показал, что не думает сажать сына на московский престол, а помышляет сам царствовать в Московском государстве. Он раздавал на Руси поместья, должности, вводил своих ставленников в Боярскую думу. Он двинул в русские пределы свою армию, осадил Смоленск и потребовал, чтобы московские послы, прибывшие в его стан по делу об избрании Владислава, принудили смолян сдаться королю. В декабре 1610 г. бояре во главе с князем Милославским принесли патриарху написанную ими для русских послов грамоту. Составлена она была в том смысле, что следует во всем положиться на королевскую волю. Патриарх отвечал: «Пусть король даст своего сына на московское государство и выведет своих людей из Москвы, а королевич пусть примет греческую веру. Если вы напишите такое письмо, то я к нему свою руку приложу. А чтоб так писать, что нам всем положиться на королевскую волю, то я этого никогда не сделаю и другим не приказываю так делать. Если же меня не послушаете, то я наложу на вас проклятие. Явное дело, что после такого письма нам придется целовать крест польскому королю. Скажу вам прямо: буду писать по городам — если королевич примет греческую веру и воцарится над нами, я им подам благословение; если же воцарится, да не будет с нами единой веры и людей королевских из города не выведет, то я всех тех, кто ему крест целовал, благословлю идти на Москву и страдать до смерти». Боярам очень не понравились слова патриарха.
Они стали возражать ему. Слово за слово спор дошел до того, что Михайло Салтыков замахнулся на Гермогена ножом. «Я не боюсь твоего ножа, ~ сказал Гермоген, — я вооружусь против ножа силою креста святого. Будь ты проклят от нашего смирения в сем веке и в будущем!» На другой день Гермоген собрал народ в соборной церкви и уговаривал стоять за православную веру и сообщать о своей решимости в другие города. После такой проповеди поляки приставили к патриарху стражу.
Твердость патриарха вдохновляла патриотов и подымала их на решительные действия против захватчиков. В одной из грамот, отправленной из Ярославля в Казань, говорилось: «Совершилось нечаемое: святейший патриарх Гермоген стал за православную веру неизменно и, не убоясь смерти, призвавши всех православных христиан За православную веру всем велел стоять и помереть, а еретиков при всех людях обличал, и если б он не от Бога был послан, то такого дела не совершил бы, и тогда кто бы начал стоять9 И в города патриарх приказал, чтоб за православную веру стояли, а кто умрет, будут новые страстотерпцы: и слыша это от патриарха и видя своими глазами города все переслались между собой и пошли к Москве» Действительно, в городах началось сильное движение: собранные для очищения государства ратные люди получали благословение от духовенства и выступали из городов при пушечной и ружейной пальбе. Узнав, что патриарх благословил восстание на богохульных ляхов, за оружие взялись даже те города, которые прежде оставались глухи к бедам отечества. На Москву двинулись полки из Рязани, из Мурома, с Низовой земли, из Вологды и поморских городов, из Галича, из Ярославля, с Костромы. Откликнулись даже прежние тушинские бояре князь Трубецкой и атаман Заруцкий. Во главе всего предприятия стал рязанский дворянин Прокопий Ляпунов.
Когда в начале 1611 г. стало известно, что к Москве движутся отряды Первого ополчения, бояре явились к Гермогену и сказали: «Ты писал по городам; видишь, идут на Москву. Отпиши им, чтоб не ходили». Патриарх отвечал: