Долгое время Музей находился под покровительством королевского наместника герцога Иосифа, который с большой любовью относился ко всем делам и заботам Музея. В 1807 году по его поручению пештский архитектор Йожеф Хилд разработал проект здания для Национального музея, однако он не был осуществлен: приобретенный для этой цели участок земли оказался слишком маленьким. Кроме того, участок оказался небезопасным и в пожарном отношении. Позже его обменяли на другой, но строительство и после этого долгое время задерживалось, так как не было достаточных средств.
Только в 1836 году Национальное собрание Венгрии вновь рассмотрело вопрос о создании в стране Национального музея и выделило необходимые для строительства деньги. На этот раз разработка проекта была поручена пештскому архитектору Михаю Поллаку, и летом 1837 года приступили к возведению здания Национального музея. Однако в 1838 году случилось опустошительное наводнение, которое надолго остановило все строительные работы. Окончательно здание Музея было возведено только через десять лет после закладки первого камня.
Здание Национального музея вошло и в историю венгерской революции 1848 года. В его саду происходили революционные выступления пештской молодежи и народные митинги, а в парадном зале музея состоялось заседание верхней палаты Государственного собрания Венгрии.
После поражения национально-освободительной борьбы для Венгрии наступили тяжелые времена, что отразилось и на жизни Музея. Все его собрания сначала хотели даже отправить в Вену, а сам Музей обложили большими налогами. Но на защиту своего национального сокровища вновь выступило общественное мнение. Чтобы собрать нужные средства, в парадном зале Музея стали давать благотворительные концерты, на одном из которых выступил композитор Ференц Лист.
Само венгерское правительство не проявляло никаких забот о своем Национальном музее: здание его постепенно ветшало, а собрания и коллекции и вовсе не пополнялись. Исключение составляла лишь Картинная галерея, для которой удалось приобрести несколько живописных шедевров.
Однако со временем положение Музея стало меняться к лучшему, в его собраниях накопились уже такие сокровища и богатства, что некоторые из них выделились в отдельные музеи. Еще в 1814 году коллекция предметов старины, медалей и монет была отделена от библиотеки, а в 1872 году в рамках Национального музея был образован самостоятельный Этнографический музей. В этом же году от него отделился Музей прикладного искусства.
В недрах Национального музея зародился и Музей естественной истории. Его основательницей стала Юлианна Фештетич — супруга Ференца Сечени, которая еще в 1808 году подарила Музею свою богатую коллекцию минералов.
Нумизматический кабинет Венгерского национального музея хранит в своих коллекциях древнегреческие и древнеримские монеты, монеты кельтских племен и, конечно, венгерские монеты — все образцы от момента их появления вплоть до наших времен. Наиболее ценными экспонатами Нумизматического кабинета являются слитки римской эпохи (найденные в селе Красна), золотые солидусы V века из Сиканча, динарий короля Иштвана I, золотые монеты в 100 и 50 дукатов трансильванского князя Михаила Апоффи.
Одной из национальных реликвий венгерского народа считается корона святого Стефана. История ее довольно необычна. Во-первых, корона состоит из двух частей, каждая из которых ранее существовала отдельно от другой.
Верхняя корона была сделана в виде шлема из тонких золотых пластин. В 1000 году папа Сильвестр II (который, как гласила молва, обладал магической силой) возложил ее на голову венгерского короля Иштвана (Стефана) в ознаменование принятия им христианства. Нижнюю корону, напоминающую диадему, прислал 75 лет спустя королю Гезе I византийский император Михаил Дука — в знак признания венгерских королей равными себе. Нижняя часть короны охватывает лоб и сделана из золотой полосы, украшенной жемчужинами. Над ней возвышаются покрытые голубой и зеленой перегородчатой эмалью треугольники и полукружия. По центру полосы вставлены крупные драгоценные камни и византийские миниатюры по эмали с ликами христианских святых.
Обе эти короны были соединены в одну предположительно в XII веке. Единую корону позднее увенчал двойной (шестиконечный) крест, что должно было придать еще больший авторитет власти венгерских королей.