Под руководством Жилярди были проведены большие строительные работы. Без изменений остались лишь объем здания, планировка основных залов и обработка стены дворового фасада. Учитывая градостроительную роль университета, Жилярди внес значительные изменения в решение главного фасада – он придал ему более торжественный, полный героического пафоса облик. Архитектор пошел по пути укрупнения масштаба основных членений и деталей здания. В обновленном облике сооружения зодчий стремился подчеркнуть идею торжества наук и искусств, достигнуть органического сочетания архитектуры, скульптуры и живописи.
В июле 1817 года старший Жилярди, проработавший в России двадцать восемь лет, уволился «в чужие края впредь до выздоровления», а в марте 1818 года «за старостью и слабостью» был уволен совсем. После его отъезда должность архитектора Воспитательного дома занял его сын. Расширившийся объем работ требовал неустанного внимания к повседневным делам, связанным со строительными и ремонтными работами по ведомству Дома и к выполнению более значительных заданий.
В 1818 году Жилярди поручают перестройку Вдовьего дома на Кудринской площади и здания Екатерининского училища на Екатерининской площади. Перестраивая здание Екатерининского училища, расположенного в глубине участка, Жилярди «прикрыл» его измельченный фасад монументальным десятиколонным портиком, поднятым на высокую аркаду нижнего этажа. При капитальной реконструкции и расширении здания, осуществленными Жилярди в 1826—1827 годах, были пристроены сильно вынесенные вперед крылья, образовавшие глубокий парадный двор.
Одной из значительных работ Жилярди, осуществленной им в 1814—1822 годах, была перестройка усадьбы П.М. Лунина у Никитских ворот. Жилярди создает при перестройке новую композицию усадьбы: главный дом он «поворачивает» на линию улицы своим основным фасадом путем пристройки к торцу существовавшего дома нового корпуса. Композицию фасада главного корпуса Жилярди построил на контрастном сопоставлении с фасадом флигеля. Пространственному решению флигеля противопоставлена подчеркнутая цельность и монолитность объема главного корпуса. Однако при всем различии фасадов оба здания объединены в единую композицию. Это достигается горизонтальным строем общей композиции фасадов, в том числе и колоннад.
Внутренняя планировка главного корпуса характерна для жилых домов дворцового типа с анфиладой парадных помещений в бельэтаже, подсобными помещениями в первом этаже и жилыми комнатами – в верхнем. Особой красотой и парадностью отличается большой танцевальный зал, соединяющий анфилады комнат, идущие по продольной и поперечной осям дома. Его полуциркульный свод, расписанный гризайлью, и обработка торцевых стен полуциркульными арками с парными ионическими колоннами свидетельствуют о неизменном влечении Жилярди к подобной композиции залов.
Фасад главного дома Луниных с коринфской колоннадой-лоджией в 1832 году был опубликован в «Альбоме Комиссии для строений в Москве» и своей необычной для жилых домов композицией стал образцом для копирования и подражания в застройке послепожарной Москвы.
Строительство здания Опекунского совета Воспитательного дома (1823—1826) стало в творчестве Жилярди своеобразным этапом, имевшим большое значение для его творческой деятельности на ближайшие годы. Этому немало способствовало то обстоятельство, что Опекунский совет – единственное крупное общественное сооружение в практике Жилярди, где он не был связан с необходимостью использования полностью или частично старых построек и мог более полно осуществить свои идеи.
Занявшее основное место в застройке Солянки, рассчитанное на градостроительный эффект, здание Совета воспринимается при фронтальном обозрении как традиционная классическая система кубических объемов, но это не соответствует действительным очертаниям корпусов, уходящих в глубь двора. Функциональное назначение здания вошло в противоречие с логикой построения архитектурной формы, что в силу ограниченности художественных приемов архитектуры классицизма не мог преодолеть Жилярди.
Интересным было цветовое решение интерьера здания Совета. Изысканностью колорита отличалось убранство зала Присутствия, стены которого были обтянуты шелковой тканью с золоченым багетом по краям, лопатки облицованы искусственным мрамором, на окнах белые штофные занавеси. Своды остальных залов также были расписаны, стены окрашены зеленым или желтым кроном, стены и свод парадной лестницы расписаны.