Лучше всего ему удались горельефы и барельефы, небольшие группы и статуэтки. Среди них надо особо отметить мраморные группы «Венера и Купидон» (1786), «Кефал и Аврора» (римского периода), а также две парные статуэтки — «Амура», крылатого мальчика, сидящего в задумчивой позе, и «Психею», которая стоит, преклонив колено.
Флаксман, вдохновившись образами античности, достигает здесь удивительного изящества, элегантности, обнаруживая при этом и тонкое художественное чутьё.
В 1781 году Флаксман женился на Анне Денман. Анна была ему верным другом всю жизнь, помогая и делом и советами. Она оказала огромное влияние на развитие его таланта. Вместе с женой художник отправился в 1787 году в Рим, где пробыл семь лет. По возвращении в Лондон Флаксман был в 1800 году избран в члены тамошней Академии и с 1810 года служил в ней профессором скульптуры.
Возвратившись в Англию, он оказался буквально завален заказами, но решает в 1802 году посетить Францию. Относясь отрицательно к успехам Франции времён консульства, он не захотел знакомиться ни с Наполеоном, ни с Давидом. Флаксман считал, что из молодых французских живописцев наиболее заслуживает похвалы Энгр.
Особенно прославился Флаксман своими сборниками иллюстраций к творениям Гомера, Гезиода, Эсхила и Данте, распространившимися в несчётном количестве экземпляров по всему свету. Иллюстрации к «Одиссее» (1803), «Трагедии Эсхила» (1795), «Божественной комедии» (1797) выдвинули его в число наиболее видных представителей неоклассицизма. В этих лёгких контурных рисунках, отличавшихся чистотой и красотой текучих линий, современники мастера видели воплощение своего понимания идеала красоты.
Англичане, современники Флаксмана, ставили его в монументальной скульптуре выше Кановы и Торвальдсена. Хотя это, безусловно, преувеличение. Но Флаксман, без сомнения, был знающим скульптором. Рисунки показывают его изощрённость в композиционных построениях. Памятники Флаксмана, как правило, отличает грамотность конструкции. Он высоко ставил изучение анатомии, чему доказательством служат составленные им анатомические таблицы, предназначенные для обучения молодых художников: «Анатомические этюды костей и мускулов» (1833).
Лучшим, что создал Флаксман в области надгробной скульптуры, считается памятник судье Мэнсфилду (1795). Величаво восседает в кресле старик в большом парике, в горностаевой мантии, в широком судейском одеянии. Кресло поднято на высокий круглый цоколь. Справа и слева от него находятся античные фигуры Юриспруденции и Справедливости.
Флаксман — автор многочисленных надгробных памятников, таких как семейству Берингов в церкви Михельдевера в Гемпшире, Нельсону, Дж. Рейнольду и адмиралу Гоу в соборе Св. Павла в Лондоне.
Другие наиболее известные произведения Флаксмана: рельеф «Щит Ахилла» (по Гомеру), «Весталка», «Смерть Цезаря», «Аполлон и Марпесса», «Да будет воля Твоя», мраморные статуи — «Покорность судьбе», «Спящий ребёнок», «Аполлон в образе пастуха» и «Джон Кембл» (в Вестминстерском аббатстве)
На скульптора оказали влияние различные мастера, различные школы и даже стили. Флаксман обращался, например, к готике, создав целый ряд памятников в соборе города Солсбери. Повлиял на его творчество великий Микеланджело. Это особенно заметно в группе «Архангел Михаил поражает дьявола». На скульптора сильное впечатление произвели привезённые лордом Элгином в 1801–1803 годах из Афин мраморы Парфенона. Отзвук этого можно видеть в барельефах, исполненных мастером для здания Ковентгарденского театра.
Неудивительно, что многим произведениям английского скульптора не хватает цельности, часто преобладает эклектический стиль. К примеру, юрист Джонс изображён на мраморном горельефе в беседе с браминами, формулирующими на основании священных книг принципы индусской юриспруденции (1801) Различные элементы этого произведения разрушают единство образа, мешают друг другу.
В своих лекциях о скульптуре, читанных в Академии, начиная с 1810 года Флаксман находит достойные восхищения стороны в стилистических особенностях самых различных эпох. Позднее он издаёт «Лекции по части скульптуры» (1829), выдержавшие несколько изданий и долгое время служившие учебным пособием в английских художественных школах.
Надо отметить тот факт, что модели, исполненные самим мастером, имеют гораздо более одухотворённый характер. С годами (скульптор умер 7 декабря 1826 года) Флаксман всё чаще поручает выполнение памятников в мраморе второстепенным итальянским мастерам. В результате лишённая индивидуальности банальная трактовка материала, отсутствие прелести в обработке поверхности значительно снижают впечатление от произведения.