В монастыре Стефан усердно пополнял свои знания — изучил греческий язык, много и вдумчиво читал, «умедливая» чтение, чтобы «до конца поистине уразуметь» прочитанное, размышлял, беседовал с учеными старцами, становясь им «совопросником и собеседником». Он подружился с монахом того же монастыря Епифанием, своим ровесником, и таким же любителем учености. Они подолгу спорили по различным философским и богословским вопросам, причем Епифаний, по его собственным словам, нередко бывал «досадителем» Стефану.
(Впоследствии Епифаний получил прозвание Премудрого, стал известным писателем, автором многих произведений, в том числе, как уже было сказано, «Жития Стефана Пермского».) В свободное от молитв время монахи обычно занимались каким-нибудь ремеслом. Стефан стал переписчиком книг, писал «гораздо и борзо», а кроме того, освоил иконописное дело.
Благочестие, трудолюбие, незаурядные способности снискали Стефану известность и среди монахов, и среди мирян. Через некоторое время он был произведен в дьяконы, потом в священники. Перед ним открывалась церковная карьера.
Однако Стефан стремился к подвижнической и просветительской деятельности. Он решил покинуть монастырь и отправиться в Пермскую землю — глухой, лесной край, населенный языческими племенами, чтобы проповедовать там христианскую веру.
Стефан понимал, что для просвещения пермян нужны книги на пермском языке. У пермян не было письменности, и Стефан создал особую пермскую азбуку, взяв за основу не русский и не греческий алфавит, а исконно пермские знаки родовой и семейной принадлежности — «пасы» Такие пасы до сих пор встречаются в народных орнаментах коми — в вышивке, ткачестве, деревянной резьбе.
По словам Епифания, Стефан «вельми печаловался» о том, что пермяне, будучи, как и все люди, сотворены Богом, поклоняются идолам, приносят им жертвы и верят «в чарование и в кудесы».
Система языческих верований племен, населявших Пермские земли, была очень развитой и сложной. На территории Пермской земли археологами обнаружены остатки более тридцати языческих святилищ и множество бронзовых и железных фигурок, относящихся ко времени с VIII века до н. э. по VII век новой эры, изображающих священных животных и птиц, фантастических человеко-лосей, птиц с человеческими ликами, крылатых псов. Фигурки эти исполнены такой художественной силы и выразительности, что искусствоведы выделяют их в особый «пермский звериный стиль».
Стефан испросил у наместника московского митрополита благословения и отправился с христианской проповедью к язычникам.
Поначалу пермяне встретили Стефана недоверчиво и даже враждебно, чинили ему всяческое «хуление, укорение, досаждение, поношение и пакость», однажды обступили его «с ослопы, смерть ему нанести хотяше», в другой раз обложили сухой соломой, «умысливша огнем немилостиво в смерть вогнать его».
Епифаний Премудрый не рассказывает, каким образом удалось Стефану выйти живым из этих критических ситуаций. Возможно, миролюбивые по натуре пермяне были обезоружены неизменной кротостью Стефана. Епифаний вкладывает в их уста рассуждение о том, что если бы Стефан первым «дерзнул творити начало бьения», то его бы растерзали, но поскольку он «долготерпелив», они не знают, что можно «сотворити ему».
Постепенно мужество и добросердечие Стефана привлекли к нему сердца пермян. Они поверили в его благие намерения, стали слушать его проповеди, и некоторые согласились принять крещение. Так среди пермян появились первые христиане.
В Усть-Выми, месте, где река Вымь впадает в Вычегду, Стефан построил первую в Пермской земле христианскую церковь — «высоку и хорошу, красну и добру, чюдну вправду и дивну». Красота этой церкви немало способствовала делу обращения пермян в христианство. Некрещеные пермяне приходили к ней вместе с принявшими христианство «не молитвы ради, но видети хотяше красоты здания церковного». Любуясь церковью, они слушали проповеди Стефана и постепенно тоже проникались христианским духом.
Стефан полагал, что для успешного насаждения христианства необходимо уничтожить все принадлежности языческого культа. И он принялся разрушать древние языческие святилища. «Без боязни и без ужасти» ходил Стефан со своими новыми учениками по полям и лесам, отыскивал изображения древних богов, сделанные из дерева, «и обухом в лоб бьяше идола, и по ногам сокрушаше, и секирою ссечаше, и на поление раздробляйте, идо конца искореняше, и огнем сжегаше, и в пламени испепеляше».