22 сентября 1862 года Линкольн издал прокламацию об освобождении с 1 января 1863 года всех рабов, находившихся во владении участников мятежа. Освобожденные негры получили право служить в армии северян. Это позволило значительно пополнить юнионистские войска. Бывшие рабы, не обученные военному делу, использовались в основном в тыловых подразделениях, что позволило высвободить новых солдат для фронта. Ранее, 20 мая 1862 года был принят закон о гомстедах (земельных участках), согласно которому любой гражданин США мог получить во владение 160 акров (около 65 га) земли.
5 ноября 1862 года Линкольн наконец снял Джорджа Макклеллана с поста командующего Потомакской армией, обвинив его в трусости и систематической дезинформации (генерал преувеличивал как собственные успехи, так и силы противника). Но новый командующий Бернсайд потерпел поражение при Фредериксберге 12–13 декабря, потеряв в бесплодных атаках 12,7 тысячи человек против 5,3 тысячи у южан.
В 1863 году борьба продолжалась с переменным успехом. В мае северяне потерпели поражение при Чансселлорсвилле. Но 1–3 июля им удалось взять реванш при Геттисберге. Здесь вторгшаяся в Пенсильванию армия Ли была остановлена Потомакской армией Джорджа Мида и отступила, потеряв 28 тысяч человек против 23 тысяч у северян. В последний день для прикрытия отступления конфедераты предприняли безумную атаку двумя дивизиями Пиккетта и Питегрю на горный хребет, когда им пришлось идти больше километра по открытой местности под плотным огнем неприятельской артиллерии. Один из очевидцев так описывал ее: «Ряды наступавших исчезают, подобно соломинке в огне свечи. Земля усеяна телами убитых и раненых, как опавшими листьями».
После Геттисберга армия Гранта заняла бассейн Миссисипи и овладела Виксбергом. Территория Конфедерации в стратегическом отношении оказалась разделена на две части, связь между которыми была затруднена.
Тем временем Камберлендская армия северян под командованием генерала У. Розенкранса смогла переправиться через Теннесси и зайти в тыл укрепившейся в Чаттануге армии южан, которой командовал Б. Брэгг. Южане вынуждены были оставить город. 18 сентября 1863 года к Брэггу подошли подкрепления, и он решил атаковать позиции неприятеля, укрепившегося у ручья Чикамога. Это название в переводе с одного из индейских языков означает «Кровавая река».
Сражение началось утром 19 сентября. Армия северян насчитывала 57 тысяч человек, армия южан — 59 тысяч. Первым пошел в атаку левофланговый корпус генерала Дж. Томаса из армии Розенкранца, но его остановила спешенная кавалерия южан во главе с генералом Н. Форрестом. Обе стороны ввели в бой подкрепления, но не смогли добиться успеха. На следующий День к Брэггу подошли свежие части из Вирджинии, и он смог оттеснить корпус Томаса. В центре 30 тысяч конфедератов смогли прорваться в стык между дивизиями генералов Вуда и Брэннана, когда те неосторожно совершали перестроение в ходе боя. Дивизии ван Клеве и Брэннана были частью перебиты, частью взяты в плен. Корпус Томаса спасла от разгрома контратака резервного корпуса генерала Г. Грэнжера. Под ее прикрытием левый фланг северян смог организованно отступить. Остатки армии Розенкранца собрались в Чаттануге, где были осаждены южанами.
Правительство в Вашингтоне принимало все меры к тому, чтобы выручить осажденных. 23 сентября на совещании у Линкольна было решено направить к Чаттануге 20-тысячное подкрепление — два корпуса из Потомакской армии под командованием генерала Дж. Хукера. Общее руководство войсками, сражавшимися в бассейне Миссисипи, в конце сентября принял генерал У. Грант. Он заменил Розенкранца Томасом на посту командующего гарнизоном Чаттануги и приказал удерживать город во что бы то ни стало. 23 октября Грант прибыл в Чаттанугу, а в ночь на 27-е войска Хукера начали операцию по деблокаде города. Они сбили заслоны южан у переправ через Теннесси и доставили в Чаттанугу обоз с продовольствием и боеприпасами.
15 ноября под Чаттанугу прибыла еще одна армия северян, во главе с генералом У. Шерманом. Грант решил имитировать ее отходи из Чаттануги, чтобы разделить силы противника. Брэгг поддался на эту уловку и отправил на север от города 20 тысяч своих солдат. В результате под Чаттанугой у Брэгга осталось 40 тысяч солдат, тогда как Грант располагал 61 тысячью солдат.
Армия Шермана, демонстративно пройдя несколько миль по западному берегу Теннесси, затем переправилась обратно и вернулась в Чаттанугу. На рассвете 23 ноября она внезапно атаковала позиции конфедератов у северной оконечности хребта Миссионер. Одновременно Томас перешел в наступление у западного подножия этого хребта. Юнионистам удалось потеснить части противника, но тот сохранил целостность фронта.