Беглецы бежали вплоть до пригородов американской столицы. Но южане сами были слишком утомлены боем, чтобы преследовать противника. К тому же две кадровые части в армии Макдоуэлла — пехотный батальон Сайкса и кавалерийская бригада Палмера — смогли выставить что-то вроде арьергардов и задержать конфедератов, пока не были прогнаны с поля боя кавалерийской бригадой генерала-южанина Джеба Стюарга. В этом сражении северяне потеряли 418 человек убитыми, 1011 ранеными и 1216 пропавшими без вести (почти все они оказались в плену). Потери южан составили 387 убитых, 1582 раненых и 12 пленных. В качестве трофеев войскам Борегарда и Джонстона досталось 5 тысяч винтовок, 28 орудий и полмиллиона патронов.
Макдоуэлла заменил генерал Джордж Макклеллан, ранее командовавший армией Западной Виргинии. Ему удалось собрать беглецов и укрепить армию Севера (1 ноября он был назначен главнокомандующим). Однако, как выяснилось впоследствии, в проведении боевых операций Макклеллан страдал нерешительностью и медлительностью. Борегар и Джонстон 30 сентября попытались убедить президента Конфедерации Джефферсона Дэвиса в необходимости усилить 40-тысячную армию у Манассаса 20 тысячами новобранцев и идти в поход на Вашингтон. Но Дэвис не рискнул сконцентрировать все силы на одном направлении, пусть и важнейшем. Вероятно, он был прав. После первого сражения на Булл-Ране конфедераты, безусловно, смогли бы захватить Вашингтон, но наверняка не удержали бы его, а ослабление других фронтов могло привести к печальным последствиям.
27 января 1862 года Линкольн отдал приказ о генеральном наступлении. Следуя этому приказу, армия генерала У. Гранта очистила от неприятеля штат Кентукки и стала продвигаться вглубь Теннесси. 7 апреля Грант разбил армию южан во главе с генералом А. Джонстоном у Шайло на Теннесси, причем Джонстон был смертельно ранен. Правда, убитыми и ранеными северяне в этом двухдневном сражении потеряли на 3 тысячи солдат больше, чем южане. 25 апреля пал крупнейший город Конфедерации Новый Ордеан.
Менее успешно для Союза проходила кампания в Вирджинии. Там Потомакская армия генерала Макклеллана, насчитывавшая 170 тысяч человек, собиралась захватить форт Монро на Виргинском полуострове с помощью морского десанта, но южане заранее узнали об этой операции и заранее блокировали подходы к нему. После этого в марте Макклеллан был снят с поста главнокомандующего, но остался командующим Потомакской армией. 17 марта он начал грузить свои войска на суда, чтобы высадиться на Виргинском полуострове. Отсюда он собирался атаковать столицу Конфедерации Ричмонд. Однако уже 4 апреля по приказу Линкольна из Потомакской армии был изъят 30-тысячный корпус генерала Макдоуэлла и переброшен в район Манассаса. Это было вызвано поражениями, которые нанес в долине Шендоа армии северян генерала Натаниэла Бэнкса один из лучших полководцев Конфедерации генерал Томас Джексон, получивший прозвище Каменная стена. Макдоуэлл должен был прикрыть одно из возможных направлений наступления армии Джексона на Вашингтон.
На Полуострове же Макклеллан в течение месяца не мог взять укрепленный город Йорктаун, где 15-тысячная армия южан успешно имитировала присутствие 100-тысячного войска. Тем временем Джэксон 8 мая разбил корпус Фремонта, а 23 и 25 мая еще раз одолел Бэнкса у Фронт-Ройала и Винчестера, причем у Фронт-Ройала южане потеряли 50 человек, а северяне — 904. 31 мая генерал Джонстон неудачно атаковал Макклеллана при переправе через Чикахомини, когда сам Джонстон был ранен и потерял более 6 тысяч человек (потери северян превышали 5 тысяч). После этого командование главной армией Конфедерации, действовавшей в Виргинии, принял генерал Роберт Ли.
В Семидневной битве, продолжавшейся с 26 июня по 2 июля, потери южан на 5 тысяч превысили потери северян, но Макклеллан принял решение отступить от Ричмонда и расположился лагерем в устье реки Джемс. В августе Потомакская армия была эвакуирована из Виргинии.
28–30 августа защищавшая Вашингтон Виргинская армия Джона Попа была разбита во втором сражении у Булл-Рана войсками Джексона и Ли. Северяне потеряли более 16 тысяч солдат, в том числе 6 тысяч пленными, а южане — чуть более 9 тысяч. После этого Виргинская армия была слита с Потомакской под командованием Макклеллана.
В сентябре армия Ли вторглась в штат Мэриленд и 17 сентября разбила Потомакскую армию у Шарпсберга. Исход боя решил отряд Джексона Каменная стена, который за два дня до сражения захватил главную базу северян в Харперс-Ферри, захватив 11 тысяч пленных, 13 тысяч винтовок, 73 орудия и массу продовольствия и снаряжения, а затем ударил в тыл войскам Макклеллана. Впрочем, северяне тоже объявили сражение при Шарпсберге своей победой, тем более что 19 сентября Ли отошел за Потомак.