Резкие речи Гуса сильно задевали духовенство. В адрес пражского архиепископа Збынека стали поступать многочисленные жалобы. «У нас, — писал один из доносчиков, — раздаются возмутительные проповеди, которые терзают души набожных людей, уничтожают веру и делают духовенство ненавистным народу». Крайне раздражало многих утверждение Гуса, что священник, требующий денег за совершение таинств, особенно от бедных, виновен в «симонии и ереси». Возмущались и тем, что Гус по поводу смерти одного каноника сказал: «Я не хотел бы умереть, имея такие доходы».
Злясь на Гуса, враги долгое время не имели возможности обвинить его ни в чем серьезном. Но потом ему все чаще (и совершенно необоснованно) стали приписывать еретические заблуждения. В 1403 г в Пражском университете разгорелась полемика из-за богословского учения Уиклифа Немецкий магистр Гюбнер извлек из его трактатов 45 еретических положений, для обсуждения которых ректор Геррасер созвал всех пражских докторов и магистров. Заседание носило бурный характер.
Когда общественный нотарий прочел предосудительные параграфы, то за новые идеи встала целая фаланга магистров-чехов, видевшая в Уиклифе своего учителя. Но они не смогли добиться победы, и по окончании прений большинство постановило: «Чтоб никто не учил, не проповедовал и не утверждал, ни гласно, ни тайно, вышеупомянутых параграфов под страхом нарушения присяги». За этим постановлением поначалу не последовало никаких карательных мер. Среди придворных и коллег Гуса было много уиклифистов, да и сам он в проповедях никогда не скрывал своего расположения к английскому вероучителю. Но с годами враждебное отношение официальной церкви к идеям Уиклифа становилось все более непримиримым. В конце 1407 г. Римский Папа Григорий XII направил пражскому архиепископу буллу с требованием искоренить сектантов, проповедующих против учения о святом причастии.
После этого в 1408 г началось новое, более жестокое гонение. Опять были осуждены пресловутые 45 параграфов, идеи Уиклифа строго запрещалось преподавать и защищать.
Партия уиклифистов в Чехии терпела поражение и вскоре должна была совсем исчезнуть, но тут, к счастью для нее, между королем и архиепископом возникли серьезные трения. Причиной их стал церковный раскол: в то время как архиепископ Збынек со всем капитулом продолжал ориентироваться на Рим, король Вацлав (выступавший за низложение обоих соперников — как римского Григория XII, так и авиньонского Бенедикта XIII) потребовал от своих подданных соблюдения нейтралитета. (Предполагалось, что на Пизанском соборе, созыв которого Вацлав активно поддерживал, будет наконец избран законный папа, который положит конец многолетнему расколу.) Споры о нейтралитете имели важные последствия для Пражского университета. С самого основания он не был чисто чешским национальным учреждением, поскольку служил главным умственным центром не только для чехов, но и для немцев. Согласно уставу, штат университета — как профессора, так и студенты — разделялся на четыре нации — чешскую, польскую, баварскую и саксонскую. Во всех делах внутреннего самоуправления каждая нация имела один голос. Формально этим провозглашалось равенство наций, но фактически такая организация обеспечивала полное господство немецкой партии, ибо баварцы и саксонцы были природными немцами, а в польскую нацию записывались по преимуществу выходцы из Силезии.
Вопрос о нейтралитете, возбужденный королем, вызвал в университете раскол по национальному признаку. Немецкие профессора и высшее чешское духовенство твердо стояли за Григория, а чешская партия, возглавляемая Гусом, единодушно высказалась за нейтралитет. Разгневанный архиепископ назвал Гуса «непокорным сыном церкви» и запретил исполнять какие бы то ни было священнические обязанности. Вместе с ним были отрешены остальные сторонники нейтралитета. Но эта мера, вместо того чтобы напугать чешскую нацию, воодушевила ее. Симпатии пражского населения были всецело на их стороне. Гус предложил обратиться к королю с прошением об изменении университетского устава таким образом, чтобы при решении всех вопросов голоса немцев и чехов были уравнены. Король поначалу принял Гуса очень недружелюбно, но потом удовлетворил его пожелание. Итогом всех этих движений стал раскол Пражского университета. Немцы, возмущенные новшеством, стали требовать восстановления своих прав. Вацлав вспылил, велел прогнать ректора, отобрать у него печать и ключи. Тогда 16 мая 1409 г. более пяти тысяч немцев — профессоров и студентов — оставили Прагу и удалились в Лейпциг, где основали новый немецкий университет.