Выдвинутые Уиклифом положения находились в противоречии со взглядами католических теологов, суть которых состояла в том, что Бог разделил власть на духовную и светскую, причем светскую подчинил духовной, так что светская власть передается ее носителям только при посредстве духовной — главной власти на земле. В противоположность им Уиклиф утверждал, что король получает свою власть непосредственно от Бога и является таким же истинным наместником Бога, как папа.
Королевская власть над людьми так же священна, как и власть церкви над духовными делами. Никакого смешения между ними быть не должно. Все сословия в обществе обязаны подчиняться королю, как викарию Бога. Духовенство, которое также является одним из сословий, наравне с другими находится в юрисдикции короля и потому не должно платить Римскому Папе никаких налогов. Ибо Папа Римский есть всего лишь духовный глава церкви, никаких прав светской власти по отношению к английскому духовенству он не имеет и не может иметь.
Оба трактата Уиклифа были с пониманием и сочувствием встречены в Англии, но зато вызвали сильное неудовольствие в Риме. В мае 1377 г. папа Григорий XI издал против Уиклифа несколько булл. В трех из них, адресованных архиепископу Кентерберийскому Сэдбери и епископу лондонскому Куртенэ, папа бросал упрек всем английским епископам, обвиняя их в нерадивости и небрежении перед лицом очевидной ереси Джона Уиклифа. Папа перечислил 18 ошибочных заключений и утверждений Уиклифа, взятых из его трактатов, и предлагал провести надлежащее расследование. Специальная булла, с требованием положить конец распространению теорий Уиклифа, была направлена в Оксфорд. Папское требование поставило иерархов английской церкви в затруднительное положение. К этому времени Уиклиф был настолько популярен, что осудить его не представлялось возможным. Его поддерживали королевский двор, парламент и лондонские бюргеры. Университетские теологи также приняли сторону своего коллеги и заявили, что не находят в трактатах Уиклифа ничего еретического. Наконец, спустя почти год после получения папских булл, в марте 1378 г. обвиняемый предстал перед судом Сэдбери и Куртенэ.
По рассмотрении дела, епископы вынесли формальный приговор: «Уиклиф не должен в дальнейшем пропагандировать свои доктрины в проповедях во избежание соблазна мирян». Никакого реального значения этот приговор не имел.
Публикация папских булл ускорила работу Уиклифа над трактатом «О церкви», сыгравшем в дальнейшем большую роль в истории Реформации. В этом сочинении он показал, что современная католическая церковь нуждается в глубоком преобразовании, потому что в настоящем своем виде совсем не такова, какой должна быть: она удалилась от первоначального установления и слова Христова и совершенно извратила то положение, в каком находилась в апостольское время. К работе «О церкви» примыкает написанный позже трактат «О папе» (1380). Здесь, сравнивая Христа с современным римским первосвященником, Уинклиф показал, что они буквально во всем противоположны друг другу. Действительно, Христос нес правду людям, принципы папы — ложь. Христос отказался от светской власти, а папа высказал непомерные требования о подчинении себе всех светских правителей.
Христос презрел золото, а у папы все идет на продажу. Христос послал своих учеников в мир, как ягнят в стадо волков, а папа живет в великолепном замке, построенном на деньги бедняков. Христос действовал во славу Господа, а папа ищет собственной славы. Таким образом, Уиклиф приходил к выводу, что папа есть настоящий Антихрист.
От вопросов взаимоотношения церкви и государства Уиклиф перешел к рассмотрению значения таинств. Около 1379 г. появилась его знаменитая работа «О евхаристии».
Здесь Уиклиф решительно разошелся с официальным католическим учением, по которому хлеб и вино, даваемые верующему во время причастия, по молитве священника (и только его!), в буквальном смысле превращаются в тело и кровь Христову (считалось, что, вкушая эти дары, верующий тем самым приобщается к Христовой жертве и спасается). Уиклиф выражал сомнение в возможности такого чуда и писал, что хлеб остается хлебом даже после произнесения всех сакраментальных слов во время мессы. Евхаристия, по его мнению, имеет не буквальный, а символический смысл и состоит в том, что через освящение хлеб делается как бы подобием пострадавшего Христа и служит напоминанием о Его муках. Этим отвергалось одно из важнейших преимуществ духовенства перед мирянами — тайна священства. Поскольку лицо, отправляющее богослужение, не совершает никаких действительных таинств, им, в принципе, может быть любой мирянин.