Причиной к этому послужил новый виток реформ, начавшихся в Иране в 1960-х гг. В 1961 г. шах распустил на неопределенный срок враждебный ему меджлис и установил в стране единоличное правление. В 1962 г. был принят закон об аграрной реформе, суть которой можно определить так: «землю в частную собственность тем, кто ее обрабатывает». То есть полновластными собственниками становились те крестьяне, которые до этого были ее арендаторами у помещиков. Вскоре было декларировано политическое равноправие женщин. Все эти нововведения не нравились Хомейни, но прямые его столкновения с правительством начались с законопроекта о создании провинциальных и уездных советов, опубликованного в октябре 1962 г. Согласно ему, «вера в ислам» теперь не являлась обязательным предварительным условием для избирателей и кандидатов на выборах, а выражение «клясться на Коране» заменялось формулой «клясться на священной книге».
Реакция на эти неслыханные новшества последовала незамедлительно. Хомейни, обменявшись мнениями с высшими улемами Кума и Тегерана, развернул активную компанию протеста против ущемления достоинства мусульман. Он отправил в адрес шаха резкую телеграмму, в которой между прочим писал. «Я еще раз советую Вам подчиниться Богу, следовать Конституции, остерегаться нарушать Коран… В противном случае вы пожнете бурю, улемы не будут воздерживаться от высказывания своего мнения в адрес Вашей персоны…» А в одном из своих выступлений по этому вопросу он заметил: «Мусульманский народ и исламские улемы живы и здоровы. Они отрубят любую руку, которая предает сущность ислама и посягает на честь и достоинство мусульман». Усилия Хомейни достигли цели. В ноябре 1962 г. правительство аннулировало этот законопроект.
Но, то была только проба сил двух противников, которые должны были вскоре сойтись в смертельной схватке. В январе 1963 г. шах обнародовал «Шесть пунктов белой революции», представлявшие из себя развернутый план масштабных реформ. Он включал в себя: уничтожение феодальной системы, земельную реформу, национализацию лесов и пастбищ, приватизацию государственных предприятий с одновременным выкупом акций рабочими, введение всеобщего избирательного права (в том числе для женщин), борьбу с неграмотностью. Программа вызвала большое возбуждение в иранском обществе. Духовенство отнеслось к ней негативно, так как увидело здесь целый ряд положений, подрывавших позиции ислама. Особенно нетерпимо оно отнеслось к аграрной реформе и к предоставлению женщинам равных прав с мужчинами. 21 марта 1963 г. Хомейни произнес речь, в которой содержалась острая критика «белой революции». По его призыву в Куме начались массовые выступления студентов, собравшихся на траурную церемонию поминовения жертв шахского режима.
Против них пришлось применять силу — в город были двинуты войска, вспыхнули беспорядки, подавленные с большим трудом. В апреле 1963 г. Хомейни опубликовал свое знаменитое заявление под названием: «Любовь к шаху — это потворство грабежу народа». В этом заявлении, адресованном Реза-шаху, Хомейни писал «Я готов к тому, что мое сердце будет пронзено штыками Ваших агентов, но я никогда не подчинюсь Вашим несправедливым требованиям и не склонюсь перед Вашей жестокостью».
Пик антишахских выступлений этого года пришелся на июнь, (10 му-харрама по иранскому календарю) когда отмечается Ашура — день памяти величайшего шиитского мученика, третьего безгрешного имама Хусейна, павшего в бою с суннитами у местечка Кербела. Религиозные демонстрации начались в Тегеране и вскоре переросли в антиправительственные выступления. Хомейни, который к этому времени стал признанным лидером духовенства и всей оппозиции, обратился к верующим с несколькими острыми антишахскими речами. Шах отдал приказ арестовать его, что и было сделано. Весть об этом привела к настоящему восстанию. Народ из окрестных городов и деревень двинулся на Тегеран, но был остановлен войсками, открывшими огонь на поражение. В столкновениях погибли несколько тысяч человек. На фоне этих событий шла подготовка к парламентским выборам. В сентябре 1963 г. был избран новый меджлис, большинство в котором составляли сторонники реформ.
Но оппозиция еще не была побеждена. Это стало очевидно, когда начала набирать обороты компания по освобождению Хомейни. В конце концов его выпустили на свободу, и в апреле 1964 г. он вернулся в Кум. Месяцы, проведенные в тюрьме, нисколько не изменили его отношения к режиму. Напротив, выступления Хомейни стали еще более гневными и еще более непримиримыми. Шах пытался договориться с ним, но Хомейни наотрез отказался даже разговаривать с его посланниками. Тогда в ноябре 1964 г. шах приказал выслать непокорного аятоллу из страны. Хомейни доставили в машине в аэропорт Мехрабад, посадили на самолет и отправили в Анкару. Он прожил в Турции 11 месяцев и в октябре 1965 г. вместе с сыном Мустафой (также высланным из Ирана) перебрался в Ирак После паломничества в Кербелу они поселились в Неджефе, где находилась могила первого шиитского имама Али. В ноябре Хомейни начал читать курс лекций по мусульманскому праву в богословском центре при мечети Шейха Ансари. Его имя в это время уже было широко известно в мусульманском мире, и на его лекции в иные дни собиралось до 1200 слушателей, среди которых были не только студенты, но и ученые из Ирака, Пакистана, Афганистана и Индии.