Еще в первые годы моего сиротства мы приходили на огневые позиции и помогали отражать нападения негодяев и грабителей… У меня тоже была винтовка, хотя я и был ребенком…»
Как уже говорилось выше, изучив основы мусульманского правоведения и ислама, Рухолла продолжил образование в семинарии. В 1920 г. он начал обучение в Араке у знаменитого богослова Хаери Яхди. В 1922 г. школа Хаери Яхди переехал вместе со своим наставником в Кум, где располагалась одна из старейших иранских духовных семинарий Файзийе. Она, впрочем, переживала тогда не лучшие годы. Кум находился в запустении, а здания самой семинарии — в развалинах. Их пришлось восстанавливать силами студентов.
Но постепенно все устроилось. Для Рухоллы начались годы напряженного учения. Он изучал богословие, право, риторику, этику, арабскую и персидскую литературу, математику, астрономию, философию и еще множество других предметов, необходимых для того, чтобы стать настоящим факихом — знатоком ислама. Уже в эти годы он выделялся среди сверстников как своими обширными познаниями в правоведении и богословии, так и своим аскетизмом, ибо поставил себе за правило во всем следовать примеру пророка и праведных имамов. По окончании обучения Рухолла остался в Куме и долгие годы преподавал здесь фикх — юриспруденцию и догматику ислама, а также мистику и исламскую этику. В 1928 г. вышел его первый богословский труд — объемистый трактат на арабском языке об утренней молитве. А в следующем году Рухолла женился на дочери кумского теолога аятоллы Сакафи Техрани (в этом браке он имел двух сыновей и трех дочерей).
Между тем политическое положение в стране постепенно менялось. В 1921 г. Реза-хан, бывший до этого командиром казачьей бригады в Казвине, совершил государственный переворот и, пройдя путь от военного министра до премьер-министра, в 1925 г. добился низложения последнего шаха Каджарской династии.
Вскоре после этого он был провозглашен новым шахом Ирана, основав династию Пехлеви. Первое, с чего он начал свою деятельность, было восстановление власти центрального правительства на всей территории Ирана. Уже в 1921–1925 гг. Рез-хану удалось подавить повстанческие движения в Азербайджане, Гиляне, Луристане и некоторых других провинциях. Военные успехи были подкреплены кардинальными реформами. К ним Реза-шах приступил сразу же после восшествия на престол. В течение трех лет были разработаны коммерческий, уголовный и гражданский кодексы, реформирована система судопроизводства. Это было неприкрытое вторжение государства в сферу прерогатив духовенства, так как все гражданские дела оказались изъяты из юриспруденции шариатских судов, а шариатские нормы были заменены нормами буржуазного права. Вслед за тем был создан централизованный аппарат управления. Вскоре силу нового правительства почувствовали иностранные державы. В 1928 г. Рез-шах расторг неравноправные договоры с европейскими странами, навязанные государям прежней династии. Тогда же был образован Национальный банк.
Приступив к преобразованиям, Реза-шах не скрывал, что намерен коренным образом изменить облик страны. Он был человеком свободных взглядов и запретил многие религиозные церемонии, казавшиеся ему архаичными. Так под его нажимом меджлис (парламент) принял закон, разрешавший женщине снять чадру.
Поощрялось ношение европейского платья. Печать пропагандировала западный образ жизни, нормы и правила поведения, ратовала за раскрепощение женщин. В стране возникла сеть колледжей и университетов, обучение в которых происходило по западным программам и учебникам. В 1935 г Реза-шах ввел в употребление паспорта, чего прежде не было. Каждый иранец тогда должен был обзавестись фамилией.
Рухолла образовал ее от названия родного города. Так и появилась фамилия Хомейни.
В 1941–1942 гг. Иран оккупировали войска антигитлировской коалиции Реза-шах, испытывавший несомненные симпатии к фашистской Германии, отрекся от престола, передал свою власть сыну Мухаммаду Реза Пехлеви и покинул страну. Новый шах также был большим поклонником западной цивилизации и западного образа жизни. С ранних лет он воспитывался английскими и немецкими гувернерами, учился в Швейцарии, а потом закончил военное училище в Ираке. Но в первые двадцать лет правления его пристрастия проявлялись еще не достаточно отчетливо.
В эти годы вся жизнь Хомейни была всецело отдана преподавательской и богословской деятельности. Один за другим выходили его трактаты на арабском языке — комментарии к преданиям, труды по этике, мистике и мусульманской юриспруденции. Но этим круг его интересов не исчерпывался. С юности Хомейни обладал недюжинным поэтическим талантом и сочинял на фарси недурные стихи (они печатались под псевдонимом Хинди и позже составили целый том в собрании его сочинений). В конце 1950-х гг. Хомейни стал аятоллой, а в 1961 г. — великим аятоллой. В следующем году умер марджа-е таклид Боруджерди. Его преемник не был официально объявлен духовенством. Однако, на эту роль все чаще претендовал Хомейни, оторвавшийся от своих ученых изысканий и все больше втягивающийся в политику.