В ходе раскопок древних могил, проведенных в 1950-х годах в окрестностях Кумрана, было найдено большое количество предметов материальной культуры того времени. Был также обнаружен огромный, относящийся ко второму периоду заселения, монастырский комплекс с множеством молитвенных комнат и гипсовых скамей, с огромным водоемом и лабиринтом водопроводных труб. В комнате писцов были найдены чернильницы и остатки столов, достигавших в длину 5 метров, на которых разворачивались свитки. Находки подтвердили, что первое поселение было разрушено землетрясением и отстроено заново пришедшими сюда в конце царствования Ирода ессеями. Ессеи, наряду с фарисеями и саддукеями, являлись представителями одного из трех основных направлений иудаизма.
Во время археологических раскопок в Кумране было обнаружено множество рукописей, имеющих отношения к таким библейским текстам, как Бытие, Исход, Второзаконие, и книгам пророков Исаии и Иеремии. Отдельные религиозные тексты, а также разнообразные правовые и летописные документы сопровождаются комментариями. Среди этих книг есть самые древние из всех когда-либо найденных манускриптов; они написаны ранее любого из первоисточников, послуживших основой для перевода Ветхого завета в его нынешнем виде. Особый интерес представляют некоторые примечания к Библии, составленные переписчиками таким образом, чтобы соотнести ветхозаветное повествование с историческими событиями их собственного времени. Такая связь особенно ярко проявляется в комментариях писцов к Песне Песней Соломона, а также к книгам пророков Наума, Аввакума и Осии. Прием, используемый для связи подобных библейских текстов с новозаветной эпохой, основан на эсхатологических понятиях [16]; он представлял собой систему криптографических образов, в которой обычным словам и фразам приписывались особые, актуальные для того времени значения. Смысл их был понятен только посвященным в тайнопись.
Ессеи умело пользовались таким «аллегорическим шифром», встречающимся в евангельских текстах, в особенности в тех иносказаниях, которые предваряются словами «имеющие уши, да услышат». Когда переписчики, например, намекали на римлян, то писали о хеттах, народе, некогда населявшем восточное Средиземноморье. Это название применялось также и к халдеям, характеризуемых Библией как «…народ жестокий и необузданный, который ходит по широтам земли, чтобы завладеть не принадлежащими ему селениями» (Книга пророка Аввакума 1:6). Ессеи вновь ввели в употребление древнее слово, дав читателям понять, что под «хеттами» всегда следует понимать римлян.
Для того чтобы сделать содержание Нового завета недоступным пониманию римлян, они щедро насытили его пассажами с «двойным дном», — евангельский текст на поверхности искусно скрывал таящийся за ним политический смысл. Подобранные с большой осмотрительностью обращения к читателям составлялись, как правило, на основе принятых среди переписчиков подстановок кодовых слов.
В соответствии с этим, любая ссылка на «Вавилон» в действительности подразумевала Рим. Однако практическое овладение системой тайнописи стало возможно лишь после публикации некоторых находок Кумранских пещер. Только тогда, в результате проникновения в тонкости криптографической техники, удалось лучше понять ту политическую обстановку, которая скрывалась за новозаветными текстами. Наиболее глубокие исследования в этой области провела известный богослов Барбара Тиринг, с 1967 года преподаватель Сиднейского университета.
Д-р Тиринг объясняет суть тайнописи в весьма простых выражениях. Иисус, к примеру, упоминается как «слово Божие». Таким образом, внешне ни чем не примечательные стихи, — такие как во Втором послании к Тимофею (2:9) «Но для слова Божия нет уз», — следовало понимать, как относящиеся к Христу и означающие в этом случае, что он свободен. Подобным образом, римский император назывался «львом», а выражение «вырваться из пасти льва» означало высвободиться из цепкой хватки императора и его наместников.
Исследование свитков, в особенности «Экзегез», «Наставлений о порядке», «Закона общины» и «Ангельской литургии», выявило такие тайнописные толкования и псевдонимы, которых ранее не понимали или которым просто не придавали значения.
Например, слово «бедные» вовсе не относилось к живущим в нищете и лишенным прав гражданам; ими были те, кто, будучи избранными в совет старейшин общины, был обязан оставить свое имущество и земные сокровища. Словом «многие» титуловали старейшин монашеских общин, в то время как «толпой» называли местных тетрархов (правителей), а «множеством» — римских прокураторов. Послушников внутри религиозных общин именовали «детьми»; вероучение называли «путем истинным», а тех, кто следовал его основным принципам — «детьми света».