Вплоть до 1306 года тамплиеры действовали без какого-либо вмешательства со стороны пап, но Филипп сумел изменить такое положение дел. Страдавший от безденежья монарх обратил внимание на доходы французского духовенства и обложил его налогами без разрешения папы римского. Бонифаций VIII на действия короля отреагировал отлучением того от церкви. Последний, не желая мириться с произволом понтифика, направил в Италию команду своих людей, захвативших папу и подвергших его всяческим оскорблениям. Не выдержав потрясения, Бонифаций VIII потерял рассудок и вскоре умер. Понтификат его преемника Бенедикта XI длился недолго. Как-то во время обеда к нему явился молодой клирик, переодетый монахиней, и преподнес блюдо с фигами, которые якобы были присланы аббатисой какого-то монастыря. В тот же вечер папа скончался в страшных конвульсиях. На его место король Филипп IV выдвинул своего ставленника — архиепископа Бертрана Бордоского, который в должное время взошел на Апостольский престол под именем папы Климента V. Имея в своем полном распоряжении папу-марионетку, находившегося в неоплатном долгу перед королем, Филипп Красивый составил длинный перечень обвинений, предъявляемых тамплиерам. Самым легким из них являлось обвинение в ереси, ибо всем было известно, что храмовники не придерживались ортодоксального взгляда на распятие Иисуса Христа и не носили канонического латинского креста. Также было установлено, что коммерческие и дипломатические дела связывали рыцарей ордена с иудеями, гностиками и мусульманами.
В 1307 году по приказу Филиппа его приспешники тайно произвели аресты всех тамплиеров на территории королевства. Схваченные рыцари были брошены в застенок, допрошены с пристрастием, подвергнуты пыткам и, в конце концов, отправлены на костер. Для дачи показаний против ордена вызывались подкупленные свидетели, сделавшие несколько воистину невероятных заявлений. Тамплиеры обвинялись во множестве всевозможных неприглядных деяний, в числе которых упоминались некромантия, содомия, аборты, поношение святых и черная магия. При каких обстоятельствах ни давались бы свидетельские показания — за взятку или под принуждением, — после дознания все свидетели исчезли бесследно. Несмотря на это, король не добился своей главной цели, ибо ковчег и сокровище по-прежнему находились вне пределов его досягаемости. В тщетных усилиях клевреты Филиппа обрыскали вдоль и поперек Лангедок и Шампань — клад находился далеко на севере, спрятанный в одной их подземных сокровищниц Парижа.
В те времена Великим магистром ордена был приор Нормандии Жак де Моле. Отчетливо осознавая, что папа Климент V является лишь пешкой в крупной игре Филиппа, он организовал отправку сокровищ морем. Достояние рыцарского братства погрузили на восемнадцать галер, которые вышли из порта Ла-Рошель. Большая их часть пристала к берегам Шотландии, но французский монарх, находясь в полном неведении относительно этого, пытался договориться с остальными государями Европы о преследовании храмовников за пределами Франции. Впоследствии Филипп Красивый заставил папу Климента V объявить тамплиеров вне закона и распустить орден. Два года спустя, в 1314 году, на одной из парижских площадей, при огромном стечении народа, был сожжен на медленном огне и сам Жак де Моле.
Английский король Эдуард II не изъявил особого желания начинать преследование храмовников, но, как зять Филиппа, он был вынужден уступить настойчивым требованиям своего тестя. Таким образом, получив ясные указания от папы, он полностью подчинился правилам игры, диктуемым инквизиторам. Последовали повальные аресты тамплиеров в Англии; земли и собственность их были конфискованы и позднее перешли во владения госпитальеров.
В Шотландии, однако, события разворачивались по совершенно другому сценарию — папские буллы здесь игнорировались полностью. Еще в 1128 году, вслед за собором в Труа, Хуго де Пейнс впервые встретился с королем Шотландии Давидом I, а св. Бернард Клервоский объединил кельтскую церковь с орденом цистерцианцев. Король Давид пожаловал Великому магистру и его рыцарям земли Баллантрадоха на побережье залива Ферт-оф-Форт, где тамплиеры в Южном Эске основали свою главную резиденцию. Поддержку и содействие ордену оказывали также все последующие монархи, в особенности, Вильям Лев. Рыцарям были переданы во владения огромные пространства земли — в частности, в окрестностях Лотиана и Абердина. Тамплиеры также получили в дар значительную по объему недвижимую собственность в Эршире и на западе Шотландии. Крупный воинский контингент храмовников в 1314 году принимал участие в битве при Баннокберне, после которой слава о доблести тамплиеров прогремела по всему Аргайлширу и Лорнширу. С тех времен каждый последующий наследник династии Брюсов и Стюартов становился тамплиером с момента своего рождения, в силу чего в королевском роду Шотландии кроме царей-священников появились и рыцари-священники.