В 1947 году в числе тридцати актеров он принял участие в движении протеста против работы комиссии по расследованию антиамериканской деятельности. В период «холодной войны» Фонда не работал в Голливуде. Одной из последних его работ перед длительным перерывом стала роль в фильме «Долгая ночь» А. Литвака – римейке знаменитой картины Марселя Карне «День начинается», где он играл роль, которую во французском варианте исполнял Жан Габен.
В 1948 году состоялось триумфальное возвращение Фонды на Бродвей в героической комедии «Мистер Робертс». Автор пьесы Том Хегген говорил: «Когда я писал „Робертса“, в главном герое я видел Фонду». Актер и персонаж слились в одно целое. Генри полюбил своего лейтенанта Дугласа Робертса, этого неисправимого идеалиста, внеся в трактовку образа много личного. Комедийные краски придавали его исполнению легкость и живость. Роль Дугласа Робертса стала одним из высших актерских достижений Фонды на сцене.
В 1955 году актер возвращается в Голливуд. За экранизацию пьесы «Мистер Робертс» взялся Джон Форд. Образ главного героя был для Фонды слишком близким, своим, и те поправки, которые хотел внести в его трактовку режиссер, оказались для него невозможными. Дело дошло до ссоры, и заканчивал фильм Мервин Ле Рой.
Фонда с энтузиазмом отнесся к предложению сыграть Пьера Безухова в итало-американской экранизации «Войны и мира» (1956) Толстого. «Я знаю, что физически не подхожу для Пьера, – говорил он. – Но я решил, что если надену очки, немного подложу ваты, зачешу волосы на лоб, ничего страшного… У них был шок, когда они увидели мой грим. Вату убрали немедленно, несмотря на мои протесты. Произошла ожесточенная борьба между мной и продюсером, нужно ли носить очки». Его Пьер Безухов, стройный и элегантный, с замедленными движениями пантеры и негромким голосом, был обаятелен.
В 1957 году Фонда финансирует постановку фильма «Двенадцать разгневанных мужчин». Он с особой тщательностью разработал все тонкости характера своего героя, архитектора Дэвиса. Двенадцать присяжных должны вынести вердикт: виновен подсудимый или невиновен. И только восьмой присяжный, Дэвис, в полной мере сознает свою ответственность за судьбу конкретного подсудимого…
«Я человек, склонный к самоанализу, самонаблюдению, – говорил Генри в одном из интервью. – Самое увлекательное, самое захватывающее в работе – подготовка. Вы медленно движетесь в поисках духа и темперамента характера, пока не поймете, что овладели им. Очень медленно расстаетесь с собой и становитесь другим человеком». И еще: "Предпочитаю работать в театре, потому что там можно постоянно развивать характер героя. Лишь однажды это для меня по-настоящему можно было сделать в кино – в «Двенадцати разгневанных мужчинах».
Фонда принимал участие в предвыборном «шоу» Кеннеди, и его популярность во многом помогла кандидату. Политические симпатии переросли в личные. Супруги Кеннеди часто бывали у Фонды, дружба связывала его с братьями Джоном и Робертом. Убийство президента, происшедшее 22 ноября 1963 года, он воспринял как личное горе. Участие Фонды в фильме «Самый достойный» (1964) – в какой-то степени память о Кеннеди. Чертами Кеннеди актер наградил и президента, которого сыграл в фильме «Система безопасности».
В конце 1960-х годов Генри впервые появился в отрицательных ролях. В вестерне «Огненный ручей» В. Макивити он играет главу бандитской шайки, которая терроризирует весь город. В «спагетти-вестерне» итальянского режиссера Серджо Леоне «Однажды на Западе» – хладнокровного наемного убийцу. Но американские зрители не приняли эти фильмы, а Серджо Леоне обвиняли чуть ли не в покушении на национальные святыни.
Тем временем наконец-то наладилась личная жизнь Фонды, которая до сих пор складывалась нелегко. Актер был женат пять раз, причем две его жены покончили жизнь самоубийством (в том числе мать Джейн Фонды, узнавшая об изменах мужа). Удачным оказался лишь последний брак, когда он, уже в преклонном возрасте, 3 декабря 1966 года, женился на молодой стюардессе Ширли Адамс.
Фонда и после шестидесяти был так же строен, подтянут и так же ловко сидел в седле, как и в тридцать пять. И это несмотря на то что «ковбой Фонда», этот американский вариант Робин Гуда, признавался, что всю жизнь «ненавидел и боялся лошадей».
В последние полтора десятилетия жизни Генри Фонда снимался очень активно, чаще всего в коммерческом кино. «Никто меня не приглашал работать снова, никому я не был нужен… Звучит смешно, но именно поэтому я соглашался на предложения, от которых мне следовало отказаться», – сетовал Фонда. Он говорил, что «смертельно устал играть роли, которые ему не нравятся», но на вопрос о том, почему, перешагнув через 70-летие, продолжает так много работать, объяснил, что «не может даже подумать о чем-нибудь более важном, чем работа». И добавил: «Если бы я не стал актером, то, вероятно, превратился бы в управляющего отделением кредитного банка и не знал бы, чего я мог лишиться. Это совсем как у Роберта Фроста: „Две тропинки в лесу выглядят совсем одинаково, вы выбираете одну из них и не знаете, что сулит другая…“»