Образование свое Ян Гус завершил в Пражском университете, в котором впоследствии занял должность ректора. Одновременно со службой в университете Я. Гус был проповедником в Вифлеемской часовне и духовником королевы Софии. Его проповеди на родном языке всегда привлекали много народа: по словам одного из историков, он «обращался преимущественно к здравому, неиспорченному рассудку своих слушателей, поучал их, возбуждал в них новые думы; он взывал к чистому, неоскверненному сердцу чешского народа и своими наставлениями побуждал его к добрым делам». Всю свою душу вкладывал Я. Гус в проповеди и все, что понимал и чувствовал сам, старался передать народу. И как слушали его чехи! Другой священник и говорил как будто красноречивее, но ни один не мог вложить в свои слова столько сердца и души, как Я. Гус. Он старался растолковать простому народу, как надо понимать Священное Писание: что любить Бога — это исполнять Его волю, а воля Бога состоит в том, чтобы люди любили друг друга и были братьями… Богу угодны добрые дела, поэтому нужно отбросить вражду и злобу и жить по правде, не прельщаясь богатствами и почестями…
Но вскоре Я. Гус начал обличать и духовенство. Он говорил, что великий грех — обижать слабых и беззащитных; но еще больший грех — когда это делают священники, которые должны своей жизнью подавать пример, а между тем среди них есть «величайшие враги слова Божьего». И, конечно, такими проповедями Я. Гус нажил себе много врагов. Однажды он заметил, что архиепископ Праги сам неправильно высказывается о вопросах веры, и не побоялся указать ему на ошибку. Это очень рассердило архиепископа, что сразу же заметили недруги Я. Гуса. Они стали подавать на него жалобы, например, что он старается настроить народ против священников и т. д. Никакой вины по этим наветам за Я. Гусом не нашлось, и архиепископ оправдал его, но все же лишил должности синодального проповедника.
Я. Гус, пользуясь поддержкой верховной власти, продолжал свои обличительные проповеди. Особенно горячо выступал он против индульгенций, которые продавались в Праге по случаю объявления папой крестового похода против неаполитанского короля, стремившегося к политическому объединению Италии. На публичном диспуте в Пражском университете индульгенции были осуждены, папские буллы объявлены не имеющими силы, как противные Священному Писанию, а сам папа провозглашался антихристом.
На диспуте присутствовало много ученых профессоров, докторов богословия, магистров и студентов; последние, увлеченные горячими речами, с толпой горожан направились на площадь перед Королевским дворцом, где сожгли привезенные папским легатом две буллы. Эти события еще больше обострились национальной враждой, издавна существовавшей между чехами и немцами. А раздражение немецкого духовенства в то время достигло такой силы, что оно пыталось до основания разрушить Вифлеемскую часовню как «еретическое гнездо». Кроме того, папа Иоанн XXIII требовал удаления из Праги давно отлученного от церкви Я. Гуса, и тот в декабре 1412 года по личной просьбе короля переехал в Козий городок. Но и в здешнем уединении он не прекращал своей деятельности, написал большую часть своих сочинений.
Германский император Сигизмунд, родной брат короля Вацлава IV, уговорил папу Иоанна XXIII созвать всеобщий церковный собор в Констанце. Я. Гус обрадовался приглашению на Собор: «Вот теперь-то перед всем Собором я расскажу, чему я учу, и все поймут, что учу я тому же, чему учил Христос с апостолами». Но друзья испугались и стали отговаривать его от поездки, и впоследствии оказались правы. Приглашая Я. Гуса на Собор и даже дав ему «охранную грамоту», император лишь хотел завлечь его в западню. Перед отъездом Я. Гус, будто предчувствуя свою скорую кончину, обратился ко всем чехам с задушевным прощальным посланием, в котором просил молиться за него и выражал надежду на свидание — если не в Праге, то в загробной жизни. По дороге на встречу со своим проповедником выходили толпы народа, но и враги не дремали. Они заранее собрали против Я. Гуса большой обвинительный материал и привезли с собой в Констанц много свидетелей.
Некоторое время Я. Гус пользовался в Констанце относительной свободой, на первых порах папа даже обещал взять его под свою защиту. Ученый все дни просиживал дома, готовясь к своему выступлению, и думал не о том, как будет защищаться, а о том, как бы заставить Собор признать его правду. Чтобы все католическое духовенство увидело те грехи, в которые впала церковь, и захотело бы исправить и очистить себя. Однако вскоре римский папа, чувствуя собственное непрочное положение, отказался от своих слов и даже содействовал аресту Я. Гуса. Великий проповедник был заключен в сырое и мрачное подземелье доминиканского монастыря. Рядом с тюрьмой находилась яма, куда стекались нечистоты; зловонный воздух поднимался от нее и шел прямо в камеру, и от сырости и вредного воздуха Я. Гус заболел. «У меня зубы болят, меня беспокоит кровохарканье, головные боли и каменная болезнь», — писал он друзьям.