252 
Вскоре после возвращения на базу началась война. Корабли отражали воздушный налет на Севастополь, ставили мины. Моряков, которых готовили к борьбе с воздушными и морскими целями, пришлось учить стрельбе по целям береговым. Горшков не раз выходил на обстрелы неприятельских войск под Одессой, сделал вывод о необходимости корректировки огня и обязательном присутствии в сухопутных войсках представителя флота со средствами связи.
14 сентября С.Г. Горшкова назначили командиром десантного отряда кораблей при высадке у Григорьевки под Одессой. Так как эсминец «Фрунзе», на котором командир десанта Л.А. Владимирский следовал в Одессу для установления взаимодействия с отрядом высадочных средств, был потоплен немецкой авиацией, Горшкову приказали принять командование. Капитан 1?го ранга решил проводить высадку на корабельных средствах. Моряки доставили на берег первую волну десанта, а подошедший позднее отряд высадочных средств принял оставшиеся войска. Неприятель был отброшен от Одессы с потерями.
Горшков, произведенный в контр?адмиралы, с 13 октября 1941 года в течение года командовал Азовской флотилией, которая обеспечивала коммуникации и взаимодействовала с сухопутными войсками. Контр?адмирал основными путями выполнения задач определил: действия кораблей и авиации против неприятеля на северном побережье, создание единой с Южным фронтом противодесантной обороны восточного берега, нападения на вражеские коммуникации и конвоирование наиболее ценных транспортов. Штаб флотилии установил взаимодействие с сухопутными войсками и готовил планы боевой деятельности. Были развернуты систематическая разведка, береговая и корабельная дозорная служба, налажена регулярная боевая подготовка кораблей и частей. Все эти меры способствовали превращению соединения в эффективно действующую боевую силу.
В Керченско?Феодосийской десантной операции Азовская флотилия и Керченская военно?морская база 25–30 декабря на маломореходных судах перебросили на Керченский полуостров до 20 тысяч войск 51?й армии и снабжали их. Зимой десятки штурмовых отрядов флотилии по льду атаковывали неприятельские укрепления у Таганрога и восточнее Мариуполя, истребляли дозоры и быстро уходили. От моряков, возвращавшихся с задания, командующий или офицеры штаба узнавали детали похода, набирались опыта. Действовали против неприятеля авиация и артиллерия флотилии. Контр?адмирал, изучавший армейские уставы и наставления, свободно оперировал их понятиями, что помогало взаимодействию с войсками.
Весной 1942 года Азовская флотилия обеспечивала безопасность коммуникаций на море, содействовала войскам Крымского фронта на северном берегу Керченского полуострова и войскам Южного фронта на участках Таганрог, Мариуполь. После того как войска Крымского фронта отступили, моряки эвакуировали их на Таманский полуостров. Флотилия атаками связала вооруженные суда противника, сосредоточенные в Мариуполе. Когда после взятия Севастополя немецкие войска развернули наступление к Северному Кавказу, в боях под Азовом, Ейском и Темрюком, на Кубани и Таманском полуострове в августе 1942 года Азовская флотилия задержала наступающего противника на месяц и нанесла ему значительные потери. Флотилия лишилась большинства кораблей, однако часть их прорвалась через Керченский пролив. Удалось спасти многие скопившиеся в портах Азовского моря суда.
9 августа С.Г. Горшкову поручили командование силами флотилии, Керченской и Новороссийской военно?морских баз, предназначенных для обороны Таманского полуострова. Германские войска смогли занять Таманский полуостров лишь после того, как Азовское море оставил последний корабль флотилии, а войска отошли для обороны Новороссийска. 2 сентября, когда возникла непосредственная опасность прорыва неприятеля, контр?адмирала назначили руководителем обороны города. В ночь на 10 сентября с ним прервалась связь войск, отошедших из города; посланный отряд разведчиков нашел флагмана в подвале разрушенного дома и вывез на восточный берег.
14 октября 1942 года приказом командующего Черноморским флотом Азовская флотилия была расформирована, ибо все берега Азовского моря оказались в руках немецких войск. Вторично Горшков принял Азовскую флотилию 20 февраля 1943 года, когда советские войска отбросили гитлеровцев с Кавказа. Флагман стоял во главе флотилии до 5 января 1944 года, затем — с 6 февраля по 20 апреля 1944 года. Весной 1943 года он командовал рядом десантных операций и набегов на временно занятое немцами побережье для содействия наступающим сухопутным войскам Южного и Северо?Кавказского фронтов. Наиболее крупными операциями флотилии были десанты в Мариуполь и Осипенко. Особенностью этого периода были непосредственные подготовка и проведение операций штабом флотилии, из штабных офицеров назначали командиров высадки и офицеров их штабов. За освобождение Таганрога, Мариуполя и Осипенко контр?адмирала С.Г. Горшкова наградили орденом Кутузова 1?й степени.
252 
