Следующая военная экспедиция на юг, возглавляемая Альмагро, добыла сравнительно мало золота, зато сделала ряд крупных географических открытий. С необычайными трудностями, теряя десятки испанцев и сотни индейцев, члены экспедиции перешли Центральные Анды, открыв озера Титикака и Поопо, плоскогорье, долины больших и малых рек и вернулись через пустыню Атакама.
Тем временем инки восстали. Хуан Писарро был убит в бою, его братья Эрнандо и Гонсало защищались в осажденной крепости. Возвращаясь из похода, Альмагро разгромил армию инков и освободил город, тем не менее приказав взять под стражу братьев Писарро. Младшему брату удалось бежать, а за старшего Франсиско Писарро обещал уступить город Куско. Но как только три брата встретились, они совместно выступили против Альмагро, взяли его в плен и казнили в 1538 году.
Спустя три года сторонники казненного убили Франсиско, а губернатором самовольно назначили младшего брата Альмагро — Диего. Вскоре по приказу короля ему отрубили голову. На этом «эпидемия казней» не кончилась. Молодой Гонсало Писарро отправился на поиски Эльдорадо. Его отряд преодолел Анды, открыл реки в верховьях Амазонки, страшно бедствовал в тропических лесах и болотах, после чего из 340 испанцев осталось в живых только 80. Не найдя вожделенной страны золота, Гонсало некоторое время оставался хозяином серебряных рудников, разбогател и в 1544 году совершил переворот, захватив губернаторский пост. Через четыре года его по приказу короля арестовали, приговорив к смертной казни.
Из четырех братьев Писарро умер на родине лишь старший — Эрнандо (один из немногих конкистадоров, доживших до преклонного возраста). А в Испании распространялись, множились, украшались все новыми домыслами и переходили в другие страны слухи об Эльдорадо, где крыши храмов крыты чистым золотом, а местные жители, за неимением другой, пользуются посудой только из серебра и золота.
Несколько экспедиций, отправившихся из Испании на поиски Эльдорадо, закончились полным провалом. В географическом отношении наибольших успехов добились отряды Ордаса и Эрреры, обследовавшие долину реки Ориноко и ее левого притока Меты. Но «златых гор» они так и не обнаружили. Отряд Франциско Орельяны, посланный Гонсало Писарро на разведку по реке, позже названной Амазонкой, впервые пересек Южную Америку.
Жгучий интерес к Эльдорадо ощутили и немецкие банкиры, купившие право на земли Южной Америки, примыкающие с юга к Карибскому морю. Первая их экспедиция, которую возглавлял Амброзий Эхингер (испанцы звали его Альфингером), прошла от порта Коро на запад вдоль побережья, беспощадно обращая в рабство или убивая местных жителей, грабя и сжигая селения. Они открыли хребет Восточную Кордильеру, но жаждали только золота и рабов. В конце концов их всех убили индейцы.
Другой крупный немецкий отряд в 1535 году пошел от Коро на юг. Руководитель — фон Шпейер — избрал не лучший маршрут, пересекая левые притоки Ориноко среди лесов, болот и редких возвышенностей. Они прошли около тысячи километров. Одежда превратилась в лохмотья, силы у оставшихся в живых были на исходе. Они добрались до самого крупного притока Ориноко — Гуавьяре. Если бы они повернули на северо-запад, то смогли бы достигнуть «страны золота» (хотя и не сказочно богатой). Но они свернули на северо-восток и, вступая в схватки с индейцами, двинулись в обратный путь.
Удачливей оказался другой немецкий авантюрист — Николай Федерман. Сначала он тоже пошел на юг, но затем повернул на юго-запад, поднялся на Восточную Кордильеру и достиг владений индейцев муисков (чибчей), отличавшихся сравнительно высоким культурным уровнем.
Несколько раньше в данный район пришли испанцы, возглавляемые Педро Эредиа. Путь их оказался проще и короче: от расположенных значительно западнее Коро портов Санта-Марта и Картахена — прямо на юг. Экспедиция Эредиа в течение трех лет грабила страну муисков, главным образом — храмы и захоронения знатных вождей и жрецов. Золотых изделий было немало, и все испанцы вскоре стали богачами.
Одним из первооткрывателей золотоносного района, где местные жители добывали драгоценный металл, был офицер отряда Эредиа португалец Жуан Сезар. Он с отрядом перешел из долины реки Отрато на восток, в долину Каука, левого притока Магдалены. Здесь золото добывали в речных песках. Под натиском индейцев конкистадоры вынуждены были отступить, унося с собой многокилограммовые котомки с драгоценным металлом.