Столицей одного из княжеств и являлся Пенджикент. Площадь города была невелика: в общей сложности всего 19 га. Городские постройки были возведены из крупного (до 50 см в длину) сырцового кирпича. Толстые глинобитные стены взбегали по склонам холмов. На западе возвышалась хорошо укрепленная цитадель — кухендиз, еще выше поднималась сторожевая башня, соединенная с крепостью и городом коридором оборонительных стен. Слева от городских ворот, прикрывая их, располагалась башня, позволявшая обстреливать врага сбоку, когда он подступал к воротам. От ворот, полого поднимаясь наверх, шла дорога, переходящая в городскую улицу.
Центральная площадь «собственно города» — шахристана — с одной стороны была сплошь застроена двух- и трехэтажными домами знати. С другой ее стороны возвышались украшенные скульптурой и многоцветными росписями открытые портики двух городских храмов. Как показали раскопки, один из этих храмов был покинут еще в древности, а второй погиб в огне огромного пожара. В результате в первом храме относительно хорошо сохранились стенные росписи, но сгнили или были растащены все деревянные детали архитектуры, а во втором безвозвратно погибла стенная живопись, но зато уцелело обугленные дерево.
Каждый храм состоял из обширного прямоугольного двора, окруженного стеной, и центральной части, поднятой на высокую платформу. Храмы выходили на площадь широкими, открытыми на восток порталами — айванами. К айвану из двора вел лестничный или покатый пандусный подъем.
Один из двух храмов Пенджикента — северный, тот, что был по каким-то причинам покинут, как установили исследователи, был посвящен местному культу обожествленных природных стихий. Его центральный айван украшали раскрашенные глиняные рельефы, по технике и по характеру изображений напоминавшие произведения кушанского искусства. Рельефы тянулись вдоль всего айвана, обтекая дверной проем и переходя с одной стены на другую. Лучше сохранилась левая, южная, половина. Здесь располагалась рельефная композиция, изображающая обожествленную реку Зеравшан, называвшуюся по-согдийски Намик — «Несущий воды». Из каменистого грота бежали окрашенные синей краской струи воды со спиральными завитками волн. В воде плавали всевозможные существа, среди которых — зубастое чудовище, заглатывающее двух небольших рыб, фигура мифического тритона — существа с телом человека и рыбьими хвостами вместо ног, бога воды с трезубцем в правой руке. Несмотря на то, что изображения сильно повреждены, все же достаточно ясно можно понять, что перед нами персонажи, известные еще по памятникам кушанского искусства. Зубастое чудовище — макара пришло сюда из индийской мифологии, а изображения тритона, дельфина, Посейдона (Нептуна) и Нереиды заимствованы из античного (греческого) искусства.
Миновав айван, молящийся вступал в обширный двор, где перед ним открывался шестиколонный портик храма. У святилища не было восточной стены, оно было раскрыто навстречу восходящему солнцу. Солнечный свет, проникая внутрь зала, озарял стены, сплошь покрытые цветистой росписью. Четыре резные колонны поддерживали плоский потолок. В глубине большого зала, между двух глиняных статуй, сидящих в глубине зала, в нишах, была устроена дверь, ведшая в совершенно темное святилище, где, очевидно, находилась статуя главного божества. Молящиеся не допускались не только сюда, но и в храм. Они оставались во дворе, издали наблюдая за богослужением и за процессиями, проходящими вокруг святилища по специальным коридорам. Благодаря отсутствию восточной стены все внутреннее великолепие храма было хорошо видно и безусловно производило сильное впечатление на горожан и гостей древнего Пенджикента.
В южном храме, погибшем в огне большого пожара, уцелели остатки живописи, и в их числе — ныне знаменитая «сцена оплакивания». В сюжете этой росписи А. Ю. Якубовский видит легенду о Сиявуше — божестве в облике прекрасного юноши, олицетворявшего ежегодно умирающую и воскресающую природу.
На ложе под балдахином покоится тело умершего юноши. Его оплакивают боги и люди. Древний художник, пользуясь темно-красной, коричневой, черной и белой краской, проложенной по алебастровому грунту, живо передал разнообразные позы людей, характерное различие в их лицах. Скорбя по ушедшему, плачущие наносят себе удары, рвут на себе волосы, царапают лица, надрезают длинными ножами мочки ушей. Одни из этих людей — светлокожие, с овальными лицами — несомненно согдийцы. Лица других выкрашены в желто-коричневый цвет, у них подчеркнуты выступающие скулы и удлиненные раскосые глаза: это, по-видимому, тюрки. В оплакивании принимают участие и божества, чьи изображения располагались по сторонам от центральной группы. Справа находились божества мужские, слева — женские. Их изображения по размеру значительно больше, чем фигуры людей, вокруг их голов видно сияние нимба, а одна из богинь изображена многорукой.