Именно оно претендовало на то, чтобы стать руководящим органом в масштабах всей Сибири, Дальнего Востока, Урала и Поволжья. 23 сентября при активном участии омских политиков в Уфе было провозглашено Временное Всероссийское правительство — Уфимская директория (вскоре переехавшая в Омск). Во главе нее, кроме Вологодского, встали правый эсер Авксентьев, кадет Астров и генерал Болдырев. При этом Омское правительство было реорганизовано в Совет министров.
С созданием Директории белое движение на востоке России все еще оставалось разрозненным. Демократическая по форме Директория не имела опоры в армии. Среди офицеров и генералов было распространено убеждение, что только «твердая», единоличная власть может спасти Россию. Однако подходящей кандидатуры на роль диктатора долго не находилось. Когда в октябре в Омске по дороге на юг остановился Колчак, все взоры сразу обратились на него. Он был крупной личностью общероссийского масштаба, и участие его в правительстве должно было сразу поднять престиж последнего. Генерал Болдырев предложил Колчаку занять пост военного и морского министра После некоторого колебания тот согласился.
Омские директора надеялись обрести в лице Колчака надежного генерала, который укрепил бы в войсках престиж гражданской власти. Однако, как и их парижские собратья за сто лет до этого, рассчитывавшие найти опору в генерале Бонапарте, они сильно просчитались. Фактически сразу после появления Колчака в Омске началась подготовка военного переворота в его пользу.
Колчак официально в нем не участвовал, хотя знал о заговоре. «Об этом перевороте, — говорил он позже, — слухи носились; частным образом мне морские офицеры говорили, но день и время никто фиксировать не мог». В ночь на 18 ноября заговорщики (в их число входил чуть ли не весь состав Ставки и штаб) при поддержке верных казачьих частей арестовали членов Директории и нескольких министров (большая часть министров также состояла в заговоре), а затем провозгласили вице-адмирала Колчака полным адмиралом и Верховным правителем с передачей ему всей полноты власти Колчак принял диктаторские полномочия спокойно, сознавая огромный груз сопряженной с ними ответственности. О своей политической программе он заявил следующее: «Я не пойду ни по пути реакции, ни по гибельному пути партийности. Главной своей целью ставлю создание боеспособной армии, победу над большевизмом и установление законности и правопорядка, дабы народ мог беспрепятственно избрать себе образ правления, который он пожелает, и осуществить великие идеи свободы, ныне провозглашенные по всему миру». Генералитет, армия и уральское казачество сразу признали власть нового Верховного правителя. Напротив, правительства в Екатеринбурге и Уфе протестовали против факта переворота и потому были разогнаны. Атаман Забайкальского казачьего войска Семенов и атаман Уссурийского казачества Калмыков также долго отказывались признавать власть Колчака и подчинились ему лишь номинально. Их крупные воинские формирования так и не появились в Поволжье и на Урале.
История предоставила Колчаку редкую возможность повлиять на ход исторических событий в огромной стране. На короткий срок под его властью объединилась большая часть бывшей Российской империи. Вследствие этого, кроме военных, ему приходилось решать немало сложных политических и экономических вопросов. Однако рассматривая с этой стороны деятельность Верховного правителя, нужно помнить, что она протекала в условиях ожесточенной Гражданской войны, которая не оставляла места для социальных маневров. Все обещанные демократические преобразования были оставлены «до победы». «Только уничтожение большевизма может создать условия спокойной жизни, о чем так исстрадалась русская земля, — писал Колчак, — только после выполнения этой тяжелой задачи мы все сможем снова подумать о правильном устройстве всей нашей державной государственности». С первых дней своей власти и до самого конца Колчак правил как жесткий диктатор.
Командующим военными округами было предоставлено право объявлять местности на осадном положении, закрывать оппозиционные газеты и выносить смертные приговоры. Национализированные при советской власти фабрики и заводы возвращались прежним владельцам. Точно так же подлежали возвращению земли, незаконно отобранные у хуторян и отрубников. Не вернулись обратно прежним хозяевам только помещичьи имения (таковых в Сибири было сравнительно немного). Они переходили в распоряжение государства и в дальнейшем подлежали продаже через земельный банк.