Затем об узнике, казалось, забыли, оставив его томиться в одиночном заключении. Для Бакунина это была худшая из всех возможных пыток. Позже он рассказывал Герцену: «Страшная вещь — пожизненное заключение. Каждый день говорить себе: «Сегодня я поглупел, а завтра буду еще глупее». Со страшною зубною болью, продолжавшейся по неделям (результат цинги)… не спать ни дней, ни ночей, — что б ни делал, что бы ни читал, даже во время сна чувствуешь какое-то неспокойное ворочание в сердце и в печени с вечным ощущением: я раб, я мертвец, я труп…» «Вы никогда не поймете, — писал он в одном из писем родным, — что значит чувствовать себя погребенным заживо… чувствовать себя полным самоотвержения, способным ко всяким жертвам и даже героизму… — и видеть, как все эти порывы разбиваются о четыре голых стены…» В марте 1854 г. Бакунина перевели из Петропавловской крепости в Шлиссельбургскую. Здесь его также было приказано содержать в «лучшем и самом надежнейшем из номеров секретного замка» и «иметь за ним бдительнейшее и строжайшее наблюдение». В феврале 1855 г., после смерти Николая I, когда объявлены были амнистия и различные послабления политзаключенным, родные стали хлопотать о несчастном узнике. Но все было тщетно. В начале 1857 г. Бакунин отправил Александру II письмо, полное глубокого покаяния. Император написал на его прошении: «Другого для него исхода не вижу, как ссылку в Сибирь на поселение». Но для Бакунина, после семи лет одиночного заключения, это, несомненно, была большая милость.
Местом проживания ему была назначена Нелюбинская волость. Однако губернатор Западной Сибири Гасфорд ввиду плохого здоровья ссыльного разрешил ему поселиться в Томске.
Проживая в этом городе, Бакунин познакомился с семейством Квятковских и вскоре увлекся молоденькой 17-летней девушкой Антониной Ксаверьевной Квятковской. В октябре 1858 г. он женился на ней. Весной 1859 г.
Бакуниным позволили переехать в Иркутск, в Восточную Сибирь. Тамошний губернатор граф Муравьев-Амурский, родственник Бакуниных, принял в его судьбе большое участие. С его помощью Бакунин получил разрешение на свободное перемещение. Этим правом он и воспользовался для достижения долгожданной свободы. Летом 1861 г. (уже после отставки Муравьева) Бакунин по поручению купца Собашникова отправился на Амур для постройки торговых и промышленных предприятий. Добравшись до Николаева, он на клипере «Стрелок» поплыл на пост Де-Кастри, который ему надо было осмотреть с коммерческими целями. По пути он пересел на американское судно, ведомое «Стрелком» на буксире, и добрался на нем до Японии. В начале сентября в Иокогаме ему удалось сесть на другой американский корабль, доставивший его в Сан-Франциско. (Как удалось ему осуществить этот дерзкий побег, по сей день остается тайной. Очевидно, он имел могущественных покровителей, но пособничество их не было доказано.) Из США Бакунин в декабре того же года прибыл в Лондон, где жили Герцен и Огарев. «В нашу работу, в наш замкнутый двойной союз, взошел новый элемент, или, пожалуй, элемент старый, воскресшая тень сороковых годов и всего больше 1848 г., - писал Герцен. — Бакунин был тот же, он состарился только телом, дух его был молод и восторжен… Фантазии и идеалы, с которыми его заперли в Кенигштейне в 1849, он сберег и привез их через Японию и Калифорнию в 1861 г. во всей целости… Тогдашний дух партий, их исключительность, их симпатии и антипатии к лицам и пуще всего их вера в близость второго пришествия революции — все было налицо». Бакунин быстро вошел в близкий Герцену круг европейских демократов, проживавший тогда в Лондоне, и тут же с кипучей энергией погрузился в революционную работу. Ближайшей своей целью он считал поднять славянские народы, объединить их в борьбе с Российской, Османской и Австрийской империями с тем, чтобы создать на их развалинах федеративное славянское государство. Он взялся за это сложное и совершенно нереальное дело с горячностью, свойственной людям 40-х гг. Герцен, который к этому времени прошел через многие разочарования и с большим скепсисом смотрел в будущее, не без иронии писал о тогдашнем Бакунине: «Он спорил, проповедовал, распоряжался, кричал, решал, направлял, организовывал и ободрял целый день, целую ночь, целые сутки. В короткие минуты, остававшиеся у него свободными, он бросался за свой письменный стол, расчищал небольшое место от золы и принимался писать — пять, десять, пятнадцать писем в Семипалатинск и Арад, в Белград и Царьград, в Бессарабию, Молдавию и Белокриницу. Середь писем он бросал перо и приводил в порядок какого-нибудь отсталого далмата и, не кончивши своей речи, схватывал перо и продолжал писать, что, впрочем, для него было облегчено тем, что он писал и говорил об одном и том же. Деятельность его, праздность, аппетит и все остальное, как гигантский рост и вечный пот, — все было не по человеческим размерам, как он сам, а сам он — исполин с львиной головой, с всклокоченной гривой».