Профессор Фогт представил план своих работ с «препаратом». Он предложил разрезать хранившийся мозг Ленина на слои толщиной 1,8 сантиметра, залить их парафином, чтобы в дальнейшем производить тонкие срезы для фотографирования и патологического исследования. Фогт настаивал на том, чтобы мозг Ленина отправился в Берлин, где в Нейробиологическом институте есть опытные сотрудники и уникальная аппаратура.
Советские власти крайне негативно отреагировали на идею экспорта мощей Ленина в Германию. Их указание от 19 февраля звучало категорично: «а) Отклонить предложение врачей о вывозе мозга В.И.Ленина за границу для исследования, б) Предложить поставить исследования мозга Владимира Ильича в России».
В конечном итоге было решено, что Фогт вместе с женой и германской лаборанткой переедет на время исследования в Москву. Сюда же будет доставлено ценное оборудование из Германии. Так, решением Кремля было положено начало организации сверхсекретной лаборатории по изучению мозга «человека будущего».
Фогту выделили шесть комнат в Институте В.И.Ленина. Церемония передачи драгоценного мозга иностранцу сопровождалась заключением в мае 1925 года договора между ним и Институтом. Деньги для закупок дорогостоящего оборудования в Германии перечислялись из запасного фонда Совнаркома (Совета Народных Комиссаров).
Мозг Ленина был фиксирован в формалине и спирте, разделен на блоки и залит в парафин. Блоки разложены на 30 963 среза, которые были сделаны с помощью особого резательного аппарата – микротома. Срезы были специально окрашены контрастным веществом и помещены между тонкими стеклами. Это позволяло более четко видеть структуру мозга и даже демонстрировать эти препараты как слайды. Сотрудники Института скрупулезно сравнивали ленинские срезы со срезами обычных людей и некоторых представителей советского аппарата и интеллигенции. Даже малейшая деталь, отличавшая вождя от простых смертных, могла свидетельствовать о его «необычных способностях». Ученые не сомневались в уникальности борозд, извилин, количества мозговых клеток, их послойного расположения и величины. И действительно, в ходе исследований обнаружилась хорошая развитость третьего и пятого слоев клеток мозга. Ободренный успехом, Наркомздрав рапортовал: «Исследование мозга т. ЛЕНИНА, согласно постановлению ПБ, уже производится. Закуплены и закупаются специальные аппараты и приборы. Сделана часть срезов. Работает немка-лаборантка, командированная проф. Фогтом. Прошли курс учебы у проф. Фогта два врача-коммуниста (т.т. Сапир и Саркизов), которые приступили к работе в Москве. Получены уже некоторые предварительные результаты».
В Кремле внимательно следили за исследованиями немца. И те, кто быстро научился улавливать пожелания нового руководства, поспешили выступить с сенсационными заявлениями. Так, к третьей годовщине со дня смерти Ленина в вечернем выпуске «Красной газеты» появились мемуары академика Осипова, в которых он сообщал: «Уже макроскопическое исследование мозга В.И.Ленина при вскрытии тела показало высокое совершенство его строения, которым и объясняется его духовная мощь, так отчетливо проявившаяся в течение болезни».
В 1927 году профессор Фогт выступил с докладом о своих открытиях в узком кругу членов правительства СССР. И хотя информация об этом событии была тут же засекречена, 15 ноября 1927 года «Известия» опубликовали небольшую заметку. Она разъясняла простым гражданам суть работ Фогта: «Метод этот, так называемый цитоархитектонический, основан на изучении расположения и строения нервных клеток в головном мозгу. Профессор Фогт поставил себе задачей на основе такого изучения определить материалистическое основание для объяснения гениальности Ленина и его психических особенностей».
Газета сообщала и об уникальных находках, обнаруженных немецким ученым в третьем слое коры головного мозга. Именно тут имели особенное распространение так называемые пирамидальные клетки. В них, по мнению ученого, и скрывалась «материальная база психической одаренности». Казалось, что разгадка тайны «сверхчеловека будущего» наконец-то раскрыта.
Допущенный к кремлевским тайнам советский футуролог Мелик-Пашаев, знакомый со стенограммой секретного заседания, с восхищением писал об открытиях Фогта: «Тщательное изучение мозга нашего гениального современника В.И.Ленина и сравнение тонкого архитектурного строения его с мозгом людей среднего психического уровня – выявляет необычайное богатство материального субстрата – архитектуры строения и развития нервных клеток и нервных отростков коры мозга В.И.Ленина, который (то есть мозг) является, несомненно, прототипом мозга грядущего сверхчеловека».