Но Штауде к тому времени (середина 1931 года) уже давно не работала – она была под арестом.
Кстати, в то же время был арестован и другой религиозный астроном из числа членов РОЛМ – член-корреспондент АН СССР Гавриил Адрианович Тихов, всемирно известный ученый и основоположник теоретической астробиологии. К счастью, он пробыл под арестом только два месяца.
Несколько месяцев просидел в тюрьме Всеволод Васильевич Шаронов – известный астроном, исследователь планет. В конце 1930 года были арестованы Казицын и Муратов, заместитель председателя РОЛМ.
Святского и Казицына после длительного содержания в тюрьме судили и послали на строительство Беломорско-Балтийского канала. Святскому повезло: сначала его освободили от общих работ и назначили метеорологом, а потом освободили досрочно в 1932 году. Но три года спустя о нем вспомнили и в феврале 1935 года вместе с женой в административном порядке выслали в Алма-Ату.
Загадочна судьба Владимира Алексеевича Казицына. Отбыв недолгий в те годы срок, он получил распоряжение выехать на жительство в Саратов. Оттуда он написал письмо Морозову и пропал без вести...
Понятно, что события, происходившие в 1930 году в Ленинграде, не могли не затронуть и Москву. «Чистке» подвергся основанный в 1923 году Государственный астрофизический институт (ГАФИ). И провел ее не кто иной, как уже упоминавшийся Тер-Оганезов, назначенный заместителем директора института (директором был Василий Григорьевич Фесенков, автор оригинальной космогонической теории).
Вот как рассказывал об этом сам Тер-Оганезов на заседании партийно-комсомольской группы Московского отделения Всесоюзного астрономо-геодезического общества 9 апреля 1938 года: «Десять лет тому назад партия и Советская власть послали меня привести Астрофизический институт в “христианский вид”. Я попал туда как в стан врагов. Единственным, на кого я мог положиться, был Ю.В.Филиппов, но основное я провел один. В этом институте получали зарплату В.В.Стратонов, высланный в 1922 г., и В.А.Костицын (невозвращенец). Руководители института (В.Г.Фесенков и другие) затаили против меня злобу с тех пор. Я горд, что они меня клюют. Я считаю, что я правильно выполнил свою работу...»
Результатом этой «работы» было распоряжение по сектору науки Наркомата просвещения от 25 сентября 1930 года об освобождении члена-корреспондента АН СССР Фесенкова от обязанностей директора института. Костицына исключили из состава редколлегии «Астрономического журнала», а на его место был введен... Тер-Оганезов. Исполняющим обязанности директора ГАФИ назначили профессора Орлов. А через 9 месяцев ГАФИ был объединен с Астрономической обсерваторией МГУ и Астрономо-геодезическим институтом в Государственный астрономический институт имени Штернберга (ГАИШ).
В то же время московские астрономы подверглись репрессиям. Был арестован астрофизик Воронцов-Вельяминов. Похлебал тюремной баланды астроном, редактор и библиограф Шорыгин. Но всё это было только прелюдией к большой трагедии 1936—1937 годов...
После убийства Сергея Кирова 1 декабря 1934 года в Ленинграде прошла волна репрессий. Были сосланы все, кто ранее сидел (в их числе Святский и Штауде). «Чистке» подверглись, главным образом, старые партийные кадры, военные, чекисты, хозяйственники, но брали и инженеров, и ученых.
Одним из первых был арестован директор Астрономического института АН СССР (и его организатор) член-корреспондент АН СССР Борис Васильевич Нумеров —крупнейший специалист в области астрометрии, небесной механики и гравиметрии. Его расстреляют в сентябре 1941 года.
Буквально через несколько дней после ареста Нумерова, 7 ноября 1936 года, были арестованы ведущие астрономы обсерватории в Пулково: заведующий сектором астрофизики Балановский, известные астрометристы Комендантов и Яшнов. Спустя месяц, 4 декабря 1936 года, за ними последовали молодые астрофизики Еропкин и Козырев, а также заместитель директора обсерватории Днепровский. В феврале 1937 года был арестован ученый секретарь обсерватории Мусселиус, в мае – талантливый астрофизик Перепелкин.
24 мая 1937 года выездная сессия Военной коллегии Верховного суда СССР в закрытом заседании приговорила Нумерова, Днепровского, Балановского, Комендантова, Яшнова, Еропкина, Козырева и Мусселиуса к 10 годам тюремного заключения. Несколько позже спецколлегией Ленинградского областного суда, также в закрытом заседании, был осужден на 5 лет тюрьмы и Перепелкин. Но фактически отбыл назначенный ему срок и вышел в 1946 году на свободу только один из них – Козырев.