Умеренное крыло Совета министров видело, что в настоящем составе Совет с Думой работать не может, необходимо устранить крайне правых: скомпрометированного Сухомлинова, врага Думы Маклакова, подчинившего юстицию администрации Щегловитова и внесшего паралич в жизнь церкви Саблера. Составился своего рода «заговор министров», под угрозой отставки предложивших Горемыкину доложить царю о необходимости смещения остальных четырех — они были не прочь убрать и самого премьера, но понимали, что тогда весь план будет обречен на неудачу у царя. Николай II был возмущен, что одни министры требуют смещения других, «в полках так не делают», однако согласился, что обстоятельства вынуждают делать шаг навстречу Думе.
Кривошеин — душа и ум «заговора министров» — предложил кандидатов для замены: министром внутренних дел — Н. Б. Щербатова, военным министром — А. А. Поливанова, обер-прокурором Синода — А. Д. Самарина; на пост министра юстиции Горемыкин предложил А. А. Хвостова-старшего, дядю А. Н. Хвостова. Все предложения были приняты царем, что вызвало беспокойство царицы как сделанное под чужим влиянием — «не слушай других, а только свою душу и нашего Друга». Она одобрила смещение Щегловитова — «он против нашего Друга», согласилась с отставкой «бедняги» Сухомлинова, не была уверена в Поливанове — «не враг ли он нашего Друга, что всегда приносит несчастье», была против Щербатова и крайне против Самарина — «он пойдет против нашего Друга… москвич… из недоброй ханжеской клики Эллы…». В общем, тон писем против новых министров идет крещендо до конца июня, пока царь не вернулся из ставки.
15 июня, выразив царице беспокойство, каких еще министров сменят, Распутин выехал в Покровское. Не знаю, уезжал ли он из Петрограда, потому что обычно ездил на родину летом, или чтобы избежать конфликта с новым министром внутренних дел. Бывший главноуправляющий государственным коннозаводством, теперь оседлавший полицию, Щербатов был не только «либерал» в глазах дворянской Думы, но и ставленник «великокняжеской оппозиции», ненавидящий «грязного мужика» как неожиданную и досадную помеху для своего влияния на царя. «Господь нам никогда не простит нашей слабости, если мы дадим преследовать Божьего человека и не защитим его», — писала взволнованная царица.
Однако политическая полиция почувствовала изменения наверху, и 5 июня — в день назначения нового министра — его товарищу Джунковскому, тоже из «клики Эллы», был направлен Московским охранным отделением отчет о мартовском дебоше Распутина в «Яре». В середине июня в ставке Джунковский, после доклада государю о погроме в Москве, сказал, что, принимая во внимание визиты Распутина в Царское Село, «счел долгом осветить картину поведения этого человека» — и сообщил о скандале в «Яре». По его словам, царь "слушал очень внимательно, но не проронил ни одного слова… Затем протянул руку и спрашивает: «У вас это написано?» Я вынул записку из портфеля, государь взял ее, открыл письменный стол и положил. Тогда я сказал государю, что… ввиду того, что я считаю деятельность Распутина крайне опасною и полагаю, что он должен являться орудием какого-нибудь сообщества, которое хочет повлечь Россию к гибели, я просил бы разрешения государя продолжать мои обследования о деятельности Распутина и докладывать ему. На это государь сказал: «Я вам не только разрешаю, но я вас даже прошу сделать это. Но пожалуйста, чтобы все эти доклады знал я и вы — это будет между нами».
Эту просьбу царя Джунковский не выполнил. «Ах, дружок, он нечестный человек, — пишет царица мужу 22 июня, — он показал Дмитрию эту гадкую, грязную бумагу (против нашего Друга), Дмитрию, который рассказал про это Павлу и тот Але. Это такой грех, и будто бы ты сказал, что тебе надоели эти грязные истории, и желаешь, чтобы Он был строго наказан. Видишь, как он перевирает твои слова и приказания — клеветники должны быть наказаны, а не Он». Все же царица решила сама проверить доклад о «Яре» и послала в Москву флигель-адъютанта Н. П. Саблина — о результате его поездки ничего не известно.
Смена министров подняла престиж Николая Николаевича как сторонника соглашения с «общественностью» и «антираспутинца». «В ставке хотят отделаться от Него (этому я верю)», — писала царица о Распутине, но хотели отделаться уже не только от «него», но и от нее. Появились слухи, особенно в Москве, что Николаю Николаевичу необходимо предложить диктатуру или регентство, а Александру Федоровну заточить в монастырь, планы эти связывались с начальником военно-походной канцелярии государя князем В. Н. Орловым, давно уже из «преданной собаки их величеств» превратившегося в собаку кусачую.