Подготовка к возложенной на Деканозова миссии началась еще в мае, когда несколько пьяных советских солдат устроили оргию с литовскими девушками в одном из подвалов старой части Вильнюса. Через три дня двое солдат вернулись в свою часть, а трое исчезли и не были найдены.
25 мая Молотов вызвал к себе литовского посла Наткявичуса и сделал ему заявление «об участившихся случаях исчезновения военнослужащих из советских гарнизонов на территории Литвы», явно давая понять, что красноармейцев похищают и убивают. Литовская сторона провела расследование, но ни одного случая, исключая упомянутой пьянки в подвале, не обнаружила, о чем и сообщила Молотову специальной нотой от 28 мая. Однако это было только начало. Вызвав в очередной раз литовского посла, Молотов объявил ему, что желает побеседовать с премьер-министром Литвы. 7 июня в Москву прибыл премьер-министр Литвы Антанас Меркис. Не предлагая премьеру сесть, Молотов в самых резких выражениях обвинил Меркиса в двурушничестве. Советскому правительству стало доподлинно известно, что Литва заключила с Латвией и Эстонией военную конвенцию, направленную против СССР и Германии. В Литве идет подготовка к приему крупного английского экспедиционного корпуса. Хотя абсурдность всех этих обвинений была очевидна, оправданий Меркиса Молотов слушать не стал. Это, продолжал он, вынуждает СССР пересмотреть ранее заключенный с Литвой договор о взаимопомощи. Советское правительство имеет новый проект подобного договора. Пусть в Москву прибудет еще и министр иностранных дел Литвы для заключения нового соглашения.
11 июня в Москву прибыл министр иностранных дел Уршбис. В полночь 14 июня обоих государственных деятелей Литвы вызвали к Молотову в Кремль. Не тратя времени на выбор дипломатических выражений, Молотов предъявил литовцам ультиматум, срок которого определил в 9 часов. Ультиматум требовал сформировать в Литве новое правительство, списочный состав которого Молотов передал Меркису. Все будущие министры нового «правительства» пока еще находились в Москве. Многие из них разыскивались литовцами как государственные преступники. Далее следовало требование обеспечить свободный пропуск на территорию Литвы советских войск в любом количестве. К 10 часам утра правительство Литвы должно дать ответ на этот ультиматум.
В Каунасе все поняли, что означает этот ультиматум. Литва имела самую сильную армию из всех Прибалтийских государств. При полной мобилизации с учетом двухсоттысячного добровольного корпуса литовских стрелков Литва могла поставить под ружье 350 тысяч человек. Но у Литвы не было своего Маннергейма. Польстившись на отобранный у Польши Вильнюсский край, Литва забыла мудрую пословицу о том, что бесплатный сыр бывает только в мышеловке, и в эту мышеловку угодила. Напрасно президент Литвы взывал к европейским державам. Все сочувствовали, но реальной помощи получить было неоткуда. Фронты второй мировой войны уже перерезали мир.
Незадолго до истечения срока ультиматума в литовское посольство в Москве позвонил из Каунаса начальник административно-юридического департамента при канцелярии президента Черняцкис и приказал принять ультиматум Москвы. Узнав об этом, Молотов подобрел, не стал особенно спорить о некоторых вариантах нового правительства и, прощаясь с Меркисом и Урбшисом, примирительно сказал: «Ну ладно, сегодня в Литву вылетит наш особый уполномоченный. С ним ваш президент и должен советоваться относительно формирования нового правительства».
Именно этим особым уполномоченным и был Владимир Деканозов. Пока шли переговоры в Москве, Красная Армия уже хлынула во все прибалтийские республики. Стоявшие в Прибалтике советские гарнизоны заранее обеспечили захват аэродромов, железнодорожных узлов, жизненно важных объектов в городах. Сопротивления практически не было. Так что, когда Деканозов прибыл в Литву, там уже в общих чертах все было закончено.
17 июня члены литовского правительства были распиханы по одиночным камерам Владимирской, Тамбовской и Саратовской тюрем. В соседних камерах находились члены правительств Эстонии и Латвии во главе со своими президентами. Уже 18 июня было официально объявлено, что новым премьер-министром Литвы назначен старый коминтерновец Палецкис, которого «фашистская банда Сметоны держала в концлагере с 1939 года». В тот же день были объявлены незаконными все политические партии, кроме коммунистической. Ответственный за Литву Деканозов стремительно шел впереди своих многоопытных коллег Жданова и Вышинского: с подобными мероприятиями Латвия и Эстония запаздывали по сравнению с Литвой дня на два-три. Зато там были захвачены президенты, а литовский – бежал.