Поль Мишель Фуко родился 15 октября 1926 года в провинциальном городке Пуатье на юге Франции. Его отец, как и дед, был хирургом и профессором анатомии в медицинском институте. Мать Фуко была дочерью хирурга. Ожидалось, что и старший сын, Поль Мишель, станет медиком. Тот, однако, решил идти свои путем, и мать поддержала сына. Мишель нарушал семейную традицию не только в этом.
В семье Фуко принято было давать мальчику имя Поль. Полем Фуко был отец, Полем Фуко был дед. Полем должен был стать и сын, однако мать воспротивилась полному подчинению традициям, царящим в семье ее мужа. Поэтому мальчик был назван Полем, однако получил и второе имя — Мишель. Во всех документах, в школьных списках он именовался Поль. Сам же он именовал себя Мишелем и впоследствии признавался друзьям, что не хотел носить имя отца, которого, будучи подростком, ненавидел.
Мишель Фуко учился в гимназии своего родного города, которую окончил в 1943 году. На его школьные годы пришелся трагический период в истории Франции. Город был оккупирован фашистами в 1940 году. Фуко был слишком молод, чтобы отбывать введенную ими обязательную трудовую повинность, и поэтому мог продолжать учебу. Двое из его школьных учителей были расстреляны за участие в Сопротивлении. Вспоминая себя подростком, Фуко как-то заметил.
«Когда я пытаюсь вспомнить свои впечатления, меня поражает то, что почти все мои эмоциональные воспоминания связаны с политикой. Я помню, что почувствовал первый из своих больших страхов, когда канцлер Дольфус был убит нацистами, кажется, в 1934 году. Сейчас все это далеко от нас, но я отчетливо помню, как был тогда потрясен. Думаю, что это был мой первый истинный ужас, относящийся к смерти. Помню беженцев из Испании. Я думаю о мальчиках и девочках моего поколения, чье детство определялось этими историческими событиями Угроза войны была нашим горизонтом, нашей формой существования.
Потом война пришла Эти события, происходившие в мире, в гораздо большей степени, чем жизнь внутри семьи, составляют содержание нашей памяти Я говорю «нашей», потому что уверен, что тогда большинство мальчиков и девочек имели такой же опыт. Наша частная жизнь все время была под угрозой. Может быть, поэтому я заинтересовался историей и отношением между личным опытом и теми событиями, очевидцами которых мы становимся».
После окончания войны Мишель Фуко покидает свой родной город и отправляется в Париж, чтобы готовиться к поступлению в Высшую нормальную школу («Эколь Нормаль»), одно из наиболее престижных высших учебных заведений Франции.
В 1946 году ему удается пройти по конкурсу. Поступление в Высшую нормальную школу стало началом новой жизни для Мишеля Фуко, и оказалось, что он переносит ее с трудом. Своеобразие атмосферы школы заключалось в том, что в стенах столь престижного учебного заведения, выпускниками которого были многие известные философы, властвовавшие над умами французских интеллектуалов той эпохи (например, Арон, Кангийем, Сартр), молодые студенты несли психологический груз неизбежного сравнения себя с известными выпускниками прошлых лет.
Царила атмосфера соперничества, интеллектуальных притязаний, стремления выделиться. Неудивительно, что многие студенты этого выдающегося учебного заведения, и Фуко в их числе, сохранили не самые лучшие воспоминания о своей «альма матер». По свидетельству одного из них, «в Эколь все показывали себя с худшей стороны».
Другой вспоминал «У каждого был свой невроз». Даже в этой атмосфере Фуко выделялся: и своей поразительной работоспособностью, и эрудицией, и злой ироничностью, с какой он высмеивал своих соучеников, придумывал им обидные прозвища и т. п., и постоянными задиристыми спорами. Вскоре он оказался окруженным почти всеобщей нелюбовью и заслужил репутацию свихнувшегося. Он замкнулся.
Проблема отношений с соучениками осложнялась и тем, что по традиции Высшей нормальной школы он жил в общежитии, в одной комнате с пятью другими студентами. Но к такому коллективному существованию этот одинокий, замкнутый, конфликтный юноша был совершенно не приспособлен. Жизнь превратилась в сплошное мучение.
В 1948 году он предпринял попытку самоубийства. После этого отец отвел его в госпиталь Св. Анны на прием к одному из известнейших тогда психиатров. Таким был первый контакт Фуко с психиатрическими институтами. Этот эпизод его жизни дал ему то преимущество, что он получил право на отдельную комнату.