Победа у Керченского пролива положила основу славы Ушакова и впервые продемонстрировала его тактику, за что флотоводца наградили орденом Святого Владимира 2-й степени.
28 августа 1790 года произошло морское сражение у острова Тендра, где русская эскадра, вышедшая из Севастополя, обнаружила турецкий флот, стоявший на якоре. Русские корабли двигались в походном порядке в три колонны. Контр-адмирал Ушаков в своей решительной манере приказал начать атаку противника без промедления, выстраиваясь в линию баталии на полном ходу. Он вновь создал резерв из фрегатов и вновь начал сражение с дистанции картечного выстрела.
Через несколько часов морского сражения турецкая эскадра того же самого капудан-паши Хуссейна под мощным огнем русской артиллерии начала уклоняться под ветер и приходить в расстройство. Флагманский корабль Ушакова «Рождество Христово» вел бой одновременно с тремя линейными турецкими кораблями. Когда вражеский флот обратился в бегство, русские преследовали его до наступления темноты и после этого встали на якорь.
Наутро, когда выяснилось, что турецкая эскадра стоит на якорях поблизости, морское сражение возобновилось. В итоге турецкие корабли вновь обратились в спасительное бегство, используя свое преимущество в скорости. 66-пушечный линейный корабль «Мелеки Бахри» спустил свой флаг и сдался, а 74-пушечный «Капудание» – флагманский корабль Сеид-бея – загорелся и взорвался.
За эту очередную победу императрица Екатерина II пожаловала Ушакову орден Святого Георгия сразу 2-й степени и 500 душ крепостных крестьян в Могилевской губернии.
После сражения у Тендры эскадра Ушакова прикрывала устье Дуная от возможных действий турецкого флота, ибо в это время русские войска под командованием генерал-аншефа А.В. Суворова готовились к штурму Измаила. В те дни пришло известие, что по повелению султана казнен бывший капудан-паша Хуссейн, который проиграл Ушак-паше – так турки окрестили Ушакова – морское сражение у Керченского пролива.
Явно проигрывая России войну на суше, Турция все-таки решила взять реванш на море. Со всех концов Оттоманской империи к Стамбулу были стянуты военные корабли. Для командования флотом был приглашен алжирский паша Саид-Али. Вскоре мощный турецкий флот – 18 линейных кораблей, 17 фрегатов и 43 более малых судна – появился у Румелийских (болгарских) берегов и бросил якорь у мыса Калиакрия. В связи с празднованием мусульманского праздника часть турецких экипажей была отпущена на берег.
31 июля 1791 года, когда между воюющими сторонами начались переговоры о перемирии, о чем Ушаков не знал, русская эскадра в составе 16 линейных кораблей, 2 фрегатов, 2 бомбардирских кораблей и 19 вспомогательных судов обнаружила неприятельский флот, стоявший у Калиакрии. Стремясь выиграть время, занять выгодное наветренное положение и захватить турок врасплох, Ушаков и здесь не стал действовать шаблонно – он не стал перестраивать эскадру в принятый тогда боевой порядок – кильватерную колонну. Русские корабли под огнем неприятельских береговых батарей в походном строю из трех колонн прошли между берегом и стоявшим на якоре турецким флотом. Турецкие корабли, обрубая якоря, стали в беспорядке выстраиваться под огнем русской эскадры в боевую линию. Так началось морское сражение у мыса Калиакрия.
Русский флагманский корабль «Рождество Христово» атаковал флагманский корабль паши Саид-Али и заставил его выйти из боя. Вскоре после этого турецкий флот обратился в бегство. Эта трудная победа у Румелийских берегов ускорила заключение Ясского мирного договора 1791 года.
После завершения Русско-турецкой войны Ушаков продолжает командовать Черноморским флотом, много времени и сил отдавая его боевой подготовке. В 1793 году он становится вице-адмиралом.
Позже, когда Россия вступила в антифранцузскую коалицию совместно с Оттоманской Портой, которая теперь стала ее союзницей, вице-адмиралу Ушакову было поручено возглавить Средиземноморскую экспедицию 1798—1800 годов.
В середине августа 1798 года Ушаков, имея под своим флагом 6 линейных кораблей, 7 фрегатов и 3 авизо – судов для разведки и посылок, взял курс из Севастополя в Стамбул. На кораблях в качестве морского десанта находилось 1700 солдат черноморских гарнизонов и 35 гардемарин Николаевского флотского училища. В Стамбуле султан передал под командование русского флотоводца турецкую эскадру адмирала Кадыр-бея – 4 линейных корабля, 6 фрегатов, 4 корвета и 14 канонерских лодок. С этими силами Ушаков начал боевые действия против французских морских и сухопутных сил у греческих берегов, имея целью освобождение семи Ионических островов – Цериго, Занте, Кефалонию, Итаку, Святого Мавры, Паксо и Корфу. Кроме того, русскому вице-адмиралу было поручено установить контакты с командующим английской эскадрой в Средиземном море вице-адмиралом Горацио Нельсоном для совместных действий против французов.