Проток между Куршской косой и материком издавна служил морскими воротами Клайпеды. Для охраны этих ворот во второй половине XIX века немецкие стратеги и решили возвести форт. Однако эта идея с самого начала оказалась обреченной на неудачу. Отказ от позиционной войны и переход на мобильные военные действия превращали такие крепости в ловушки. Почти 30 лет военные инженеры совершенствовали свой проект, а солдаты достраивали крепость Копгалис. Но, в конце концов, военные вынуждены были признать свой промах, и в 1895 году гарнизон оставил крепость, так и не сделав ни одного боевого выстрела.
Ровно через сто лет после разработки первых проектов форта, в 1969 году, власти литовского города Клайпеды усмотрели заманчивую возможность — разместить в полуразрушенной и запущенной крепости аквариумы и экспозиции по морской фауне и истории судоходства. Однако крепость, представшая перед реставраторами, находилась в плачевном состоянии. Крепостной ров был занесен песком, а насыпи пострадали от оползней. В центре двора, где когда-то возвышался круглый двухэтажный редут и казармы гарнизона, в глубокой яме лежали только груды развалин. Фашисты, покидая в январе 1945 года Клайпеду, успели взорвать хранившиеся в крепости боеприпасы.
Но во время проведения грандиозных восстановительных работ были найдены оригиналы строительных проектов, чертежи позднейших обмеров и несколько старых фотографий 40-летней давности. Архитектором проекта восстановления редута был П. Лапе, который решил сохранить его внешний вид и все размеры, чтобы редут вписался в архитектурный облик Копгалиса. Но внутреннюю планировку крепости было решено полностью подчинить требованиям нового музея и аквариума. Все пространство редута было превращено в просторные экспозиционные залы, а бывший внутренний дворик, куда выходили окна и двери, стал огромным бассейном для крупных морских рыб.
Раньше вход в крепость охранял ров с разводным мостом. Теперь вместо рва были сделаны два бассейна с Проточной морской водой, в которых плещутся пингвины и балтийские тюлени. Пингвины являются экзотической частью Музея, поэтому пингвинарий в общей композиции аквариума играет особую роль, в силу чего архитекторы и выдвинули его на первый план. Пингвины встречают и провожают посетителей Музея, вызывая у них самые положительные эмоции и оставляя, может быть, самое яркое впечатление. В большом бассейне есть и площадки, имитирующие морской берег, и помещения с охлажденным воздухом, в которых пингвины прячутся от летней жары.
Чтобы помочь посетителям разглядеть пингвинов, авторы экспозиции не пожалели выдумки. С барьера бассейна посетителям отлично видно, как, неторопливо переваливаясь, ходят или дремлют стоя эти важные птицы, как они купаются в бассейне, усердно обтираясь ластами. Пингвины — отличные ныряльщики, поэтому в стене бассейна сделаны иллюминаторы, и посетители из подвального зала наблюдают за подводным полетом этих нелетающих птиц.
Интерьер аквариумов поручили разработать скульптору, который в сотрудничестве с ихтиологами создал декоративные формы, прекрасно гармонирующие с живыми обитателями аквариумов. Многочисленные образцы морских животных выставлены в витринах по строгой научной системе — от простейших организмов до млекопитающих. Наиболее интересная часть этой экспозиции — коллекция кораллов и раковин морских моллюсков. На матово-черной искусственной коже, никелированном металле, стекле расположились кораллы и раковины самой разнообразной формы, фактуры и расцветки.
Когда создатели Музея стали оформлять экспозицию по истории, то тут возникли сложности из-за архитектуры крепостных казематов. В прошлом веке их строители, конечно, и предвидеть не могли, во что превратится крепость Копгалис. Им требовалась только прочность, они и построили казематы с толстыми стенами и низкими сводами. Для создателей Музея такая архитектура стала большой проблемой, хотя они и сделали все, что могли. Экспозиционная мебель размещена очень экономно, но порой все же чувствуется, что витрины и стенды еле размешаются на краснокирпичных стенах. И хотя в этих залах выдержан максимум высоты экспонирования, но для взрослых посетителей витрины все равно висят низковато. И им приходится часто нагибаться, например, чтобы рассмотреть модель старинного парусника.
Архитекторы использовали для организации музейных экспозиций и оборонительные сооружения на насыпи крепости. На бетонных площадках, где раньше дремали 80-дюймовые дальнобойные орудия, обращенные в сторону моря, сейчас размещается коллекция старинных и современных якорей самой разной конструкции. Она привлекает посетителей на насыпь и рассредоточивает их по всей территории крепости.