В 1932—1933 годах Алексей Николаевич участвовал в конкурсе на проект Дворца Советов в Москве и затем был назначен архитектором строительства Дворца Советов.
В 1933 году Душкин совместно с архитекторами А.Г. Мордвиновым и К.И. Соломоновым участвовал в конкурсе на Дворец радио на Миусской площади в Москве. Перед проектировщиками была поставлена сложная технологическая, конструктивная и архитектурно-художественная задача.
Авторы проекта, получившие первую премию, предусмотрели радиотеатр на тысячу двести мест, сорок студий с фойе, помещениями редакций, помещениями технического и административного обслуживания и т д. Дворец должен был стать крупнейшим из зданий такого типа в Европе.
Заслуженную известность принесла Душкину, разработавшему проект совместно с архитектором Я.Г. Лихтенбергом, станция первой очереди метрополитена – «Кропоткинская» (1935). Эта станция мелкого заложения представляет собой единый просторный зал. Здесь нет лишних деталей. Скромно оформлен перрон с двумя рядами лотосообразных колонн, которые при пересечении с плафоном образуют пятиконечные звезды.
Скрытая подсветка, выявляющая конструкцию перекрытия, стала одним из главных средств архитектурной композиции. Немалую роль играет и цветовое решение станции: светлый мрамор колонн и стен в сочетании с белой штукатуркой потолка придают ей праздничный характер. Все это создает ощущение парадности, легкости, художественной выразительности конструкций.
Станция «Кропоткинская» до настоящего времени считается классической в истории советского метростроения благодаря простоте архитектурных форм и лаконизму общего замысла. За проектирование и строительство станции «Кропоткинская» Душкин получил в 1941 году Государственную премию СССР.
В 1937 году по проекту Душкина была сооружена станция метро «Площадь Революции». В интерьере подземного зала автор стремился зрительно облегчить тяжесть пилонов, что с успехом было достигнуто устройством над проходами архивольтов, захватывающих окончанием своих дуг части пилонов, и заполнением глухих стен скульптурой, выполненной скульптором М.Г. Манизером.
Наружный вестибюль станции «Площадь Революции» (1938) с основной частью – эскалаторным залом, сооруженный рядом с Центральным музеем В.И. Ленина, спроектирован Душкиным как скромный вестибюль, ведущий к площади, и, в отличие от интерьера станции, решен спокойно и просто.
При строительстве станции глубокого заложения «Маяковская» (1938) впервые бетон внутренних опор был заменен металлом, и таким образом тяжелые пилоны превратились в изящные колонны. Два ряда колонн поддерживают три продольных свода овального сечения и завершаются овальными же арками; каждое звено центрального свода завершается поперечным куполом, трактованным как источник освещения зала. Новым в этой станции явилось использование нержавеющей стали в качестве декоративного материала, а также применение в куполах мозаики из смальты на тему «Авиация» (художник А.А. Дейнека). Станция «Маяковская» может служить примером новаторского решения архитектурных задач.
Следующей станцией метро явилась станция «Автозаводская» с вестибюлем (1940—1943), за которую автор получил Государственную премию СССР 1946 года. Колонны и стены подземного зала облицованы светлым мрамором и украшены мозаичными панно на тему труда и обороны.
В послевоенные годы Алексей Николаевич совместно с архитектором Б.Д. Хилькевичем спроектировал в Сталинграде вокзал (1944) и совместно с тем же Хилькевичем и Н.Д. Панченко – Пантеон героям Отечественной войны. По его проектам были построены железнодорожные вокзалы в Симферополе (соавтор Г.Г. Аквилев, при участии архитектора И.М. Потрубач, 1949), Днепропетровске (соавтор архитектор Потрубач, 1950), Сочи (соавтор архитектор Аквилев, 1951).
С конца 1930-х до 1960-х годов Алексей Николаевич занимал ряд ответственных постов: он был начальником архитектурного отдела Метропроекта, главным архитектором Центральной архитектурной мастерской МПС, главным архитектором Мосгипротранса, главным архитектором Метрогипротранса министерства транспортного строительства.
В 1951 году по совместному проекту Душкина и А.Ф. Стрелкова была построена станция Кольцевой линии третьей очереди метрополитена «Новослободская». Основной замысел авторов в композиции перронного зала состоит в применении цветных, подсвеченных изнутри витражей на пилонах. Этот прием впервые использовался в оформлении станций.