В 1488 году он вместе с другими мастерами участвовал в строительстве собора в Павии. Ему, несомненно, принадлежит идея создания купола, возведенного на трех нефах, с тем чтобы свести воедино весь пространственный объем здания.
Последним и наиболее значительным строительным предприятием Браманте в Милане является хор в церкви Санта-Мария делла Грацие, хотя здесь его идеи были плохо поняты торопливыми и недостаточно подготовленными исполнителями. Купол, опирающийся на высокий барабан, украшенный галереей со спаренными арками, чередующимися с пилястрами, возвышается над огромным кубом главного объема, стороны которого (за исключением той, которая ведет в главный неф) переходят внизу в широкие полукружия трех апсид. По замыслу зодчего стены служат тонкими перегородками между внутренним и внешним пространством. Создается впечатление, будто воздух, заключенный во внутренних помещениях, давит на оболочку стен и выходит наружу через многочисленные проемы. Монументальное сооружение как бы на глазах увеличивает свой объем. Оно облегчается большими окнами, которые разрежают внизу стену, а вверху – круговой лоджией барабана. Мелкие же украшения образуют складки на поверхностях, щедро обращенных к свету.
Между двумя крайностями Браманте не искал средних пропорциональных величин, а старался создать впечатление непрерывности перехода, используя для этого способность человеческого зрения переходить как это случается, например, при созерцании природных явлений, от большого к малому и от малого к большому. Для достижения такой непрерывности или возможности перехода от одной величины к другой Браманте стремился к унификации масс, к построению здания как единого природного организма. Это та же самая тема, которую Браманте развивал в миланских постройках и которую он последовательно реализовал в Риме при проектировании перестройки собора Святого Петра.
Оставив Милан в 1499 году после его захвата французами, Браманте обосновался в Риме. Он привез из Ломбардии кое-какие деньги, которые тратил с величайшей бережливостью, так как хотел жить независимо. Приступив к обмеру древних построек города, он вел жизнь уединенную и созерцательную. Прошло немного времени, и Браманте добился своей цели.
В Риме Браманте прожил до конца своих дней. Сначала он служил помощником архитектора при папе Александре VI. В 1503 году папой был избран Юлий II, и с того момента зодчий работал главным образом для него. Лишь изредка он предпринимал кратковременные поездки: в 1506—1507 годах в Болонью и Урбино, в 1508 году – в Чивитавеккиа, в 1509 году – в Лорето на строительство собора Святого Петра и перестройку ватиканских дворцов.
Вообще папа всячески ему благоволил Юлий II, отмечавший мастера и за личные качества, нашел его достойным должности хранителя свинцовой печати. В этом качестве Браманте соорудил прибор для наложения печати на папские буллы, действовавший при помощи очень искусно сделанного винта.
Перелом в стиле Браманте после его переезда в Рим не столь разителен, как это принято считать. Классическая культура Браманте сложилась в Урбино. Он долго работал в Ломбардии, где сильны были консервативные художественные традиции. Речь идет скорее о заключительном, венчающем все творчество этапе его гуманистической культуры, хотя и вдохновленном непосредственным контактом с античностью. В Милане он органически вписывал свои творения в позднеготическую ткань городской застройки, в Риме же он стремился сочетать их с подлинно историческим обликом города, каким он представлялся на основании древних руин и, разумеется, трактатов Витрувия. Но и тут он ставил перед собой скорее задачу воссоздания внешнего облика, чем выявления внутренней взаимосвязи. Главной своей целью он считал упрощение, очищение представления об античности, замутненного и искаженного в поздние времена, о чем свидетельствовали сохранившиеся документы.
В клуатре церкви Санта-Мария делла Паче (1500—1504), этом первом его римском творении, он говорит еще на языке своих ломбардских построек, но синтаксис его речи становится более римским. Вопреки всем строительным нормам он не удержался от искушения изменить светотеневое соотношение между двумя ярусами галерей, поставил над нижними арками дополнительные колонки, членящие лоджии второго яруса ради уменьшения эффекта их глубины. С точки зрения канонов статической структуры и пластической формы, это было абсурдно, с точки же зрения визуального равновесия светотеневых эффектов двух ярусов – необходимо.