Вода залила подвал церкви, уничтожила хранившийся там архив, затопила и богадельню: три старушки, спасаясь, забрались на печь, но утонули. Другие схоронились на чердаке, но их убогие пожитки были унесены водой. Кладбищенская церковь размыло до такой степени, что после наводнения служить в ней было нельзя.
Во время наводнения утонуло много людей, другие умерли впоследствии от простудных заболеваний, и потребовалось много мест для их погребения, а между тем на Смоленском кладбище уже и раньше чувствовалась нехватка площади. Император Александр I, побывав на кладбище и в церкви Смоленской иконы Божьей Матери, повелел присоединить к кладбищу пустопорожние земли. Он утешил пострадавших от наводнения старушек, приказал обеспечить их теплой одеждой и обувью и доставлять им пищу в течение трех месяцев.
В 1829 году разрушенную наводнением церковь во имя Смоленской иконы Божьей Матери разобрали и на ее месте воздвигли каменную — во имя Святой Троицы с двумя приделами: один во имя архистратига Михаила, другой — в честь мучеников Сергия и Вакха.
На Васильевском острове находились Российская академия наук, Академия художеств, Горный институт, ряд военно-учебных заведений, и Смоленское кладбище сложилось в основном как пантеон русской науки и культуры. Но еще в 1807 году причт кладбища получил от митрополита предписание — приготовить места для кавалеров Ордена святого Иоанна Иерусалимского. Сначала те были погребены на Каменном острове, но потом гробы с их останками по каким-то причинам перенесли на Смоленское кладбище, причем некоторые даже ночью. Однако в церковные книги об этом записано не было, а потому о них ничего и не известно.
Одной из самых известных на Смоленском кладбище является могила блаженной Ксении Петербургской. Происхождение Ксении Григорьевой (таковы ее настоящие имя и фамилия) неизвестны, а замужем она была за придворным певчим Андреем Федоровым, состоявшим в чине полковника. Оставшись в 26 лет вдовой, она все свое имущество раздала бедным, надела одежду мужа и 45 лет под его именем ходила по Санкт-Петербургу, нигде не имея постоянного жилища. Главным местопребыванием ее стала Петроградская сторона, в основном — приход святого апостола Матфея. Рассказывают, что особым уважением Ксения Петербургская пользовалась у извозчиков, которые наперебой предлагали услуги, едва завидев ее. Считалось, что кому хоть немного удастся подвезти ее, у того весь день будет удачным.
…24 декабря 1761 года блаженная Ксения, как всегда, ходила по Петербургской стороне и всем встречным говорила: «Пеките блины, пеките блины. Вся Россия будет печь блины». Этим, как говорят, она предсказывала смерть императрицы Елизаветы Петровны, умершей на другой день.
Год смерти самой Ксении Петербургской неизвестен, предположительно — на рубеже XVIII–XIX веков. С 1820-х годов на ее могилу хлынули толпы паломников и разобрали всю могильную насыпь. Сделали новую, но разобрали и ее, положили плиту — ее разбили и обломки унесли по домам. Ломая плиты и разбирая землю, посетители оставляли на могиле посильные денежные пожертвования, которыми пользовались нищие. Тогда могилу Ксении Петербургской обнесли оградой, к которой прикрепили кружку для пожертвований. На собранные деньги блаженной Ксении поставили памятник в виде часовни, а кружку оставили у памятника. Одно время половина собранной суммы поступала в пользу попечительства о бедных, а другая половина оставалась в церкви на неугасимую лампаду Ксении Петербургской.
На могиле ее впоследствии кто-то сделал надпись: «Кто меня знал, да помянет мою душу, для спасения своей души». На Смоленском кладбище нигде не служится столько панихид, сколько на могиле Ксении Петербургской. Рассказы о творимых ею чудесах распространялись не только по Санкт- Петербургу, но проникали и в другие города, привлекая на кладбище много посетителей.
ВОЛКОВО КЛАДБИЩЕ В САНКТ-ПЕТЕРБУРГЕ
Свое название это кладбище, устроенное по указу Сената от 11 мая 1756 года, получило от деревни Волковой и Волкова поля. В старинных документах оно называлось «кладбищем Адмиралтейской стороны, по сю сторону деревни Волковой», «кладбищем Московской стороны, что у деревни Волковой» или просто «что в Волкове». Название деревни и кладбища идет от множества волков, которые «зимою бродили там целыми стаями — по 30 и более штук — и часто нападали на людей и запряженных лошадей».