Военная обстановка потребовала от ГУЛАГа принять на себя функции непосредственной реализации и транспортировки в лагери и колонии продовольственных и промышленных товаров. Для указанных целей в начале 1942 г. в составе ГУЛАГа было организовано Управление Снабжения и периферийные конторы по реализации фондов. Это мероприятие в значительной мере улучшило работу по реализации выделяемых Правительством продовольственных и промышленных фондов. Общее количество реализованных продовольственных товаров за отчетный период составляет более 1 млн тонн, в том числе свыше 1 млн т хлебопродуктов, около 600 тыс. т зернофуража, 66 тыс. т мяса, 130 тыс. т рыбы, 31 тыс. т жиров. За два с половиной года существования контор ГУЛАГа ими реализовано и отправлено в лагери и колонии продовольственных и промышленных товаров на — 1 млрд руб. Одновременно с обеспечением заключенных продовольствием за счет централизованных фондов в лагерях и колониях проведена большая работа по созданию и расширению подсобного хозяйства. Так, посевная площадь подсобных хозяйств (без специализированных сельхозлагерей) в 1944 г. доведена до 90 тыс. га, против 16 тыс. га в 1941 г. Выход продукции этих хозяйств в 1944 г. составляет по зерновым 35 тыс. т, против 3 тыс. т в 1941 г. и соответственно по картофелю 102 тыс. т против 50 тыс. т, по овощам 76.000 т против 26 тыс. тонн. Поголовье крупного скота увеличилось почти в три раза с 15 тыс. в 1941 г. до 40 тыс. голов в 1944 г. Подсобные хозяйства и специализированные сельхозлагери дали возможность создать собственную продовольственную и кормовую базу и увеличить ресурсы продовольствия, явившиеся основным источником проведения мероприятий по улучшению физического состояния заключенных. Кроме того, в лагерях и колониях организован массовый сбор ягод, грибов и других дикорастущих (в 1942 г. — 3 тыс. т и в 1943 г. — 4 тыс. т), способствовавших повышению витаминонности питания заключенных. Установленные в 1942 г средне-расчетные нормы питания в течение 1943 и 1944 гг. повышены за счет централизованного получения дополнительных пайков и использования продукции собственного сельского хозяйства. Также повышены на 33 %. нормы питания для заключенных, содержащихся в северных отдаленных лагерях (Норильский, строительство № 500, Воркутинский, Интинский, Северо-Печорский). Сверх этого увеличены нормы питания на 25 %. заключенным, занятым на выработке боеприпасов, производстве спецукупорки, на работах в нефтяных и угольных шахтах.
ГУЛАГ в централизованном порядке ежеквартально получает 300 тыс. пайков для ослабленных заключенных и 250 тыс. вторых горячих блюд для выполняющих и перевыполняющих производственные нормы. За счет продукции подсобных хозяйств ГУЛАГ ежеквартально выделяет на улучшение питания заключенных 1300 т мяса-рыбы, 2500 т молока и 150 т крупы. Указанные мероприятия дали возможность увеличить среднерасчетную норму питания по хлебу на 12 %., крупе 24 %., мясу-рыбе — 40 %., жирам — 48 %. и овощам — 22 %. Однако существующая норма питания заключенных со всеми дополнительными пайками по калорийности на 30 % ниже довоенной.
Потребность лагерей и колоний в вещевом довольствии для заключенных покрывалась централизованными фондами недостаточно, в частности, по хлопчато-бумажным тканям не более 40 %., по обуви 35 %. В целях улучшения снабжения лагерей и колоний вещевым довольствием ГУЛАГом было получено со складов НКО выбракованного зимнего и летнего обмундирования — 1 млн комплектов, обуви — 250 тыс. пар, ватных шаровар и телогреек — 130 тыс. комплектов и прочих предметов одежды свыше 2 млн единиц. За счет переработки пришедшей в негодность одежды и обуви в лагерях и колониях пошито 320 тыс. пар белья, 590 тыс. пар зимнего обмундирования и 1 млн пар разной обуви. Кроме этого, промышленными колониями ГУЛАГа изготовлено разной обуви 2,5 млн пар, валенок 540 тыс. пар, трикотажного белья 2 млн пар, полушубков — 70 тыс., одеял 500 тыс. штук. В результате проведенных мероприятий, обеспеченность вещдовольствием несколько повысилась. Вместе с тем необходимо отметить, что общая потребность лагерей и колоний в вещевом довольствии удовлетворена только в размерах 70–80 %. В связи с неполучением от промышленности необходимых для лагерей и колоний предметов хозобихода ГУЛАГом было организовано их изготовление на базе местного сырья и отходов. За 1942–1943 гг. изготовлено мисок 800 тыс. штук, кружек 150 тыс., ложек 3 млн, бачков 70 тыс., мыла 400 т.
Необходимость восстановления физического состояния заключенных потребовала проведения специальных медико-санитарных мероприятий. В первом полугодии 1941 г. заболеваемость заключенных составляла в лагерях и колониях всего 6,7 %. За два года войны заболеваемость возросла до 22 %. Со второй половины 1943 г. в результате улучшения жилищно-бытовых условий, своевременной госпитализации, повышения качества амбулаторного и стационарного лечения заболеваемость среди заключенных снизилась, составив во второй половине 1943 г. 18 %. и в 1944 году — 16 %. В снижении заболеваемости значительную роль также сыграли оздоровительные и профилактические мероприятия и развертывание дополнительной санитарно-лечебной сети. На 1 января 1943 г. санитарно-лечебная сеть лагерей и колоний была доведена до 1 тыс. больниц на 165 тыс. коек, против 845 больниц на 40 тыс. коек в 1941 г. В 1942 г. были созданы специальные оздоровительно-профилактические пункты, которые по условиям режима и питания обеспечивали заключенным необходимый отдых и восстановление временно утраченной трудоспособности на производстве. В последующем в целях охвата оздоровительными мероприятиями основного состава работающих, и в первую очередь отличников производства, существовавшие оздоровительно-профилактические пункты реорганизованы в оздоровительные пункты для лучших производственников и в оздоровительные команды для ослабленных заключенных. Эти профилактические учреждения возвратили на производство значительное число заключенных. В 1943/44 г. через оздоровительные пункты прошло 135 тыс. заключенных, из которых выписано пригодными для использования на тяжелых физических работах 21 %., на работах средней тяжести 27 %. и годными к легкому труду 27 %. Из оздоровительных команд на работы тяжелого и среднего физического труда выписано 35 тыс. человек. Исключительную роль имел приказ Народного Комиссара товарища Л.П. Берия за № 0033–1943 года, выполнение которого обеспечило коренной перелом в деле сохранения физического состояния заключенных. В данное время физическое состояние заключенных характеризуется следующим: группа тяжелого среднего труда повысилась на 6,3 %. по сравнению с 1942 г.; выходы на производство увеличились на 10 %.; среднемесячная смертность, составлявшая в 1942 г. 2,1 %., в первом полугодии 1944 г. снижена до 0,8 %. Серьезная работа проведена по пресечению инфекционных заболеваний. Так, вспышка сыпного тифа, давшая в лагерях и колониях за первое полугодие 1943 г.