Чехов вернулся в Мелихово 5 мая 1898 г. и вскоре, очевидно, приступил к писанию. 12 июня он сообщил А. С. Суворину: «Написал уже повесть и рассказ». В переписке с Гольцевым Чехов часто называл вещь, предназначенную для «Русской мысли», повестью, а «Ионыч» обычно именовался рассказом; впрочем, в письме к Н. А. Лейкину от 2 июля 1898 г. обе вещи названы повестями.
Таким образом, «Ионыч» был написан в Мелихове в мае (после 5-го) и в июне (до 12-го) 1898 г., т. е. приблизительно в течение месяца.
Рассказ был отправлен в «Ниву», очевидно, 15 или 16 июня. 18 июня 1898 г. Грюнберг писал Чехову: «Рассказ Ваш „Ионыч“ я получил и передал Ростиславу Ивановичу Сементковскому <…> Желание Ваше, чтобы рассказ был напечатан в одной книжке, будет исполнено, равно как Ваша просьба о присылке корректуры» (ГБЛ). В тот же день Чехову писал и Сементковский: «С истинным удовольствием прочел я Ваш рассказ, и само собою разумеется, что все Ваши желания будут в точности исполнены <…> пользуюсь этим случаем, чтобы лично Вам подтвердить, что очень дорожу Вашим сотрудничеством» (ГБЛ).
16 июля корректура была послана. Сементковский напомнил о ней Чехову 28 июля: «… я предназначаю „Ионыча“ для сентябрьской книжки наших „Приложений“, которая у нас уже в работе. Не смею Вас торопить, если Вы корректуру получили; но если Вы ее не получили, будьте любезны меня об атом уведомить, и я немедленно вышлю Вам другой оттиск» (ГБЛ). Чехов отослал корректуру 29 июля, еще не получив этого напоминания, — см. его письмо к Сементковскому от 10 августа 1898 г.
Беловой автограф рассказа достаточно близок к тексту первой публикации (см. варианты).
Правка в корректуре выразилась в сокращениях по всему тексту, особенно в главе I, где были устранены некоторые детали: например, о Старцеве перед его первым визитом к Туркиным — «выпил бутылку пива», в описании игры Екатерины Ивановны — «и казалось, что он уже целый год слышит эту музыку». В корректуре был вычеркнут эпизод в сцене всеобщего восхищения игрой Екатерины Ивановны (см. вариант к стр. 27, строка 43); «зависть и ревность к чужим успехам» у Веры Иосифовны нарушала идиллические тона, в которых дана атмосфера семьи Туркиных при первом визите Старцева.
При подготовке собрания сочинений оригиналом для набора «Ионыча» послужил текст «Нивы». 12 мая 1899 г. Чехов писал А. Ф. Марксу: «Рассказ мой „Ионыч“, напечатанный в прошлом году в „Ниве“, благоволите также послать в типографию». Корректуру IX-го тома Чехов читал в октябре 1901 г., в Москве — см. в письме к Л. Е. Розинеру от 8 октября 1901 г.: «Корректуру IX тома вышлю на этих днях». В текст первой публикации он внес при этом десяток поправок: в одном случае переменил слово, в другом — глагольную форму, остальные изменения коснулись предлогов, окончаний и пунктуации.
Специальный вопрос составляет так называемый «таганрогский колорит» в «Ионыче». Какие-то детали в рассказе действительно, должно быть, восходят к картинам Таганрога. Так, М. П. Чехов утверждает, что «описанное в „Ионыче“ кладбище — это таганрогское кладбище» (Антон Чехов и его сюжеты, стр. 17; см. об этом также в статье П. Сурожского «Местный колорит в произведениях А. П. Чехова». — «Приазовский край», 1914, № 172, 3 июля). Некоторые исследователи находят в «Ионыче» черты, которые сам Чехов отмечал в быте таганрогских врачей: в письме к М. Е. Чехову от 3 января 1885 г. — «Как врач я в Таганроге охалатился бы и забыл свою науку, в Москве же врачу некогда ходить в клуб и играть в карты»; в воспоминаниях В. Ленского (В. Я. Абрамовича), относящихся к приезду Чехова в Таганрог в июле 1899 г.: «На вокзале А. П. был очень бодр, оживлен, много говорил, смеялся. Кому-то из врачей шутя сказал: — Литература — невыгодное занятие. Вон у всех таганрогских врачей есть свои дома, лошади, коляски, а у меня ничего нет. Брошу-ка я литературу, займусь медициной…» («Чеховский юбилейный сборник». М., 1910, стр. 349). Действительно, здесь отмечены некоторые «обязательные» черты преуспеяния практикующего врача, нашедшие место в «Ионыче», но вряд ли можно подобные детали возводить исключительно к таганрогским впечатлениям. Обстановка в «Ионыче» — русская провинция, но в среде московских врачей Чехов также мог черпать материал для будущего рассказа — см., например, в «Осколках московской жизни» саркастическую характеристику «ученого миллионера» Г. А. Захарьина с его «классическими сторублевками» («Осколки», 1883, № 37, 10 сентября).