Как указывает Судоплатов в своих мемуарах, все контакты в США, казавшиеся атомной проблематики, были прекращены в 1946 году. Их продолжили в Англии, где с Фуксом встречался Феклисов, работавший под руководством резидента Горского.
Не успело затихнуть эхо Второй мировой войны, как пришло время «холодной».
К этому времени Судоплатов был в зените своей карьеры: он стал начальником 4-го управления, прославившегося в годы войны (из двадцати восьми чекистов, Героев Советского Союза, двадцать три были офицерами его управления), получил звание генерал-лейтенанта и был избран членом парткома НКГБ, именно ему поручили выступить с официальным докладом на торжественном собрании сотрудников аппарата всего наркомата в 1945 году.
Однако вскоре 4-е управление было расформировано, отдел «С» преобразован, так что Судоплатов временно оставался не у дел. Ему, правда, поручили руководство спецслужбой разведки и диверсий за рубежом при МГБ СССР, но новый министр Абакумов относился к нему без должного уважения, перестал приглашать на совещания, решая все вопросы только по телефону.
В 1951–1952 годах спецслужбой, которой руководил Судоплатов совместно с ГРУ, был подготовлен план диверсионных операций на американских военных базах и объектах на случай войны. К счастью, он так и остался нереализованным.
В этот же период Судоплатов осуществлял общее руководство по выводу за рубеж В. Фишера (будущего знаменитого Рудольфа Абеля), занимался выводом Хохлова, ставшего предателем, и т. д. Одной же из приоритетных задач стала работа по разгрому вооружённого националистического подполья в Западной Украине и Прибалтике. В своих мемуарах Судоплатов признаёт, что специальной группой, направленной в Саратов, был умерщвлён находившийся там на лечении один из лидеров украинских националистов Шумский. Судоплатов, правда, оговаривается, что в его задачу входило лишь «устроить так, чтобы сторонники Шумского не догадались, что его „ликвидировали“». Позднее был ликвидирован другой крупный националист, архиепископ униатской церкви Ромжа.
После убийства националистами писателя Ярослава Галана Судоплатов получил задание, исходившее лично от Сталина, сосредоточиться на розыске и ликвидации главарей националистического подполья.
В конце 1949 года Судоплатов выехал во Львов, где оставался около полугода. Ему удалось разыскать главу подполья Шухевича. В завязавшейся перестрелке тот был убит. Одновременно в Германию был выведен агент, который сумел проникнуть в бандеровскую организацию. От него стало известно о засылке ею на Украину начальника службы безопасности Матвиейко для выяснения судьбы Шухевича. Выброшенная на парашюте группа во главе с Матвиейко была захвачена. После кропотливой работы с ним Судоплатову удалось склонить его к сотрудничеству. Матвиейко выступил с осуждением бандеровского движения, впоследствии спокойно жил и работал бухгалтером во Львове, где и умер в 1974 году.
Методами принуждения и убеждения вооружённое сопротивление оуновцев было сведено на нет. Но они взяли на вооружение новую тактику, разработанную их американскими и западногерманскими советниками: внешнее сотрудничество с советской властью, показная лояльность, подготовка молодых кадров, которые должны занять высокие должности в партийном и советском аппарате и в дальнейшем, через тридцать—сорок лет, осуществить мечту националистов — добиться отделения Украины от СССР. Что и было проделано в 1990-х годах.
В 1952 году, незадолго до смерти Сталина, Судоплатов участвовал в обсуждении плана убийства югославского лидера Иосифа Броз Тито. Для этой цели намечалось использовать опытного агента «Макса» — Григулевича. Судоплатов выступил против этого плана, считая, что Григулевич не подходит для этого задания. К счастью, план так и остался на бумаге, так как Сталин умер, и вопрос отпал сам собой.
Пожалуй, это было одно из последних мероприятий внешней разведки, к разработке которых Судоплатов имел отношение.
Вскоре после смерти Сталина и ареста Берии для Павла Анатольевича Судоплатова начались тяжкие времена. 21 августа 1953 года Судоплатова арестовали в его рабочем кабинете. Ему был предъявлено обвинение в том, что он активный участник заговора Берии, целью которого был захват власти, его доверенное лицо и сообщник, планировавший теракты против руководителей советского государства. Затем формула обвинения была несколько смягчена, но суть его осталась прежней.