10 октября Скорцени организовал похищение коменданта Будапешта генерала Бакаи, на другой день командующего венгерской Дунайской флотилии Харди, а затем очередь дошла и до Хорти-младшего. Он нужен был как заложник, чтобы его папа не вздумал перекинуться к противникам. Его заманили в ловушку, а затем, завёрнутого в большой ковёр, вынесли из здания, погрузили в машину и увезли. Он был отправлен в концлагерь.
На следующий день Скорцени организовал штурм правительственной резиденции. Во главе батальона эсэсовцев-парашютистов он ворвался в здание. Под дулом винтовки заставил генерала Лазара отдать приказ о сдаче гарнизона. Он подчинился, но тут же пустил себе пулю в лоб. Правительство лишилось охраны и было свергнуто. Новое правительство продолжило войну. Скорцени получил звание оберштурмбаннфюрера (подполковника) и «Золотой рыцарский крест», пожалованный ему Гитлером.
В декабре 1944 года, когда началось немецкое контрнаступление в Арденнах, Скорцени приступил к выполнению ещё одной секретной операции. Он создал специальный отряд из солдат-добровольцев, владеющих английским языком. Их одели в американскую военную форму, дали американское оружие и автомашины. Группы из этого отряда стали прорываться в тылы наступавших союзных войск, где сеяли панику и совершали диверсии. Однако участники этой операции понесли большие потери. Сто тридцать один солдат из отряда Скорцени был захвачен американцами и расстрелян, свыше тысячи погибли в боях. Во время этой операции подчинённые Скорцени совершили тяжёлое военное преступление. Они расстреляли семьдесят одного безоружного американского пленного, так как переодетые эсэсовцы опасались, что американцы могут разоблачить их.
Несмотря на некоторую стабилизацию обстановки, немецкие войска продолжали угрожать союзникам. Это вынудило Черчилля обратиться к Сталину с просьбой о помощи. Советские армии досрочно перешли в наступление на Висле, и англо-американские союзники были спасены.
Наступление советских войск продолжалось. Отто Скорцени, уже в должности командира дивизии, получил от Гитлера последний приказ: удержать город Шведт на Одере. Не обладая ни знаниями, ни талантами полководца, Скорцени применял единственный известный ему метод — террор. Он приказал вешать всех, кто подумает об отступлении и бегстве. Множество немецких солдат и офицеров было казнено по его приказу. Был повешен даже бургомистр небольшого городка Кёнигсберг в округе Неймарк Курт Флётер, тело которого висело у дороги пять дней. Скорцени получил от солдат кличку «Отто-вешатель», а от Гитлера «Дубовые листья к Рыцарскому кресту».
Последней акцией Отто Скорцени во время войны была попытка создать «Альпийскую крепость» в горах Тироля в Австрии. Там гитлеровцы рассчитывали окопаться и продолжать борьбу «до последнего человека». Помимо людей и оружия, Скорцени получил «на расходы» несколько сотен тысяч фальшивых фунтов стерлингов.
Но все потуги организовать сопротивление оказались бесполезными. 15 мая 1945 года Скорцени был арестован. Однако на этом его жизнь не закончилась. Он попал под опеку руководителя американской разведки генерал-майора Уильяма Джозефа Донована. Несмотря на многочисленные факты преступных действий Скорцени, американский суд вынес ему оправдательный приговор. Международное право было попрано. Западногерманский журнал «Квик» писал: «Мелюзгу вешают, крупным дают сбежать».
Однако Скорцени никуда не сбежал от американской секретной службы. Он был помещён в Дармштадский денацификационный лагерь, где его должны были «перевоспитывать». Однако в июле 1948 года за Скорцени явились трое, одетые в американскую военную форму, и куда-то увезли его. Он оказался в США, где под кличкой «Эйбл» начал служить американской разведке. Это о нём начальник американской разведки Донован ещё в 1945 году отозвался: «Славный парень!»
В специальном лагере в штате Джорджия Скорцени обучал американских коллег методам забрасывания и эвакуации агентов-парашютистов.
В 1950 году он направился во Францию и Германию, где в нескольких издательствах готовилась к печати книга его мемуаров. После этого он оказался в Италии. Встретившись там со своими единомышленниками, учредил зловещий синдикат эсэсовских преступников «Организация лиц, принадлежащих к СС» (ODESSA).
Покинув Италию, Скорцени переехал в Испанию, где в это время под крылом диктатора Франко укрывалась нацистская колония из шестнадцати тысяч человек, в числе которых было пять тысяч высокопоставленных гитлеровцев. Там Скорцени уже ни от кого не скрывался. Он даже появился в картинной галерее Мадрида с «Рыцарским крестом» на шее. Испания надолго стала пристанищем Скорцени. Он основал там две базы для нацистов: одну близ Севильи, вторую в уединённой вилле неподалёку от Константины.