Скорцени для его агентуры понадобились доллары. По его предложению часть производства и самые ценные специалисты были переведены в его вотчину Фриденталь, не подвергавшуюся бомбёжкам. Там они и занялись подготовкой к выпуску фальшивых долларов.
События развивались своим чередом. После поражения немцев под Курском и высадки англо-американцев на Сицилии правящая верхушка Италии поняла: война проиграна. Спасти Италию можно только сбросив дуче Бенито Муссолини с поста премьер-министра. 25 июля 1943 года Муссолини, явившись с докладом к королю, был арестован.
Новый премьер-министр генерал Бадольо вступил в официальные переговоры с американцами и англичанами о заключении перемирия. Англо-американское командование требовало выдачи Муссолини, но Бадольо тянул время. Он переводил Муссолини из одного места заключения в другое. Сначала дуче был помещён под охраной на корвет «Персефоне», превращённый в плавучую тюрьму, затем Понтианские острова и Санта-Маддалена. В конце концов, его поместили в уединённом туристском отеле «Кампо императоре», расположенном в труднодоступном горном массиве, куда добраться можно было лишь по подвесной дороге.
26 июля 1943 года, на другой день после ареста Муссолини, Гитлер вызвал к себе Скорцени и приказал:
— Любой ценой освободить Муссолини!
После поисков, длившихся несколько недель, местонахождение Муссолини было установлено. Надо отдать должное предприимчивости и энергии Скорцени, проявленным при этих поисках. Правда, следует отметить, что итальянские фашисты, работавшие в секретной службе Муссолини, немало помогли своим немецким коллегам. Скорцени отобрал группу из ста шести добровольцев. Во главе с ним на двенадцати десантных планерах 12 сентября 1943 года они вылетели в горы. В каждом планере находились девять человек. Два планера перевернулись при взлёте, ещё два разбились при посадке. Скорцени приземлился благополучно в нескольких метрах от отеля и вместе со своей командой бросился в здание. Охрана была застигнута врасплох и не сделала ни одного выстрела. Комендант отеля, итальянский генерал, в знак своей покорности преподнёс Скорцени бокал вина. Всю операцию снимал на плёнку кинооператор, специально привезённый Скорцени.
— Я освободил вас по приказу фюрера, — доложил он Муссолини.
Вскоре за Муссолини прилетел двухместный самолёт. Но Скорцени сел в него третьим. И хотя он перегрузил машину (его рост 195 см при соответствующем весе), ему хотелось лично доставить свой «трофей».
Об успешном завершении операции в тот же вечер торжественно сообщило германское радио. Имя Отто Скорцени тогда не было названо, но уже через пару дней началась небывалая пропагандистская шумиха. Гитлеру и Геббельсу нужен был настоящий герой, чтобы поднять угасающий боевой дух немецкого народа. Скорцени лично доставил Муссолини в ставку Гитлера, и с этого момента на него полился дождь наград, дорогих подарков, повышений. О нём кричали по радио, печатали статьи газеты и журналы, показывали кинохронику. «Союз германских девушек» превозносил его как идола германской расы. Он был произведён в штурмбаннфюреры СС (майор), и Гитлер лично повесил ему на шею «Рыцарский крест».
Муссолини создал своё марионеточное правительство в Северной Италии и объявил, что продолжает войну на стороне Германии. Его ждал бесславный конец. Итальянские патриоты в 1945 году поймали Муссолини и повесили вверх ногами на автозаправочной станции.
После операции по освобождению Муссолини Скорцени получил новое серьёзное задание по ведению подрывной работы за рубежом. В его распоряжении оказались более трёх тысяч осведомителей, шпионов и диверсантов. Кроме того, Скорцени передали картотеку так называемых фольксдойче и всех членов нацистской партии в сорока с лишним государствах земного шара, которые всегда были готовы оказать помощь его агентуре. Его основная задача состояла в засылке диверсантов в Россию. Но из девятнадцати засланных групп пятнадцать были пойманы сразу, четыре — позднее.
«Все крупные планы терпели неудачу», — признался глава гитлеровской разведки Вальтер Шелленберг, который работал над этой программой, получившей наименование «Цеппелин», вместе со Скорцени и отделом «Иностранные армии Востока». Этот отдел возглавляли небезызвестные генералы Кребс и Гелен.
Об одной из крупных, по его мнению, операций, проведённых в тылу Красной армии, Скорцени с ностальгическими нотками вспоминал в своих мемуарах. По его словам, от одного «резервного агента» летом 1944 года было получено сообщение, что в лесной массив к северу от Минска стекаются группы немецких солдат, которыми командует подполковник Шерхорн. Точное месторасположение группы, в которую входило более двух тысяч человек, неизвестно. Связи с этой группой не было. Скорцени получил от Главного командования указание со своими «специальными частями» установить связь с группой Шерхорна и оказать ей всяческую помощь. Операция, разработанная Скорцени, получила кодовое наименование «Браконьер» и длилась с середины сентября 1944 по май 1945 года.