После этой операции Пинкертон и его сотрудники вернулись в Чикаго. Но они так хорошо зарекомендовали себя, что после официального вступления президента Линкольна в должность 4 марта 1861 года Пинкертона и Уэбстера снова вызвали в Вашингтон.
К этому времени перед страной встала угроза неизбежной войны. Девять южных штатов уже были охвачены пламенем мятежа. 19 апреля в Балтиморе произошли столкновения регулярных войск и местного населения. Затем было сожжено несколько железнодорожных мостов, сообщение между столицей и Севером прервано, телеграфные провода перерезаны. В этих условиях президент пригласил Аллана Пинкертона обсудить с ним и членами кабинета вопрос об учреждении «отдела секретной службы» в Вашингтоне. Пинкертон был назначен главным руководителем вновь организованной Федеральной секретной службы.
Ожидая официального назначения, он практиковался в искусстве военной разведки в качестве «майора Аллена», офицера при штабе генерала Джорджа Мак-Клеллана. Он так понравился генералу, что тот хотел оставить его при себе. Но Пинкертона ждали другие задачи.
Федеральная секретная служба добилась первого успеха, разоблачив опасного агента Конфедерации миссис Розу Гринхау. В докладе Пинкертона говорилось о подозрительных лицах, имевших «доступ в золочёный салон аристократических предателей», принадлежавший богатой вдове Гринхау. Свою шпионскую деятельность она начала в апреле 1861 года. Причём вдова не скрывала своих убеждений и открыто выступала в поддержку рабовладельцев-южан. Как только Аллан Пинкертон и его агенты начали вести наблюдение за этой дамой, они обнаружили неопровержимые доказательства её шпионской деятельности и измены одного федерального чиновника, которого она завербовала.
Окна квартиры Гринхау были расположены слишком высоко, и, чтобы что-нибудь увидеть с тротуара, агенты Пинкертона обычно становились на плечи друг другу. Слежка принесла плоды, и миссис Гринхау была заключена в тюрьму.
Аллан Пинкертон организовал засаду в квартире Гринхау, но, к его удивлению, в ловушку никто не попался. Оказалось, что восьмилетняя дочь миссис Гринхау залезла на дерево и оттуда кричала всем знакомым ей лицам: «Маму арестовали! Мама арестована!»
Но благодаря своим связям вдова Гринхау вскоре вышла из тюрьмы, и ей разрешили выехать в Ричмонд на пароходе, защищённом флагом перемирия.
Аллан Пинкертон занялся разведкой в тылу мятежников. Его друг Уэбстер несколько раз совершал поездки на территорию южан и доставлял ему ценные сведения. Однако во время одного из рейсов он вдруг исчез. На его поиски Пинкертон направил двух федеральных агентов Льюиса и Скайли, которые вызвались проникнуть в Ричмонд и попытаться наладить связь с Уэбстером. Они разыскали его. Оказалось, он был тяжело болен. К несчастью, их самих арестовала контрразведка южан. Под сильнейшим давлением и угрозой виселицы оба агента стали давать показания. В результате Уэбстер был приговорён к повешению.
Его можно было спасти, если бы северяне пригрозили казнью кого-либо из агентов южан, захваченных ими. Но письмо на имя президента южан Дэвиса Джефферсона было составлено в таких дипломатических тонах, что его восприняли как разрешение на казнь. Так и случилось — Уэбстера повесили.
После этого Пинкертон подал в отставку. Правда, не гибель Уэбстера стала её причиной. Его отставка с поста начальника секретной службы была вызвана другим обстоятельством, а именно снятием его друга генерала Мак-Клеллана с поста командующего. Этого он простить президенту Линкольну не мог, резко осудив его и демонстративно отказавшись руководить разведкой и контрразведкой для нового командующего.
Вернувшись в Чикаго, Пинкертон опять возглавил своё частное сыскное агентство.
После Гражданской войны огромную популярность приобрели Западные штаты. Переселенцы тянулись туда в поисках золота и серебра, пастбищ и плодородных земель, и этот Запад стал поистине Диким Западом. Переселенцы попадали в страну, в которой десятилетиями господствовал один закон — закон сильного и того, кто стреляет первым. Повседневным явлением стали уличные грабежи, нападения на почтовые кареты и железнодорожные поезда, конокрадство, ограбления банков, заказные убийства. Даже среди шерифов находились такие, которые под прикрытием закона совершали безнаказанные убийства.
Для железнодорожных компаний, постоянно находившихся под угрозой ограбления, «пинкертоны» были единственной полицейской силой, на которую можно было положиться. Услуги доносчиков из преступного мира были у «пинкертонов» не в чести. Зато сами они в разных обличиях проникали в самое логово крупных шаек, промышлявших в городах Дикого Запада.