Эйтингон прислал в Центр отчёт о неудаче с заключением: «Принимая вину на себя за этот кошмарный провал, готов по первому Вашему требованию выехать для получения положенного за такой провал наказания. 30 мая. Том».
Однако наказания Эйтингон не понёс, более того, к полученному из Москвы деловому письму была сделана одобряющая приписка: «Привет от тов. Берии».
Начавшая поиски мексиканская полиция вскоре отыскала руководителя провалившейся операции. Им оказался знаменитый мексиканский художник Давид Альфаро Сикейрос. Были установлены и другие участники операции. Никто из них в советской агентурной сети не состоял, их подобрал лично Сикейрос. Большинству из них удалось скрыться.
Роберт Шелдон Харт, агент НКВД, был убит мексиканскими участниками операции, так как, по свидетельству Эйтингона, данному много позже, в 1954 году, оказался предателем.
Арестованный полицией Сикейрос заявил, что целью нападения было только уничтожение архивов, участие в убийстве Шелдона отрицал. По распоряжению президента Мексики Авила Камачо, высоко ценившего Сикейроса как художника, он был освобождён и покинул страну.
Началась подготовка нового этапа операции «Утка». Она проходила без особых затруднений благодаря тому, что её исполнитель «Раймонд» был вхож в дом Троцкого как его «верный сторонник», побывал там двенадцать раз.
20 августа 1940 года, менее чем через три месяца после первой попытки, было совершено второе покушение. «Раймонд», имея при себе ледоруб, нож и пистолет, явился к Троцкому с просьбой получить рецензию на свою статью. Когда Троцкий читал статью, «Раймонд» ударил его ледорубом в затылок. Тот упал, издав громкий крик. Появившаяся охрана, жестоко избив «Раймонда», передала его в руки полиции. Троцкий умер в больнице на следующий день. «Раймонд», выдавший себя за бельгийца Жана Морнара, бывшего сторонника Троцкого, провёл в тюрьме девятнадцать лет, восемь месяцев и четырнадцать дней. В 1960 году он приехал в Москву, где ему была вручена золотая медаль Героя Советского Союза — первому из разведчиков-нелегалов.
В день убийства Троцкого Эйтингон и «Мать» покинули Мехико. Он вылетел на Кубу по иракскому паспорту. Там получил болгарский паспорт и направился в Европу. По приезде в Москву лично доложил обо всём Меркулову и Берии, никаких отчётов не писал.
Едва Эйтингон успел отдохнуть и приступить к новой работе в качестве начальника Особой группы при наркоме внутренних дел, как грянула война. Эйтингон в качестве заместителя Судоплатова участвовал в создании ОМСБОН — Отдельной мотострелковой бригады особого назначения, легендарного спецназа периода Великой Отечественной войны, прославившейся своими операциями в тылу врага. В бригаду брали только добровольцев, которые проходили специальную подготовку для диверсионной работы и выполнения заданий особой важности.
Она вошла в состав 4-го Управления НКВД-НКГБ, которое с первого до последнего дня войны возглавляли Судоплатов и Эйтингон. Это был центр, организовавший разведывательно-диверсионную работу на оккупированных территориях. Помимо самостоятельных операций, управление поддерживало партизанское движение, провело около восьмидесяти радиоигр, в том числе таких знаменитых, как «Монастырь», «Березино» (о них рассказывается в очерках, посвящённых Судоплатову, Скорцени, Канарису, Шелленбергу).
Следует отметить, что из всех советских разведчиков только двое были удостоены полководческих орденов Суворова — генералы Судоплатов и Эйтингон.
Во время войны Эйтингон выезжал в 1942 году в Турцию, где под именем Леонида Наумова руководил подготовкой покушения на германского посла фон Папена. Его было решено ликвидировать, так как в случае отстранения Гитлера от власти генералами вермахта он должен был возглавить правительство Германии, что могло привести её к сепаратному миру с США и Англией. Однако попытка покушения не удалась: мина взорвалась в руках у покушавшегося болгарина Афанасьева. Сам он погиб, а Папен получил лишь лёгкие телесные повреждения.
Есть и ещё одна сторона жизни разведки, где Эйтингон оставил свой след, — «атомный шпионаж».
Ещё в 1939–1941 годах во время пребывания Эйтингона в США ему было предоставлено, как пишет в своих воспоминаниях генерал Судоплатов, «право вербовать и привлекать к сотрудничеству людей без санкции Центра, используя родственные связи». Ещё ранее, в начале 1930-х годов, Эйтингон легализовал на Западном побережье США двух агентов, в том числе зубного врача «Шахматиста» (с ним восстановила связь разведчица Китти Харрис — см. очерк о ней).