В январе 1918 года Локкарт вновь отправился в Россию. «Я получил весьма неясные инструкции, — вспоминает Локкарт. — …Я не был облечён никакими полномочиями. Моя задача заключалась в том, чтобы завязать сношения…»
Локкарт получил известные дипломатические привилегии, в том числе мог пользоваться шифрами и дипкурьерами. Первый советский посланник в Лондоне Литвинов написал для Локкарта рекомендательное письмо на имя наркоминдела Троцкого.
Со всякими приключениями Локкарт добрался до Петрограда. Встретили его хорошо, как человека, сочувствующего большевикам.
Как раз в это время Советскую Россию покидали союзнические посольства. Союзники полагали, что большевики не продержатся и несколько недель. Локкарт оставался в Петрограде, считая, что большевики внутренне гораздо сильнее, чем предполагают в Лондоне, и что в России нет силы, способной заменить их. С ним остался морской атташе капитан Кроми, не хотевший, по свидетельству Локкарта, допустить, чтобы Балтийский флот попал в руки немцев, и ещё несколько офицеров и чиновников контрразведки.
Вскоре В.И. Ленин принял Локкарта в Смольном. При встрече присутствовал Троцкий, который, по мнению Локкарта, «был неспособен противостоять Ленину, как блоха не может противостоять слону».
Ленин говорил с Локкартом откровенно, ответил на все его вопросы и гарантировал ему личную безопасность и возможность в любое время покинуть Россию.
Тогда же Локкарт встретился с Мурой Бенкендорф-Будберг, в будущем своим агентом и любовницей. Позже она станет любовницей также Горького и Уэллса.
15 марта 1918 года вслед за советским правительством Локкарт переехал в Москву. Там он встретил знакомых, в том числе французского резидента генерала Лаверни, американского майора Риггса. Они договорились о политике, которую будут проводить в жизнь: «интервенция с согласия большевиков». Послы союзников — Фрэнсис, восьмидесятилетний банкир, впервые покинувший Америку, Нуланс, тоже недавно прибывший французский профессиональный политик, и другие находились в Вологде и не держали руку на пульсе событий. Нуланс и Фрэнсис стояли на позиции «интервенция без согласия большевиков».
В мае в Москву прибыл английский агент Сидней Рейли, который прославился впоследствии как «искуснейший английский шпион» (слова Локкарта). Он чувствовал себя независимо и начал действовать самостоятельно, вызвав недовольство Локкарта.
Одной из акций, предпринятых Локкартом в это время, была выдача британской визы Керенскому, переодетому сербским солдатом и заручившемуся сербским паспортом. Керенскому удалось бежать из России через Мурманск.
В конце мая 1918 года Локкарта вызвали в Вологду, где послы подтвердили своё мнение об «интервенции без согласия большевиков». Это совпало с чехословацким мятежом в Сибири. Локкарт по указанию своего правительства выразил резкий протест против попытки разоружить чехов и препятствовать их отъезду на родину. Он сам признал, что с этого момента «связал себя с движением, направленным против фактического правительства России». Теперь и он стал сторонником интервенции и свержения большевистского правительства. Локкарт активизировал контакты с антибольшевистскими силами, вступил в тайную переписку с лидерами белого движения, установил связь с антисоветским «Центром» и «Союзом возрождения России», основанным Савинковым. Среди участников заговора были французский капитан Вертимон, а также американский резидент Каламатиано.
Враги Ленина и его противники не дремали.
6 июля 1918 года был убит Мирбах и предпринята попытка государственного переворота. Савинков, подстрекаемый французами, захватил Ярославль, беспорядки прошли в Москве, чехи, наступая на запад, заняли Симбирск.
4 августа войска союзников высадились в Архангельске, начав интервенцию. Их было всего тысяча двести человек, и эта операция практического военного значения не имела. Но Локкарт делал всё, чтобы помочь ей изнутри, финансируя местные антиправительственные силы. Не имея наличных денег, он давал письменные обязательства о выплате их в Лондоне. Одновременно Локкарт готовился к отъезду из Москвы.
15 августа к Локкарту явился некий Шмидхен — под этим именем скрывался чекист Я. Буйкис, — сопровождаемый Э. Берзинем (не путать с Я.К. Берзиным, будущим начальником Разведывательного управления Красной армии). Шмидхен передал Локкарту письмо от капитана Кроми, который писал, что надеется «крепко хлопнуть дверью до своего отъезда из России». Шмидхен объяснил, что представляет латышских стрелков, которым надоело сражаться за большевиков. Они хотят вернуться на родину, для чего просят поддержки Локкарта: ходатайства перед командующим войсками в Архангельске генералом Пулем, на сторону которого они хотят перейти, если их пошлют на фронт.