Чтобы окончательно утвердиться у власти, царица велела всюду распространять следующую легенду. Якобы сам бог Амон ночью спустился с небес и, приняв облик Тутмоса I, вошёл в покои её матери. Познав бога, царица родила дочь.
Хатшепсут называла себя божественной и добивалась, чтобы жрецы признали её таковой. С египетскими жрецами у мудрой владычицы сложились довольно дружеские отношения: жрецы словно не замечали, что год за годом на престоле Египта, вопреки всем законам, оставалась единственная повелительница страны — женщина-фараон.
Годы правления Хатшепсут отмечены расцветом страны. Были возведены огромные храмы и иные постройки, укреплялся военный флот, развивалась торговля с другими государствами. Почти не было войн, так как мудрая женщина предпочитала решать все вопросы миром и ей это вполне удавалось. На девятом году своего правления она отправилась с дипломатической миссией в страну Пунт (где эта страна находилась, до сих пор остаётся загадкой, однако многие исследователи считают, что, вероятнее всего, на территории современного Сомали, по другой версии — в Палестине), а после возвращения решила возвести огромный храм, на стенах которого были бы запечатлены сцены из её путешествия в далёкие земли, и тем самым увековечить в истории собственное имя.
Храм, руины которого находятся сейчас в Дейр-эль-Бахри, царица назвала «священным из священнейших» и построила его «из любви к отцу своему Амону».
«Руководителем всех работ» был назначен любовник царицы, придворный архитектор Сененмут, который за пятнадцать лет возвёл у подножия высокой скалы погребальный храм. Он сделал его с такой любовью, что восхищённая работой любовника царица назвала сооружение «маленьким Пунтом». Храм был расположен на западном берегу Нила, в месте, которое считалось священным: сюда приходили люди в надежде излечиться от болезней и обрести успокоение.
Царица столь приблизила к себе Сененмута, что тот получил возможность вмешиваться в важные политические дела государства. Он был умён, проницателен и обладал прекрасными организаторскими способностями. О себе архитектор писал так: «Я был величайшим из великих во всей стране. Я был хранителем тайн царя во всех его дворцах, частным советником по правую руку владыки… Я был полезен царю, верен богам и беспорочен перед народом…» Родом Сененмут был из бедняков, а стал вторым человеком в государстве. Впрочем, для царского Египта это было естественным. Там умели ценить ум.
Царица отличалась также великой страстностью. Она имела нескольких фаворитов, которым разрешала участвовать в государственных делах и преподносила каждому щедрые дары. Но самым близким другом и любовником Хатшепсут считался архитектор Сененмут, который одновременно был назначен воспитателем дочери египетской царицы маленькой Нефрур. Девочка и любовник её матери были очень привязаны друг к другу, о чём свидетельствуют рисунки на стенах храма. Однако Нефрур умерла ещё в юном возрасте (предположительно в 1474 г. до н. э.). У царицы осталась вторая дочь, Меритра, которая, по предположениям учёных, могла родиться у Хатшепсут от архитектора. Она была выдана замуж за Тутмоса, и пасынок царицы стал к тому же и её зятем.
При храме, под нижней террасой, Сененмут тайно начал строить гробницу и для себя, чтобы после смерти быть ближе к возлюбленной. Однако свою усыпальницу он так и не закончил. Рисунки с изображением царского архитектора находились в самых секретных и недоступных уголках храма. Вероятнее всего потому, что фаворит создавал их втайне.
Царица-фараон Хатшепсут умерла в 1458 году до н. э. Смерть её по сей день остаётся загадкой. Гробница мудрой правительницы, которая находилась в Долине царей в «городе мёртвых» близ Луксора, оказалась пуста. Неподтверждённым является и тот факт, что царицу убили по приказу её пасынка. Некоторые исследователи считают, что в год восшествия на престол следующего египетского фараона Тутмоса III, царица вовсе не была мертва, а её лишь изгнали из страны. Остаётся таинственным и тот факт, что официальная гробница любимого архитектора женщины-фараона также при вскрытии была пуста. Возможно, они вместе были изгнаны из Египта.
Так или иначе, Тутмос III вернул себе титул фараона. Он сразу же велел стереть все рисунки и отколоть лица тех скульптур, на которых изображалась его мачеха, отнявшая у него престол на долгие двадцать лет. К тому же новый царь постарался изменить все летописи, в которых имя царицы Хатшепсут было заменено на его собственное имя, а все достижения и заслуги великой царицы отныне приписывались Тутмосу III.