В тюркско-монгольскую военную организацию органически влились раджпуты, на которых также опирался падишах. Войско состояло из тюркско-монгольских и таджикских наемников из Средней Азии, а также персов, арабов турок и «туземных» отрядов раджей. Наемным войском командовали могольские эмиры. Существовала также немногочисленная наемная пехота из индийцев, вооруженная мушкетами. Уровень ее подготовки и вооружения был очень низким. Зато артиллерия была сильна. Моголы располагали тяжелой артиллерией — 70 большими чугунными пушками. Кроме того, у них имелось от 200 до 300 легких орудий, которые были лишь немного больше мушкета и перевозились на верблюдах. Существовала и конная, или «стремянная», артиллерия — 50–60 маленьких бронзовых пушек. Они перевозились в тележках, в каждую из которых впрягалась пара лошадей. У моголов было также 800–900 боевых слонов. Всего в их армии насчитывалось от 40 до 60 тысяч всадников и до 15 тысяч пехотинцев, артиллеристов и погонщиков боевых слонов.
В походе войско сопровождало еще свыше 100 тысяч гражданских лиц — слуги, торговцы, купцы, носильщики и женщины. Единственным средством существования воинов было жалованье, на которое они покупали себе продовольствие и одежду. Для этого в лагерях устраивались базары. Таки м образом, в государстве Великих Моголов не было централизованного военного снабжения. Обеспечением армии занимались жители крупных город ов, которые десятками и даже сотнями тысяч устремлялись вслед за армией в поход. Население столиц — Дели и Агры жило почти исключительно за счет войн. Подобный способ снабжения делал походную колонну очень громоздкой, а в случае поражения войско быстро разлагалось и превращалось в плохо управляемую толпу.
Во времена Акбара моголы овладели прибрежными областями — Бенгалией на востоке и Гуджаратом на западе, поставив под свой контроль морскую торговлю. Им также все время приходилось подавлять восстания индуистского населения, которое несло на себе основное бремя налогов.
С переменным успехом велись войны с Турцией и Ираном. Ханства Средней Азии во второй половине XVI века отложились от империи, и с ними моголы тоже вынуждены были вести длительные войны. Однако ни одно государство Южной Азии не могло в то время сравниться по своей военной силе с империей Великих Моголов.
Наибольшую территорию это государство достигло при Шах-Джехане. В конце его правления в 1658 году разгорелась кровопролитная война между его сыновьями — правителем Кабула и Мультана Дара-Шикохом и правителем Декана Аурангзебом. Дара-Шикох провозглашал принципы веротерпимости и выражал готовность уравнять в правах с мусульманской знатью индуистских раджей, жрецов, купцов и ростовщиков. Аурангзеб, напротив, отстаивал первенство мусульман в империи и выступал за кассацию долгов мусульманских раджей индуистским ростовщикам, а также стремился захватить сокровища индуистских храмов и присоединить к империи южноиндийские княжества — мусульманские Биджапур и Голконду и индуистское Полиагру.
Война началась еще в последние месяцы правления тяжело заболевшего Шах-Джехана. Он объявил своим наследником Дару, который стал собирать силы на средства из казны Великих Моголов для борьбы с Аурангзебом и другими братьями. В апреле 1658 года под Аллахабадом, в месте впадения Джамны в Ганг, встретились войска сына Дары Сулеймана-Шеку и брата Дары Шаха-Шуджи, владетеля Бенгаиши, объявившего себя падишахом государства Великих Моголов. Армия Шаха-Шуджи потерпела поражение, но сумела отступить без больших потерь. Пока Сулейман его преследовал, к Агре подошли армии Аурангзеба и его брата Мурада-Бакши, правившего в Гуджарате. 15 апреля 1658 года они вступили в бой при Дхармате с отрядами полководцев Дары — набоба Казим-хана и раджи Джасвантсинга.
Каждая из армий насчитывала по 35 тысяч человек, но многие мусульманские военачальники в армии Дары тайно сочувствовали Аурангзебу и не горели желанием вступать с ним в с хватку. Раджпутская конница контратакой опрокинула неприятельских всадников, опрокинула артиллерию Аурангзеба и завязала бой с его авангардом. Однако мусульманские отряды не поддержали атаку раджпутов.
Аурангзеб подкрепил авангард резервом и остановил натиск неприятеля. Раджпуты оказались в окружении, и шесть их вождей пали в бою. После этого артиллерия Аурангзеба сосредоточила огонь на центре, где стойко дралась 2-тысячная гвардия Джасвантгсинга и мусульманские отряды. Но мусульмане левого фланга армии Дары обратились в беспорядочное бегство под натиском войск Мурада-Бакцли. Аурангзеб выиграл сражение. Потери армии Казим-хана и Джасвантсинга превышали 6 тысяч убитыми, войска Аурангзеба и Мурада-Бакши потеряли несколько меньше.