Тевтонский орден не сумел удержать те крепости, которые находились во внутренних областях страны, далеко от побережья и судоходных рек. Но портовые крепости Мемель, Кенигсберг, Балга, Эльбинг, Торн и Кульм остались в руках рыцарей. Особенно тяжелую осаду выдержали Балга и Кенигсберг. Помощь ордену со стороны Польши также воспрепятствовала повстанцам освободить всю территорию страны. Пруссы навели мост на реке Прегеле, чтобы отрезать Кенигсберг от моря, однако рыцарям удалось разрушить его и восстановить морское снабжение крепости.
22 января 1262 года на помощь осажденным в Кенигсберге тевтонцам прибыли из Германии на судах отряды графов Юлиха и Берга, но пруссы их разбили и вынудили убраться восвояси. Только три года спустя с прибытием крупных контингентов рыцарских войск во главе с герцогом Брауншвейгским и ландграфом Тюрингским осада с Кенигсберга была снята, и Тевтонский орден перешел в наступление. Два предводителя пруссов, Генрих Монте Натангенский и Глаппе Эрмландский, были захвачены в плен и казнены. Диван Бартский погиб при осаде пруссами крепости Шензее. Еще один прусский военачальник, вождь племени зудавов (судинов) Скуманд ушел со своими людьми в Литву. Позднее он вернулся, принял христианство и признал власть Тевтонского ордена. Примеру Скуманда последовали и другие прусские вожди. Последние из них присягнули на верность ордену в 1283 году. Этот год и считается временем окончательного покорения Пруссии Тевтонским орденом.
Очень скоро потомки пруссов, принявшие христианство, германизировались. После ликвидации Тевтонского ордена в XVI веке потомки пруссов и тевтонцев, а также расселившихся в Пруссии выходцев из других германских земель образовали новую прусскую народность, говорившую уже на немецком языке.
Война Тевтонского ордена против пруссов фактически превратилась в войну европейского рыцарства, прежде всего из Германии, Чехии, а также Польши против «прусских язычников». Естественно, прусские племена, опиравшиеся лишь на поддержку Литвы, устоять против натиска крестоносцев со всей Европы не имели никакой возможности. Однако пруссы использовали тактику партизанской войны, старались совершать внезапные набеги или осаждали неприятельские крепости. С главными силами рыцарского войска прусское ополчение, конное и пешее, в схватку в открытом поле вступало редко. В боях этой войны обычно с каждой стороны было по несколько десятков, реже — по несколько сот воинов. Сравнительно невелики были и людские потери. В конце концов, пруссы достигли определенного компромисса с завоевателями, согласившись принять христианство и взамен получив равные права с пришельцами. Прусская племенная верхушка постепенно вошла в состав германского дворянства.
ВОЙНЫ НОВГОРОДСКОЙ ЗЕМЛИ С ШВЕЦИЕЙ И ЛИВОНСКИМ ОРДЕНОМ
(XIII век)
Войны Новгорода с Орденом ливонских рыцарей и Шведским королевством за пограничные земли в районе Чудского озера и на побережье Финского залива.
Новгород был вольным городом, где все вопросы решало народное вече. Оно приглашало князя, который только командовал военными силами города, но не имел гражданской власти и в любой момент мог быть смещен с княжения вечем. Новгород владел обширными землями на северо-западе современной России. С 1236 года новгородским князем был Александр Ярославич — сын великого князя владимирского Ярослава Всеволодовича. Он находился в добрых отношениях с завоевавшими Русь татарами и главным своим врагом видел Ливонский орден и шведов, оспаривавших у Новгорода контроль над чудью и финнами.
Летом 1240 года шведское войско под командованием зятя короля и фактического правителя государства ярла Биргера высадилось на берег Невы недалеко от устья Ижоры. Против него выступил Александр с дружиной, усиленной новгородскими добровольцами и отрядом ладожан. В полдень 15 июня новгородцы внезапно атаковали шведов, которые обратились в бегство и спешно отплыли на уцелевших судах (три судна новгородцы потопили). Новгородская летопись утверждает, что войско Александра Невского потеряло убитыми 20 человек, а шведы будто бы нагрузили три корабля трупами своих воинов. Это как-то не вяжется с сообщениями о беспорядочном бегстве войска Биргера. Скорее всего, шведские потери ненамного превышали новгородские. Не исключено, что Биргер вообще прибыл для переговоров и потому не ожидал нападения. За победу в битве при Неве князь Александр был прозван Невским.