НДПА была малочисленной партией интеллигенции. К тому же она раскололась на две враждовавшие фракции: «Хальк» («Народ») и «Парчам» («Знамя»). Ставший президентом лидер «Халька» поэт Hyp Мухаммед Тараки начал в стране интенсивные преобразования. Ислам перестал быть государственной религией, женщинам позволили снять чадру и допустили к образованию. Была провозглашена кампания по ликвидации неграмотности, аграрная реформа, начало коллективизации.
Все это вызвало недовольство мусульманского духовенства и знати. Афганское общество, за исключением тонкой прослойки горожан, оставалось по сути феодальным и не было готово к радикальным преобразованиям. Среди основного населения — пуштунов еще сохранялась родо-племенная структура и особенно влиятельны были вожди племен. Ислам объявили религией, отражающей лишь интересы «эксплуататорских классов», против духовенства развернули террор. Не лучше пришлось и пуштунским племенам, которых пытались разоружить (традиционно все пуштуны носили оружие), а племенную верхушку лишить власти и даже уничтожить. Крестьяне отказывались от предоставляемых земельных наделов, так как не имели средств их обрабатывать, а государство не в состоянии было эти средства предоставить.
Уже с лета 1978 года вооруженное сопротивление новой власти стали оказывать сторонники исламского фундаментализма, воевавшие еще против Дауда. К ним присоединились ополчения пуштунских племен. К тому времени обострились отношения Тараки с парчамистами, многие из которых были казнены.
5 декабря 1978 года был заключен советско-афганский договор о дружбе, добрососедстве и сотрудничестве, предусматривающий взаимопомощь сторон в отражении внешней угрозы. Постепенно администрация Тараки, несмотря на террор, все больше теряла контроль над страной. В соседнем Пакистане оказалось около 2 миллионов афганских беженцев. В связи с неудачами резко обострились отношения президента со вторым человеком во фракции «Хальк» — премьер-министром Хафизуллой Амином, пользовавшимся влиянием в армии. Амин был более решительным руководителем и пытался укрепить слабеющую власть поиском союзников среди различных социальных и этнических групп (и Амин, и Тараки были пуштунами). Но Москва решила сделать ставку на Тараки и посоветовала ему устранить соперника.
В Кремле надеялись обрести в Афганистане плацдарм для броска к Индийскому океану. В соседнем Пакистане жили родственные афганцам племена пуштунов и белуджей, и руководители НДПА предъявляли территориальные притязания к соседу, рассчитывая при поддержке СССР занять большую часть пакистанской территории.
Генерал Д.А. Волкогонов вспоминал, что 8 сентября 1978 года в президентском дворце охрана Тараки попыталась убить Амина, но погиб только его телохранитель Амин уцелел, поднял верные части кабульского гарнизона и сместил Тараки. Вскоре незадачливого президента задушили. Амин усилил террор, но цели не достиг. Его решили убрать.
И Тараки, и Амин неоднократно обращались к СССР с просьбой направить в Афганистан войска. Речь шла о небольших подразделениях, призванных, в частности, обеспечить охрану афганских руководителей и помочь вести операции против повстанцев-моджахедов.
В Кремле решили иначе. 12 декабря 1979 года Политбюро одобрило устранение Амина и последующий ввод советских войск в Афганистан Агенты КГБ подсыпали Амину яд в пищу. Ничего не подозревавший советский врач вытащил диктатора буквально с того света. Тогда в дело пошла специальная группа КГБ «Альфа». Ее бойцы вместе со спецназом Главного разведывательного управления беспрепятственно прибыли в афганскую столицу якобы для охраны Амина и в ночь на 27 декабря 1979 года взяли штурмом президентский дворец на окраине Кабула, уничтожив Амина вместе с семьей, приближенными и несколькими десятками солдат охраны. Позднее ТАСС объявил, что диктатора убили «здоровые силы афганской революции».
На следующее утро в Кабул стали прибывать советские войска. Их прибытие оправдывалось внешней агрессией против Афганистана, выразившейся в поддержке Пакистаном, Ираном, Китаем и США афганских повстанцев, и настоятельными просьбами «законных афганских властей». Вот с законностью вышла неувязка. Ведь до советского вторжения «законной властью» был Амин, посмертно объявленный агентом ЦРУ. Получалось, что он сам пригласил свою смерть, да к тому же был «не вполне законным», раз его пришлось устранить и срочно заменить вернувшимся в обозе советских войск лидером фракции «Парчам» Бабраком Кармалем.