В течение одиннадцати лет он был начальником Джи-2, ведомства, внушавшего страх панамцам и напоминавшего по своей сути румынскую Секуритате и другие подобного рода репрессивные учреждения. Одновременно Норьега активно сотрудничал с ЦРУ, от которого регулярно получает деньги. Пост руководителя секретных служб открывал перед честолюбивым полковником неограниченные возможности для самой разнообразной деятельности, в том числе и не связанной с его прямыми служебными обязанностями — торговлей оружием, наркотиками и т. д.
ЦРУ остановило свой выбор на Норьеге в качестве альтернативы Торрихосу, который сблизился с Фиделем Кастро. И не ошиблось в выборе. Постепенно Норьега начал снабжать США информацией о содержании встреч Торрихоса с кубинским лидером.
31 июля 1981 года при загадочных обстоятельствах генерал Омар Торрихос погиб в авиационной катастрофе. А незадолго до этого в печати вдруг начали усиленно распускаться слухи о том, что с территории Панамы поступает оружие для колумбийской повстанческой группировки Д-19. 26 марта 1981 года в Колумбию срочно вылетел министр внутренних дел Панамы Хорхе Риттер. Его сопровождал начальник госбезопасности подполковник Норьега, организовавший указанную поставку оружия.
В то время как Торрихос пытался претворить в жизнь свои националистические и реформистские проекты, начальник секретных служб все больше и больше внимания уделял своим личным делам, потихоньку наращивая капитал на торговле оружием, наркотиками, секретной информацией и не брезгуя при этом никакими средствами для увеличения богатства.
После гибели Торрихоса на пути Норьеги к вершине власти оставалось всего три старших по чину офицера — полковники Флоренсио Флорес, Рубен Дорис Паредес, А. Контрерас. Норьеге потребовалось всего два года, чтобы обойти соперников и возглавить Национальную гвардию Панамы. Когда полковник Флорес вступил в должность главнокомандующего Национальной гвардией и поклялся продолжить дело покойного генерала Торрихоса, в казармах уже развернулась борьба за власть. 3 марта 1982 года Флорес ушел в отставку. Ближайшие соратники Торрихоса Паредес, Эррера и Норьега заключили соглашение, призванное мирным путем решить исход начавшейся борьбы: Паредес занимает пост командующего Национальной гвардией и выходит в отставку в августе 1983 года, позволив Норьеге сменить его на этом посту. Диас Эррера занимает пост заместителя начальника Генерального штаба.
Уже в июле 1982 года Национальная гвардия сместила президента страны Аристидеса Ройо. Его сменил вице-президент Рикардо де Эспералья Одновременно с чисткой правительства военные начали оказывать сильный нажим на руководство правящей Революционно-демократической партии (РДП). 10 ноября 1982 года критиковавший позицию Национальной гвардии и стремившийся проводить независимый от нее курс генеральный секретарь РДП Эрнесто Перес Бальярдо подал в отставку. За месяц до этого он иронически заметил, что начавшееся в Панаме оживление политической деятельности внешне имеет облик демократии, но на самом деле направлено на то, чтобы замаскировать личные интересы.
Эти слова относились, прежде всего, к Норьеге. Когда Паредес уступил пост главнокомандующего Национальной гвардией Норьеге и выставил свою кандидатуру на президентских выборах, между союзниками уже не было согласия. В прессе Паредеса все чаще называли продажным ставленником США, желающим узурпировать власть и продать свою страну американским монополиям. В конечном итоге его вынудили сняться с выборов.
Генерал не сдался. Он баллотировался от ряда оппозиционных партий. В ответ полковник Диас Эррера 26 декабря 1983 года заявил: «Кандидатура Паредеса не пользуется поддержкой военных, и в случае, если он наберет значительное число голосов, вооруженные силы проявят неуважение к национальной конституции». Это было уже прямой угрозой. Армия начала открыто демонстрировать свою силу.
Эррера, целиком и полностью поддерживавший Норьегу в его борьбе против Паредеса, через несколько лет сам стал жертвой произвола командующего Национальной гвардией Норьега всеми силами стремился усилить позиции Национальной гвардии и сохранить контроль над ней.
Устранение Паредеса показало, что у Норьеги нет недостатка в политической ловкости, интригах и маневрировании. Его даже называли махинатором, действующим в стиле Макиавелли.
Осенью 1983 года панамский парламент, уступив нажиму Норьеги, принял закон из 78 статей о создании Сил национальной обороны. В соответствии с этим законом в состав СНО включались: Национальная гвардия, военно-морские силы, военно-воздушные силы, силы обороны Панамского канала, дорожная полиция, обычная полиция, таможня, службы иммиграции, лесной надзор, службы внутренних доходов и другие учреждения, регулирующие жизнь в стране Вводились новые генеральские звания. Последнее нововведение не имело практического значения, а было призвано удовлетворить властные амбиции военного руководства.